HAL Id: hal-02607843
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Submitted on 16 May 2020
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Intérêt du marais dépoldérisé en développement de
Mortagne-sur-Gironde comme habitat pour les poissons
et les macro-crustacés : contribution à l’élaboration du
plan de gestion des ’Rives de Gironde’
J. Carlu
To cite this version:
J. Carlu. Intérêt du marais dépoldérisé en développement de Mortagne-sur-Gironde comme habitat pour les poissons et les macro-crustacés : contribution à l’élaboration du plan de gestion des ’Rives de Gironde’. Sciences de l’environnement. 2013. �hal-02607843�
Rapport de stage de 2
èmeannée de Master EBE
Ecologie, Biodiversité, Evolution
Parcours Professionnalisant IEG
Ingénierie Ecologique et Gestion des écosystèmes
Intérêt du marais dépoldérisé en développement
de Mortagne-‐sur-‐Gironde comme habitat pour
les poissons et les macro-‐crustacés
Contribution à l’élaboration du plan de gestion des ‘Rives de Gironde’
Stage réalisé par
Joël CARLU
Du 11 mars au 6 septembre 2013
Soutenu le 27 septembre 2013
Structures d’accueil partenaires :
Conservatoire des Espaces
Naturels de Poitou-‐Charentes :
Co-‐encadrant: Thomas HERAULT Chargé de mission, antenne
Charente Maritime
Conservatoire du littoral
Maître de stage: Jean-‐Michel LALOUE Chargé de mission, délégation Centre
Atlantique
Irstea Bordeaux
Co-‐encadrant: Alain LECHENE Ingénieur de l’Agriculture et de
Préambule
La réalisation de ce stage a été possible grâce à la convention de partenariat engagée par le Conservatoire du littoral (délégation Centre Atlantique) et le Conservatoire des Espaces Naturels de Poitou-Charentes (antenne Charente Maritime) avec l’Irstea de Bordeaux.
Le Conservatoire du littoral a ainsi subventionné ce projet sur son territoire et le CEN-PC, gestionnaire du site d’étude, a apporté son soutien technique et ses moyens humains. Dans le cadre de son programme de recherche sur l’écologie des milieux rivulaires estuariens, l’Irstea a contribué au projet par son appui scientifique ainsi qu’en engageant ses moyens humains et matériels.
Le Conseil Général de la Charente Maritime (par sa mission « agriculture, espace rural et environnement ») a également exprimé son intérêt pour cette étude et a aussi contribué à son bon déroulement.
Remerciements
Si les remerciements peuvent refléter les circonstances dans lesquelles mon stage s’est déroulé et permettre de décrire l’atmosphère dans laquelle j’ai eu la chance de travailler, alors je tiens à m’attarder sur ce passage pour exprimer ma sincère gratitude à ces nombreuses personnes qui ont permis l’accomplissement de mon projet de fin d’étude.
Je tiens tout d’abord à remercier Bruno TOISON, responsable de la délégation Centre-Atlantique du Conservatoire du littoral, pour m’avoir accueilli au sein de son équipe à Rochefort et permis de réaliser mon étude dans d’excellentes conditions. Aussi, je remercie vivement mon maître de stage, Jean Michel LALOUE, pour avoir consentit à la réalisation de mon projet ainsi que pour sa participation et son soutien dans l’établissement du partenariat avec le domaine de la recherche.
Mon stage n’aurait pu être envisagé sans la confiance et le soutien de mes encadrants de stage, Thomas HERAULT, chargé de mission au CEN Poitou-Charentes et garde du littoral sur les rives de l’estuaire de la Gironde, et Alain LECHÊNE, ingénieur de recherche dans l’équipe EPBX de l’Irstea de Bordeaux. Ce partenariat fût possible grâce à leur volonté de renforcer les liens entre la recherche et la gestion d’espaces naturels afin de mieux comprendre et protéger notre magnifique estuaire et ses rives. Merci Thomas pour ton aide si précieuse sur le terrain et pour m’avoir appris à mieux connaître la nature des rives de l’estuaire (qui ne pourraient avoir de meilleur gardien!). Et merci Alain pour tous tes précieux conseils question protocole, d’avoir partagé ton savoir sur l’ichtyofaune (et sur la manière la plus efficace de se déplacer dans la vase !) et de m’avoir aiguillé dans mes analyses et ma réflexion. Vos compétences ainsi réunies m’ont offerts un enseignement d’une grande richesse.
