Siregal : Système d'Information sur les REssources Génétiques végétALes

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Submitted on 6 Jun 2020

Siregal : Système d’Information sur les REssources Génétiques végétALes

Sophie Durand

To cite this version:

Sophie Durand. Siregal : Système d’Information sur les REssources Génétiques végétALes. Séminaire Ecoscope 2013, Fondation pour la Recherche sur la Biodiversité (FRB). FRA., May 2013, Paris, France. �hal-01004235�

SIREGAL


Système
d’Informa1on



sur
les
Ressources
Géné1ques
Végétales


INRA
Ins1tut
Na1onal
de
la
Recherche
Agronomique
 URGI
Unité
de
Recherche
en
Génomique‐Info


Sophie.Durand@versailles.inra.fr


Les
données
de
ressources
 géné3ques
à
l’INRA


•  Diversité
des
…


•  …
plantes


–  Annuelles/Pérennes


–  À
graines,
à
bulbe,
arbres…


•  …
stockage
des
données


–  Bases
de
données
 –  Fichiers


•  …
challenges
informa1ques


–  De
plus
en
plus
de
données
 –  Nouveaux
types
de
données
 –  Nouvelles
fonc3onnalités


BAP



GnpIS‐Siregal
et
ses
u3lisateurs


Bases de données internationales Analyse des

données

GnpIS

Data export

Logiciel de gestion locale

de CRB

Gestionnaire de CRB

Chercheur

Grand public

•  
Consulter
le
catalogue
des
 Ressources
Géné1ques


•   
Gérer
les
stocks
et
les
données
associées


•   
Assurer
la
qualité
and
la
traçabilité



•   
Commander
des
accessions


•  Exporter
et
analyser
les
données


•  Explorer
les
données
géné1ques
et
génomiques


Siregal

Siregal
:
Page
 d'accueil


18 groupes

d’espèces présents

GnpIS
:
Système
d’Informa3on
 Génomique
‐
Géné3que


Géné3que
d’associa3on


(en
cours
de
développement)


Liens
avec
d’autres
SI


•   Objec1fs
de
Siregal


•   Siregal
et
GnpIS


•   Liens
vers
les
bases
de
 données
interna1onales


•  Logiciel
de
ges1on
 locale


GnpIS

MERCI
DE
VOTRE
ATTENTION


Sophie.Durand@versailles.inra.fr


Les
ressources
géné3ques
végétales
 à
l’INRA


•  Ressources
géné1ques
patrimoniales


–  Variétés
anciennes


–  Variétés
sélec3onnées


–  Variétés
du
monde,
écotypes
 –  Espèces
apparentées


•   Ressources
géné,ques
scien,fiques


–  Mutants


–  Lignées
recombinantes
(RILs)
 –  …


  
Etude
et
préserva1on
de
la
biodiversité


  
Programmes
d’améliora1on
des
espèces


OBJECTIFS
ET
PÉRIMÈTRE


LE
LOGICIEL
SIREGAL


Siregal
:
hSp://urgi.versailles.inra.fr/siregal/


GnpIS
:
hSp://urgi.versailles.inra.fr/gnpis/


Détail
d’un
CRB


Accession


Taxon


Détail
d’un
site


Origine,
collecte,
sélec3on


VERS
LES
BASES
INTERNATIONALES


GBIF
:
hSp://www.gbif.org/


GnpIS
et
le
GBIF


GnpIS

Déjà présent

En cours

Vers
Eurisco


•  Format
de
fichier
standard


–  Ontologies
standard


–  Ou3l
d’export
à
développer


•  Point
focal
na1onal
iden1fié


–  Procédure
à
meZre
en
place


LOGICIEL
DE
GESTION
LOCALE
DE
CRB


GRIN‐Global
:
hSp://www.grin‐global.org


Logiciel
de
ges3on
de
CRB


•  GRIN‐Global
:
Germplasm
Resource
Informa1on
Network



•   Développé
par
l’USDA


•  Maîtrise
d’ouvrage


–  Global
Crop
Diversity
Trust
 –  Bioversity
Interna3onal


•  Suite
d’ou1ls


–  Updater


–  Search
tool
 –  Curator
tool
 –  Admin
tool


–   Public
website


En
cours
d’évalua1on



Curator
tool
‐
Recherche


Curator
tool‐


wizards


Admin
tool


Public
web
site