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Quelles perspectives pour la sélection génomique chez les espèces monogastriques ?

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Academic year: 2021

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(1)

HAL Id: hal-01193985

https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01193985

Submitted on 3 Jun 2020

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Quelles perspectives pour la sélection génomique chez les espèces monogastriques ?

Pascale Le Roy, Catherine Larzul

To cite this version:

Pascale Le Roy, Catherine Larzul. Quelles perspectives pour la sélection génomique chez les espèces monogastriques ?. 10. Colloque Agenae, Génétique et Génomique Animale, May 2014, Nantes, France.

2014, Xe Colloque AGENAE. �hal-01193985�

(2)

UtOpIGe

QUELLES PERSPECTIVES POUR LA SELELCTION

GENOMIQUE CHEZ LES ESPECES MONOGASTRIQUES ?

(3)

LE ROY / UtOpIGe 13 / 05 / 2014

SCHÉMAS PYRAMIDAUX (1)

Sélection Multiplication

Production

Sélection en race/lignée pure pour améliorer les

caractères

exprimés par des animaux croisés

(4)

SCHÉMAS PYRAMIDAUX (2)

Sélection Multiplication

Production

Sélection en milieu

« haut niveau » pour améliorer les

caractères exprimés par des animaux en

milieu « niveau de base »

(5)

LE ROY / UtOpIGe 13 / 05 / 2014

CONTEXTE

Sélection Multiplication

Production

Le progrès observé en production

est inférieur

au progrès génétique réalisé en sélection

Apports de la sélection génomique ?

(6)

Principe de la

SG

(7)

.06

LE ROY / UtOpIGe 13 / 05 / 2014

L’évaluation « classique »

Principe de l’évaluation « classique » :

Estimer la valeur génétique d’un candidat à partir des phénotypes {apparentés}

Génome

Génétique = 1/2

(8)

La sélection a été très efficace

0.00 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00

77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90

Exemple : Evolution du taux de muscle (race Landrace Français)

G(% muscle)

année D’après Ducos, 1994

(9)

.08

LE ROY / UtOpIGe 13 / 05 / 2014

L’évaluation « génomique »

Principe de l’évaluation « génomique » :

Estimer la valeur génétique d’un candidat à partir des effets des gènes qu’il porte

(10)

Pister tout le génome

On ne connaît pas les gènes qui affectent le caractère On trace tous les segments du génome

grâce à des marqueurs génétiques

Estimer la valeur génétique à partir des effets des gènes portés par le candidat

Puce 580k SNP Exemple :

(11)

LE ROY / UtOpIGe 13 / 05 / 2014

Le projet UtOpIGe

(12)

Objectif

Optimiser l’utilisation de l’information génomique dans les schémas de sélection pyramidaux

Avoir des données :

• animaux purs et croisés

• milieux « haut » et « bas »

pour proposer une optimisation « réaliste »

(13)

.012

LE ROY / UtOpIGe 13 / 05 / 2014

Proposition

Porc :

pur et divers croisés croissance/carcasse

Poule : pur et croisé

croisés dans 2 milieux reproduction

Optimisation

des schémas de sélection

Réponse à la sélection

Utiliser les complémentarités entre porc et volailles

(14)

UtOpIGe

vers une

Utilisation Optimale

de l’Information Génomique dans les schémas pyramidaux

Projet financé par l’ANR dans le cadre du programme Génomique et Biotechnologie Végétales

Edition 2010 à hauteur de 970k€

(15)

.014

LE ROY / UtOpIGe 13 / 05 / 2014

Partenaires

INRA UMR1348 PEGASE, Rennes INRA UMR1313 GABI, Jouy en Josas INRA UMR1388, GenPhySe Toulouse INRA UE Testage Porcs, Rennes

IFIP, Rennes SYSAAF, Tours Novogen, Quintin

Soutien de Bioporc et Agenavi

1,4,5

2

3 6 7

(16)

Population de référence poule

438 coqs de lignée A

31 381 filles croisées AxD

Génotype pour 600k SNP

Phénotype sur la production et les qualités des œufs

½ Régime alimentaire

« Haute Energie »

½ Régime alimentaire

« Basse Energie »

(17)

.016

LE ROY / UtOpIGe 13 / 05 / 2014

Population de validation poule

60 coqs :

3 200 filles croisées AxD 3 200 filles croisées AxB

Génotype pour 600k SNP

Phénotype sur la production et les qualités des œufs

½ Régime alimentaire

« Haute énergie »

½ Régime alimentaire

« Basse énergie »

600 coqs A

sélection

15 coqs HE+

15 coqs HE- 15 coqs BE+

15 coqs BE-

(18)

Population de référence porc

1000 mâles entiers PxLW

1000 mâles entiers P

Estimation

100 mâles Piétrain

x

Contrôle en station :

• croissance

• carcasse

• qualité de la viande

« Nouveaux » caractères :

• taux de testostérone

• comportement

• aplombs

• taux androsténone et scatol

• tomographie

(tissus gras, maigre, osseux) Puce 54k SNP

(19)

.018

LE ROY / UtOpIGe 13 / 05 / 2014

Populations de validation porc

1000 mâles entiers

Validation

50 mâles Piétrain

x

« Nouveaux » caractères :

• taux de testostérone

• comportement

• aplombs

• taux androsténone et scatol

• tomographie

(tissus gras, maigre, osseux) Contrôle en station :

• croissance

• carcasse

• qualité de la viande

(20)

Résultats préliminaires

(21)

.020

LE ROY / UtOpIGe 13 / 05 / 2014

Exemple : couleur des œufs

Chromosome 23 Chromosome 12

Régime alimentaire « Haute énergie »

Régime alimentaire « Basse énergie »

Romé et al. (2014)

(22)

0 0.1 0.2 0.3 0.4 0.5 0.6 0.7

09 1 09 2 10 1 10 2 11 1 11 2 12 1 12 2

génomique classique

Exemple : poule pondeuse

CD des indices des coqs pour le poids d’œuf

Chapuis et al., 2014 CD

Lot

(23)

.022

LE ROY / UtOpIGe 13 / 05 / 2014

0 0.05 0.1 0.15 0.2 0.25 0.3 0.35 0.4 0.45 0.5

PO_21s PO_25s PO_30s

EBV1 EBV2 GEBV

Exemple : poule pondeuse

Corrélations entre indices des coqs sélectionnés et moyennes des poids d’œuf de leurs filles

(24)

Validation sur des simulations

Tribout et al., 2012

50 mâles et 1 050 femelles/génération

Candidats en ferme pour le caractère 1 (h2 = 0.4) Collatéraux en station pour le caractère 2 (h2 = 0.2) Puce 54k SNP

Calibration : G1-G5 Exploitation : G6-G10

2 scénarios :

Evaluation BLUP-MA

Evaluation Génomique

Exemple : lignée mâle porcine

(25)

.024

LE ROY / UtOpIGe 13 / 05 / 2014

0 2 4 6 8 10 12 14

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11

BLUP_MA EVG

Gain potentiel : 28% de DG

G

Bandes

(26)

Avec un surcoût

DG

Surcoût annuel (€) 0.55

0.6 0.65 0.7 0.75

0 200 400 600 800 1000

BLUP_MA EVG

(27)

LE ROY / UtOpIGe 13 / 05 / 2014

CONCLUSIONS

Les résultats préliminaires d’UtOpIGe : Sur données réelles (poule)

- Précision de l’évaluation génomique - L’existence d’interactions GxE

Sur données simulées (porc)

- Le gain génétique et économique potentiel L’ensemble des données sera disponible

début 2015

(28)

Merci

de votre attention

Références

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