Je tiens également à remercier toutes les personnes que j’ai eu l’occasion de côtoyer dans les différentes structures partenaires. Ainsi au CEN-PC de Charente Maritime, je salue chaleureusement Olivier ALLENOU, responsable de l’antenne. Merci pour tous tes bons conseils, pour ton savoir naturaliste que tu partages avec tant d’enthousiasme et pour m’avoir faire découvrir le monde mystérieux des chiroptères. Je remercie également Mathieu HOLTHOF (je reviendrai pour les Pélobates) et Fanny SAINTHILLIER (ha les marais…c’est pittoresque n’est ce pas ?). La gestion du milieu naturel m’est beaucoup plus familière grâce à vous et votre bonne humeur perpétuelle fût très communicative !
Je voudrais également remercier tout le personnel de la délégation du Conservatoire du littoral. Un grand merci à Julie HOLTHOF (joyeuse ophiologue), Françoise QUATINEAU, Aurélie CHAMIOT PRIEUR, Myriam MOISSENOT, Béatrice JONCHERE, Jérôme GUEVEL et Eric PERRIN pour votre accueil, votre intérêt pour mon travail et pour ces pauses déjeuné fort sympathiques face à l’Hermione. Une mention particulière à Monique LE
Du côté de l’Irstea, je souhaite particulièrement remercier Philippe BOËT pour sa contribution dans la mis en place de mon stage ainsi que Flore RIMOND pour m’avoir formée sur la reconnaissance des juvéniles de poissons (euh, combien de carcium pour le mulet doré déjà ?). Aussi, je remercie vivement Estelle KERBERIOU du Conseil Général de Charente Maritime pour l’intérêt dont elle a fait preuve au sujet de mon étude (n’hésites pas à m’envoyer la facture d’eau…et des courgettes !).
Les structures de protection de la nature font preuves d’une belle cohésion en Charente-Maritime et j’ai eu la chance de bénéficier de cette solidarité. Je voudrai ainsi remercier Maxime LEUCHTMANN de Nature-Environnement-17 pour le prêt du matériel de labo (avec une bino j’y vois plus claire!) et pour ces belles soirées à guetter les chiro. Merci aussi à tout le personnel LPO de la RNN de Moëze-Oléron avec qui j’ai pu apprécier les joies des belles nuits « limi ». Parmi eux, mes remerciements vont en particulier à Pierre ROUSSEAU pour sa superbe prestation lors de mes campagnes de pêche (pas de sirène dans la lagune mais les mulets à « grosse bouche », c’est déjà bien non ?).
Je salue chaleureusement mes compagnons stagiaires, Elodie GILHODES (colloc’ de giga bureau, championne de tir), Ella DUMAS (« y’en a marre des concombres ! ») et Pierre GUILLO LOHAN dit Pierrèche (l’ami envasé des limicoles et protecteur de Méchoui et du ragondin albinos) pour ce soutien mutuel dont nous avions besoins mais surtout pour avoir respecté la tradition de l’apéro.
Mes remerciements s’adressent aussi à tous les volontaires qui ont répondus présent pour me prêter main forte lors des nombreuses campagnes de pêches dans le marais salé. Je remercie donc vivement Cécile GAUTRON (en combi dans la vase, c’est le mieux), Anne MADELENAT (la Corderie dans la place), Claire-Marie MORELLEC (et la folle histoire de la prédation des moules), Pauline ALLAIN (le joyeux coup de main venue de la Charente), Orianne GAUSSIN (facile de reconnaître une cisticole des joncs !), Quentin ROUGIER (bien le poster pour l’AFH), François CRAMET (notre grand photographe), Anthony (« on peut relâcher les poissons ? »), ainsi que toutes les personnes déjà cités : Flore, Julie, Estelle, Ella, Elodie, Alain, Thomas, Olivier, Matthieu, Pierrot, Jean-Michel, Jérôme ainsi que Bruno. Spéciale dédicace à Fanny et Pierrèche qui détiennent le record du plus grand nombre de filets relevés, bravo ! Les pieds dans la vase, dans la joie et la bonne humeur, vous avez tous contribués à rendre ces campagnes de terrain plus que conviviales.
