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Submitted on 6 Jun 2020
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Recherches intégrées sur la résistance à la rouille (Melampsora larici-populina) chez les peupliers
Véronique Jorge
To cite this version:
Véronique Jorge. Recherches intégrées sur la résistance à la rouille (Melampsora larici-populina) chez les peupliers. Séminaire interne Université de Laval, Sep 2007, Québec, Canada. �hal-02818178�
Recherches intégrées sur la
résistance à la rouille (Melampsora larici-populina) chez les peupliers
C. Bastien, A. Dowkiw, V. Guérin, V. Jorge, M. Villar L. Bataille, N. Boudet, A. Bresson, M. Caboche, B.
Chalhoub, P. Faivre-Rampant, I. Paolucci C. Lalanne, C. Plomion
S. Duplessis, A. Kohler, C. Rinaldi, P. Frey D. Allard, F. Carpentier, E. Klein
IaM UAGPF
BPS
A L I M E N T A T I O N
Université de Laval,
Ressources INRA
Populations d’amélioration et naturelles
P. n., P. t,P.d.
Collections Mlp.
Banque BAC sur parent F1 Pop. en segregation :
F1 (2000 ind.)
Plan de croisement factoriel
Données acquises
(INRA, publiques)
Gènes majeurs et QTLs de résistance et tolérance
Cartes génétiques
Génome P. trichocarpa et Mlp
Collections d’EST et microarrays
Organisation et dynamique de la diversité
Association mapping
MAS and GAS
Stratégies de conservation
Outputs Compréhension des bases
moléculaires des résistances à Mlp
Stratégie générale
AGPF + URGV + BPS IaM + Biogeco
Actions
(peuplier)
Carte physique &
Clonage de QTL
Transcriptomique
& Protéomique Cartographie comparée
SSR
Gènes candidats : Development de SNP
Ressources INRA
Populations d’amélioration et naturelles
P. n., P. t,P.d.
Collections Mlp.
Banque BAC sur parent F1 Pop. en segregation :
F1 (2000 ind.)
Plan de croisement factoriel
Données acquises
(INRA, publiques)
Gènes majeurs et QTLs de résistance et tolérance
Cartes génétiques
Génome P. trichocarpa et Mlp
Collections d’EST et microarrays
Organisation et dynamique de la diversité
Association mapping
MAS and GAS
Stratégies de conservation
Outputs Compréhension des bases
moléculaires des résistances à Mlp
Stratégie générale
AGPF + URGV + BPS IaM + Biogeco
Actions
(peuplier)
Carte physique &
Clonage de QTL
Transcriptomique
& Protéomique Cartographie comparée
SSR
Gènes candidats : Development de SNP
A L I M E N T A T I O N
Université de Laval,
Jorge V., Dowkiw A., Faivre Rampant P., and Bastien C. (2005). New Phytologist 167: 113–127.
Gènes majeurs et QTLs de resistance à Mlp
3 sites
R us r us
(dowkiw, 2003) (dowkiw, 2003)
(dowkiw, 2003)
r 1
(dowkiw, 2003)
R 1
P. deltoides P. trichocarpa
E4M2-7 0.0
E5M5-7 8.2
RUS
11.1
PMGC667-2 28.3
LG?