Enfin, mille mercis à ma famille et à mes beaux parents qui ont compris mon projet de reprise d’étude et m’ont aidées et encouragées à le réaliser. Et surtout, mes plus sincères remerciements te reviennent Lenou. Durant ces 5 années de retour à la fac, ton inestimable soutien m’a toujours permis de garder le cap.
Présentation des structures d’accueil
Le Conservatoire du littoral
Le Conservatoire du littoral, établissement public administratif de l’Etat, acquiert, aménage et confie en gestion des espaces naturels du littoral et des rivages lacustres en vue de les soustraire à l’urbanisation, de protéger leur richesse écologique et patrimoniale et les paysages qu’ils constituent, tout en les rendant accessibles au public. Créé en 1975, le Conservatoire protège aujourd’hui plus de 153 000 ha sur le littoral de métropole, d’outre mer et sur les rivages lacustres. L’établissement s’implique fortement dans la protection de la biodiversité et s’interroge sur les questions du
développement durable de ses territoires, en prenant particulièrement en compte les effets liés aux changements globaux.
La délégation Centre Atlantique est en charge des milieux littoraux et estuariens dans les départements de la Charente Maritime, la Vendée et la Loire-Atlantique. En Charente Maritime, le Conservatoire a acquis et protégé 5 829 ha (chiffre datant de novembre 2012) de zones littorales et sa zone d’intervention s’étend sur près de 22 000 ha, répartit aussi bien sur la façade atlantique que sur les rives des estuaires (carte ci-contre). Le long de la rive droite de l’estuaire de la Gironde, le
Conservatoire s’est vu affecté 1600 ha de terrain appartenant au Domaine Public Fluvial en XXX, englobant également les sites déjà propriétés de Conservatoire comme l’ancien polder de Mortagne-sur-Gironde, acquis en novembre 2000 suite à la rupture de la digue survenue lors des fortes tempêtes de fin décembre 1999.
Les terrains du Conservatoire sont confiés en gestion aux collectivités territoriales ou à des associations. Sur le territoire des « Rives de Gironde », la gestion a été accordée à
Le Conservatoire des Espaces Naturels, région Poitou-‐Charentes
Le CEN-PC, créé en 1993, est une association à but non lucratif de 30 salariés répartis sur les quatre départements de la région Poitou-Charentes. Ses missions s’orientent vers la connaissance, la protection, la gestion et la valorisation des sites, milieux et paysages naturels de la région Poitou-Charentes, qui représentent un intérêt écologique, floristique, faunistique, biologique, géologique et paysager remarquable et de tous sites à valeur écologique potentielle.
Les actions du Conservatoire sont appuyées par les recommandations du Conseil Technique et Scientifique (CST) dont le président assure les relations avec le conseil d’administration. Ce groupe, crée en 1994, d’une trentaine de spécialistes en science de la vie et des techniques de gestion se réunit pour conseiller les salariés sur les projets d’interventions et les documents de gestion des sites sur lesquels intervient le CEN-PC.
Les interventions du Conservatoire se font de deux manières : par l’assistance technique des collectivités, associations ou particuliers souhaitant mettre en place des actions de conservation et de valorisation d’espaces naturels, ce qui permet la démultiplication des actions pour l’environnement, ou par des interventions directes sous maîtrise d’ouvrage propre. Ces dernières, sont pour l’essentiel des interventions sur les sites par l’étude, l’acquisition, la location, les conventions, l’aménagement, la gestion et la valorisation auprès du public. Les acquisitions se font par le biais d’une convention avec la Société d’Aménagement Foncier et d’Etablissement Rural (SAFER).
Aujourd’hui, le Conservatoire est impliqué dans la gestion de plus de 8 480 ha dont plus de 1033 en propriété, dans toute la région Poitou-Charentes. Parmi ces territoires, le CEN-PC anime la gestion de nombreuses propriétés du Conservatoire du littoral. Et notamment des 1800 ha du territoire des « rives de Gironde », où est situé le marais dépoldérisé de Mortagne. Classé en réserve de chasse et de faune sauvage, l’ancien polder est aujourd’hui rendu à l’estuaire du fait du choix délibéré de gérer le marais par libre évolution de l’écosystème.
L’Irstea : Institut national de recherche scientifique et technique en environnement et agriculture
L’Irstea est un Établissement Public à caractère Scientifique et Technologique (EPST), sous la double tutelle des ministères en charge de la Recherche et de l’Agriculture. Ses recherches sont orientées vers la production de connaissances nouvelles et d’innovations techniques utilisées par les gestionnaires, les décideurs et les entreprises pour répondre à des questions concrètes de société dans les domaines de la gestion des ressources, de l’aménagement et de l’utilisation de l’espace. Il centre ses recherches sur les ressources en eau de surface, les systèmes écologiques aquatiques et terrestres, les espaces à dominante rurale, les technologies pour l’eau, les agro-systèmes et la sûreté des aliments.
Plus particulièrement, le centre de Bordeaux accueille l’unité Écosystèmes Estuariens et Poissons Migrateurs Amphihalins (EPBX). Ces recherches visent à acquérir les connaissances, construire les méthodes et mettre au point les outils pour l’évaluation de l’état des hydrosystèmes, la gestion durable des ressources piscicoles ou la restauration d’espèces menacées, dans le domaine des communautés de poissons des écosystèmes estuariens et des poissons migrateurs amphihalins (anguille, alose, esturgeon, saumon en particulier). Reposant sur l’appréciation de l’état et de la dynamique de fonctionnement des milieux et espèces, ces études visent à développer une ingénierie des systèmes estuariens et des populations de poissons migrateurs, en développant des méthodes relevant de la biologie de la conservation.
L'équipe "Écosystèmes estuariens" de l’unité EPBX étudie le fonctionnement des communautés de poissons dans les systèmes estuariens et les facteurs structurants leur répartition et leur dynamique. Ses recherches visent à explorer les liens entre la structure de ces systèmes, leur dynamique, les perturbations qu’ils subissent avec la présence et le fonctionnement des assemblages piscicoles et l’utilisation saisonnière et spatiale par ces espèces des différents compartiments estuariens. Elles s’attachent également à développer des méthodes et des outils de surveillance comme de suivi de la qualité écologique (notamment dans le cadre de la Directive Cadre Européenne sur l’Eau), d’évaluation de l’état des pressions subies et de restauration des fonctionnalités, notamment par des méthodes relevant du génie écologique. C’est dans ce dessein que l’Irstea engage un projet de recherche étudiant l’effet de la dépoldérisation sur le retour des fonctionnalités ichtyologiques et utilise le site récemment
Sommaire
Sommaire ... 1
Introduction ... 2
I. Matériel et méthode ... 7
I.1 Les sites d’étude : Habitats du marais dépoldérisé de Mortagne ... 7
I.2 Description des protocoles d’échantillonnage ... 9
I.2.1. Fréquentation du necton en périodes de vives eaux ... 10
I.2.2. Caractérisation du potentiel de nourricerie des bassins tidaux en phase de mortes eaux ... 11
I.3 Matériel ... 11
I.3.1. Engins de pêche ... 11
I.3.2. Matériel de biométrie et traitement des échantillons ... 12
I.4 Analyses des données de captures ... 13
I.4.1. Effet habitat dans la composition et la distribution des peuplements de necton ... 13
I.4.2. Analyse de la croissance dans les bassins de retenue d’eau ... 15
I.4.3. Evolution de la diversité spécifique occupant le marais de Mortagne ... 16
II. Résultats ... 17
II.1 Représentation spatiale du bilan des captures réalisées en 2013 ... 17
II.2 Mode d’occupation spatio-‐temporel du necton au sein du marais en développement ... 18
II.2.1. Composition des communautés de poissons et macro-‐crustacés ... 18
II.2.2. Comparaison inter-‐sites globale ... 20
II.2.3. Comparaison inter-‐sites saisonnière ... 22
II.1 Croissance du necton dans les bassins tidaux ... 24
II.1.1. Composition et structure en taille des communautés de poissons et crustacés ... 24