E4M1-10 0.0
13.4 R1
ORPM277 16.0 M03/M04_480 24.7
E1M2-8 60.1
rE7M6-8 98.1
rE2M4-8 109.0
E7M6-4 118.8
E1M7-6 130.6
L2-1050 154.9
P1221 174.1
LG XIX
3% - 76%
3 sites 12% - 73%
5% - 81%
17% - 35%
3 sites
Bimodalité liée au père
1 9 - 7 3
M170-3
3 6 1- 1 9 0 - 70 7
- 2- 10 1 2
05101520
t a i l l e d e s s o r e s 1 4 j
1 0 1 - 7 4
- 2- 10 1 2
05101520
t a i l l e d e s s o
0 3 - 0
- 2- 10 1 2
05101520
t a i l l e
1 0
- 2- 10 1 2
05101520
t a i l l e d e s s o r e s 1 4 j
7302862
- 2- 10 1 2
05101520
t a i l l e d e s s o r e s 1 4 j
- 2- 10 1 2
05101520
t a i l l e d e s s o r e s 1 4 j
- 2- 10 1 2
05101520
t a i l l e d e s s o r e s 1 4 j
- 2- 10 1 2
05101520
t a i l l e d e s s o
- 2- 10 1 2
05101520
t a i l l e
L150089
- 2- 10 1 2
05101520
t a i l l e d e s s o r e s 1 4 j
- 2- 10 1 2
05101520
t a i l l e d e s s o r e s 1 4 j
- 2- 10 1 2
05101520
t a i l l e d e s s o r e s 1 4 j
L155079
- 2- 10 1 2
05101520
t a i l l e d e s s o r e s 1 4 j
- 2- 10 1 2
05101520
t a i l l e d e s s o r e s 1 4 j
- 2- 10 1 2
05101520
t a i l l e d e s s o r e s 1 4 j
TNS06042
- 2- 10 1 2
05101520
t a i l l e d e s s o r e s 1 4 j
- 2- 10 1 2
05101520
t a i l l e d e s s o r e s 1 4 j
- 2- 10 1 2
05101520
t a i l l e d e s s o r e s 1 4 j
Effet de R
USdans différents fonds génétiques
(Conditions controllées, souche 98 AR1) Dowkiw et al, in preparation
A L I M E N T A T I O N
Université de Laval,
Ségrégation des résistances dans le pedigree de cartographie
Hypothèses : 2 loci, 2 allèles ou 1 locus 2 allèles Phénotype observé
50 % résistants, 50% sensibles 50 % petits sores, 50% gros sores
P. trichocarpa
101-74
Populus deltoides
73028-62
R
1r
usr
1r
usr
1R
USr
1r
usX
ou R
1ou
r
usR
USr
1R
1r
usR
1r
usr
1r
usr
1r
usr
1r
usr
1R
usr
1R
usr
1r
usR
1R
1r
1r
1r
usr
usR
usR
usF 1
ou
BED90 E21M18 TIR92 BED80 BED83 gV87a3
E5M5
22H17_2T7 LRR115
GCPM_104
SRR_146 113G23-T7
SEC78a4 GCPM_2319 42M10-T7 Cup86a 99P13-T7 LRR73 LRR68 Pep69a4 Proteinase95
Physical map LG_XIX 101-74
(C) RUS (D) rUS
gV98a
NBS102
111I5_M13 Int132-31a2 LRR121a INRA9
STK01a SRR_136 22B20-M13
SAUR71a NBS72 Trans76a BED83
gV87a3 BED80
gV98a E5M5 NBS102 22H17_2T7 TIR92
111I5_M13 LRR121a INRA9 Int132-31a2 57L24-T7 GCPM_104
43D24-T7
STK01a SRR_136
97G9_M13 TIR_TNL5_357L24-M13 LRR_TNL5_2TIR4_Fb1
TIR13a
pop1 17N11-T7 97F12-T7 125A14-T7 L29_1 TIR30a E1M4 LRR35_1
Pop13 126A14-M13
103M15-M13 Pop17 127C6_M13 AmT56a Perf58a Pop9 Trans62a Nco64a NBS65 LRR68 Pep69a4 SAUR71a NBS72 LRR73 Trans76a
47N12-T7 SEC78a4 22B20-M13 TIR4600_Fa2
GCPM_2319 42M10-T7 LRR115
GCPM_2849
LG_XIX
Scaffold_117
Genome sequence (pb)
STK01a 1333
TIR13a 135499
Pop1 165829
L29_1 297280
TIR30a 309645
E1M4 329067
LRR35_1 352516
Pop13 404686