II.1.2. Evolution de la distribution des tailles ... 25
II.1.3. Croissance journalière ... 27
II.2 Suivi annuel du necton ... 27
III. Interprétation des résultats et discussion ... 30
Conclusion ... 35
Bibliographie ... 36
Introduction
Dans la continuité des estuaires macrotidaux, les zones humides rivulaires sont des hydrosystèmes remarquables contribuant au bon fonctionnement de l’écotone estuarien. Considérés comme faisant partie des écosystèmes les plus productifs de la planète (Ducrotoy, 2010a; Kneib, 1997), les marais intertidaux, constitués de vasières (slikke) et de prés salés (schorre), sont reconnus pour remplir des fonctions écologiques importantes pour la faune et sont ainsi utilisés comme site d’alimentation, de nourricerie (zone d’alimentation et de croissance de juvéniles de poissons et crustacés) (Boesch and Turner, 1984; Cattrijsse et al., 1997; Labourg et al., 1985) et de refuge contre la prédation (Halpin, 2000; Minello et al., 2003), notamment pour des espèces d’intérêt halieutique (Laffaille et al., 2004, 2001; Lefeuvre et al., 2003). L’hétérogénéité des habitats rivulaires accessibles à la faune permet aux marais tidaux de remplir ces nombreuses fonctions. Les vasières, les chenaux de marée, les marais végétalisés inter et supratidaux ou encore les retenues d’eau permanentes offrent des sites d’accueil temporaires privilégiés pour le necton à chaque inondation par la marée (Colclough et al., 2002; Kneib, 1997).
Du fait de leur grande attractivité sociale et économique, les pressions exercées sur les écosystèmes estuariens et littoraux sont multiples et prennent leur origine dans l’agriculture intensive, l’industrie, l’urbanisation ou encore le tourisme (Ducrotoy, 2010a). Longtemps considérés comme des territoires sans valeurs (Lefeuvre et al., 2003), les marais de côtes basses et des rives estuariennes sont particulièrement touchés. Dans de nombreuses régions du globe, ces zones ont été conquises par endiguement et poldérisation. En Europe occidentale,
ces aménagements ont ainsi causés la perte de 15 000 km² d’estran depuis le XIe siècle dont
1 400 km² uniquement la France (Goeldner-Gianella, 2007). Sur les rives de l’estuaire de la Tamise au Royaume-Uni, l’empiétement sur les zones intertidales a été tel qu’il ne reste qu’une portion inférieure à 1% de leur surface initiale (Colclough et al., 2005). Ces atteintes réduisent considérablement la diversité des habitats (Mc Lusky and Elliott, 2004) modifiant ainsi les propriétés physiques et hydrologiques de l’estuaire et affectent directement la répartition et la dynamique des peuplements biologiques (Delpech et al., 2010; Kneib, 1997). C’est ainsi que la forte réduction des populations de poissons a été imputée à la poldérisation en Ecosse (McLusky et al., 1992) et qu’aux USA, la baisse de production de poissons pourrait être lié à une perte de 68 000 ha d’habitats côtiers entre 1950 et 1970 (Bell, 1997).
La restauration écologique des zones humides estuariennes
La prise de conscience actuelle de l’érosion de la biodiversité et de la perte d’habitats naturels conduit à un changement progressif des politiques d’aménagement des zones côtières et estuariennes (Goeldner-Gianella, 2007). De ce fait, la restauration des marais tidaux est de plus en plus fréquente afin d’atténuer les pertes de zones humides et de nombreuses expériences de dépoldérisation et de reconnexion des marais intertidaux avec leur estuaire s’amorcent en Europe occidentale afin de rétablir leurs fonctions originelles (Baron-Yellès and Goeldner-Gianella, 2001; Ducrotoy, 2010b; Verger, 2005). Quelles soient d’ordre économique, écologique, défensif ou encore touristique, les motivations conduisant à la réestuarisation des territoires conquis sur l’estran sont multiples. Au Royaume-Uni, le questionnement sur l’impact de l’élévation du niveau marin a engendré l’adoption d’une nouvelle gestion des zones littorales et estuariennes : le « managed realignment » (Colclough et al., 2005). Cette mesure consiste à reculer les digues à l’intérieur des terres, permettant à la fois une meilleure protection contre les crues, la renaturation des marais tidaux et un retour de la faune et de la flore associées. Dans d’autres pays européens comme la France, les cas de dépoldérisation découlent souvent de l’abandon de polders agricoles dont l’entretien des digues s’avère trop coûteux (Goeldner-Gianella, 2007).
Afin d’évaluer les effets de la dépoldérisation et d’orienter la gestion des sites en voie de renaturation, des opérations de monitoring ont été entreprises, aussi bien aux Etats-Unis qu’en Europe (Hemingway et al., 2008; Reading et al., 2008). Cependant, alors que certains chercheurs pensent que la restauration des marais intertidaux pourrait à long terme contribuer au renouvellement des stocks de poissons côtiers, les travaux déjà menés sur la résilience des systèmes réestuarisés en faveur des poissons restent encore rares (Hampel et al., 2003). Ce constat peut s'expliquer par la complexité de réaliser des investigations en zones rivulaires d’estuaires macrotidaux fréquemment inondés par la marée (Laffaille et al., 2000; Mathieson et al., 2000) et expliquerait en partie le fait qu’il n’existe que peu de suivi à long terme sur les communautés piscicoles dans les habitats des marais en Europe(Cattrijsse and Hampel, 2006; Kneib, 1997). Néanmoins, quelques études américaines et européennes se sont intéressées aux effets de la restauration des marais tidaux sur le retour du necton, notamment en comparant les sites restaurés à des écosystèmes naturels de référence. Parmi les cas existants, les compositions des peuplements piscicoles semblent similaires entre marais restaurés et naturels (Able et al., 2004; Kimball and Able, 2007) mais cela dépendrait notamment de l’âge du
nouveau marais en développement (Hampel et al., 2003) et de l’hétérogénéité des habitats qui s'y forment (Ducrotoy, 2010b).
En France, les cas de dépoldérisation intentionnelle par suppression de digues sont extrêmement rares. Sur les terrain du Conservatoire du littoral, la suppression partielle d’une digue coupant l’estuaire de l’Aber de Crozon en Bretagne a permis au zones rivulaires de recouvrer son ancienne richesse piscicole et ses fonctions de frayère et de nurserie seulement 4 ans après la restitution du polder à la mer (Yoni et al., 1999). La majorité des processus de dépoldérisation sont d’origines naturelle (déprise du site et non entretien des digues) ou accidentelle (rupture des digues lors de tempêtes). C’est par cette dernière cause que le marais dépoldérisé de Mortagne-sur-Gironde, objet de cette étude, a pu être rendu à la Gironde.
Contexte de l’étude : le marais dépoldérisé de Mortagne-‐sur-‐Gironde
Situé en Charente Maritime, sur la rive droite de l’estuaire de la Gironde au niveau des communes de Mortagne et de Saint-Seurin d’Uzet (figure 1), le polder agricole de Mortagne-sur-Gironde, édifié au début des années 1960 sur les marais du Domaine Public Fluvial (DPF), a été regagné par les eaux de l’estuaire à la suite des nombreuses brèches engendrées par les violentes tempêtes Lothar et Martin de fin décembre 1999 (Verger, 2005). L’installation d'un régime de submersion au gré des marées a rendu les terres agricoles inexploitables. Les 190 ha de l’ancien polder ont alors été acquis par le Cdl en novembre 2000 (Royant, 2001), auxquels se sont ajoutés, en 2008, 1600 ha du DPF formant ainsi un vaste territoire protégé nommé « Rives de Gironde », s’étalant de la commune de Meschers au nord à celle de Saint-Bonnet-sur-Gironde au sud. Depuis 2000, c’est au Conservatoire des Espaces Naturels de Poitou-Charentes (CEN-PC) que revient la gestion de ce territoire afin d’assurer sa protection, son suivi, son aménagement et son animation (Hérault, 2010).