Pop17 523676
AmT56a 565575
Perf58a 589413
Pop9 600923
Trans62a 623303
Nco64a 644130
NBS65 654568
LRR68 682673
Pep69a4 692661
SAUR71a 709985
NBS72 726155
0
TIR_TNL5_3 52567
LRR_TNL5_2 56882
22B20-M13 101367
STK01a 131774
SRR_136 136326
SRR_146 146144
113G23-T7 194473
LRR121a 261958
INRA9 269956
GCPM_104 318318
LRR115 323503
GCPM_2849 599255
BED80 805386
BED83 836276
gV87a3 872423
LRR115 1159375
GCPM_104 1165541
INRA9 1211146
LRR121a 1217398
GCPM_104 1330889
BED90 899682
E21M18 908948
GCPM_2849 911890
TIR92 930705
proteinase95 953856
gV98a 980035
E5M5 1002167
LRR115 1024706
NBS102 1026939
22H17_2T7 1052022
Alignment of genetic maps, physical maps and sequence
Genetic map (cM) LG_XIX 101-74
(B) 1313 individuals
BED80 0,0
rE21M18 0,7
43D24-T7 2,2
97G9_M13 2,9
TIR13a 3,8 pop1
RUS
3,9
4,4 E1M4
Perf58a 4,8
rTrans62a_K2 6,6
LRR68_K1 7,3
rLRR73_W4 8,6 BED80
BED83 0,0
rgV87a2 rE21M18 TIR92_J 0,3
E5M5 22H17_2T7 GCPM_104 1,6
43D24_T7 rGCPM_79 rSRR_211 r113G23-T7 1,9
TIR4_Fb1 TIR_TNL5_3 97G9_M13 3,8
TIR13a pop1
RUS E1M4 5,3
Perf58a 5,9 pop9
rTrans62_K2 7,5
LRR68_K1 Pep69a4 8,2
rLRR73_W4 SEC78a4 10,0
GCPM_2319 10,3
42M10-T7 10,6
Physical map: BAC of RUShaplotype BAC of rUShaplotype
Genome sequence:
Sequence of the genotype Nisqually (http://genome.jgi-
psf.org/Poptr1_1/Poptr1_1.home.html) putative gene NBS-LRR presence of sequence lack of sequence
STS SSR AFLP BACend
Bresson et al., in preparation
rINRA7 0,0
rGCPM_79 2,0
R1
3,3
TIR_2701 4,3
rTIR_17 5,3
rTIR_283 rTIR_23 5,9
rPop26 9,0
Genetic map (cM) LG_XIX 73028
318 individuals
A L I M E N T A T I O N
Université de Laval,
0 100 200 300 400 500 600 700 800 900 1000
Gène de résistance du scaffold_117 (1 Mb)
TN 13
TNL 17
TNL 18
T 20
TN 23
TN 30
TNL 34
Cluster2 TNL
TNL 65
T 66
TN 67
TNL 72
TNL 73
Cluster3 TNL
BNL 74 STK
98
Assemblage Nisqually Scaffold_117 (JGI) (Kb)
STK 87
STK 89
STK 91
STK 92
STK 94
STK 97 STK
45
Cluster STK
BNL : BED-NBS-LRR TNL : TIR-NBS-LRR
STK : Serine/threonine protein kinase
21 RGA / 80 gènes
Ressources INRA
Populations d’amélioration et naturelles
P. n., P. t,P.d.
Collections Mlp.
Banque BAC sur parent F1 Pop. en segregation :
F1 (2000 ind.)
Plan de croisement factoriel
Données acquises
(INRA, publiques)
Gènes majeurs et QTLs de résistance et tolérance
Cartes génétiques
Génome P. trichocarpa et Mlp
Collections d’EST et microarrays
Organisation et dynamique de la diversité
Association mapping
MAS and GAS
Stratégies de conservation
Outputs Compréhension des bases
moléculaires des résistances à Mlp
Stratégie générale
AGPF + URGV + BPS IaM + Biogeco
Actions
(peuplier)
Carte physique &
Clonage de QTL
Transcriptomique
& Protéomique Cartographie comparée
SSR
Gènes candidats : Development de SNP