L’ancien polder fait partie d’un plus large territoire classé en site Natura 2000 par la directive ‘Oiseaux’ (ZPS FR5412011 - Estuaire de la Gironde: marais de la rive nord) ainsi que par la directive ‘Habitats’ (SIC FR5400438 - Marais et falaises des coteaux de la Gironde). Aussi le site est-il classé en réserve de chasse et de faune sauvage et interdit au public, notamment pour limiter le dérangement de l’avifaune (principalement des limicoles et des migrateurs) fréquentant de nouveau le marais. L’instauration de ce statut découle de la décision d’établir un mode de gestion par libre évolution de l’écosystème soumis aux
Figure 1 : Localisation du marais dépoldérisé de Mortagne-sur-Gironde
Aujourd’hui, le CEN-PC est en charge d’élaborer le premier Document d’Actions et de Gestion Concerté (DAGC) du site des ‘rives de Gironde’ et doit ainsi réunir toutes les connaissances possibles sur ce territoire d’un point de vue écologique, économique et social. De ce fait, il s’interroge notamment sur le rétablissement des fonctionnalités écologiques du marais dépoldérisé afin d’évaluer l’efficacité de ses mesures de gestion. C’est dans ce cadre que j’ai proposé au CEN-PC et au Cdl de réaliser le diagnostic de l’ichtyofaune et de la carcinofaune fréquentant les milieux aquatiques des rives de Gironde, particulièrement celles qui occupent de nouveau l’ancien polder, et de définir des préconisations de gestion.
Dans le but de mener à bien ce projet s’attachant à l’étude d’un milieu complexe, dynamique et rarement étudié, un partenariat a été engagé par le Cdl et le CEN-PC avec Irstea Bordeaux qui mène un projet de recherche depuis 2008 sur la pertinence de la dépoldérisation comme procédé de restauration des marais estuariens. Utilisant ce nouvel écosystème lagunaire en libre évolution comme terrain d’observation, les chercheurs s’interrogent notamment sur le retour des fonctions de nourricerie et de refuge pour les poissons (Lechêne et Don, 2012 ; Boët, 2012). Les premières investigations, mises en valeur dans le cadre de
stages, se sont principalement concentrées sur l’évaluation du retour des fonctionnalités ichtyologiques en comparant le marais en développement avec d’autres habitats naturels (vasières) ou anthropisés (marais endigués, chenaux de marée artificiels, autres sites dépoldérisés) de l’estuaire de la Gironde.
Objectifs de l’étude
L’objectif général l’étude est d’évaluer la pertinence de la gestion par libre évolution du marais dépoldérisé de Mortagne comme moyen de recréer des habitats favorables au necton.
Plusieurs campagnes d’échantillonnage de l’ichtyofaune et de la carcinofaune ont été organisées d’avril à août au sein du marais dépoldérisé évoluant librement et dans un marais naturel de référence contemporaine pour mettre en évidence les similarités et dissimilarités entre leur peuplement.
Plusieurs sous-habitats du marais en développement ont été échantillonnés afin d’observer si les poissons et macro-crustacés utilisent de manière différenciée les différentes ambiances (chenaux de marée, zones végétalisées, vase nue, etc.) qui se recréent naturellement à l’intérieur du marais dépoldérisé. Des captures sont réalisées à haute mer pour identifier les peuplements qui entrent et prospectent le milieu mais aussi à basse mer, dans les retenues d’eau du marais en développement, pour observer les communautés du necton qui y séjournent entre deux marées hautes et donc pour évaluer la notion de refuge de ces milieux.
Aussi, lors des marée de mortes eaux, plusieurs retenues d’eaux permanentes artificielles du marais dépoldérisé semblent déconnectés du reste du marais. Un suivi à court terme a également été mis en place afin de tester si ces aménagements complémentaires peuvent favoriser la fréquentation du site par les juvéniles de poissons (notamment pour des espèces d’intérêt halieutique) et contribuer à leur croissance.
Enfin, les échantillonnages de 2013 et les données récoltées par Irstea depuis 2008 sont analysées afin d’observer si l’évolution naturelle du marais dépoldérisé permet d’accueillir des assemblages de plus en plus diversifiés de poissons et macro-crustacés.
Ces objectifs permettent de renseigner le plan de gestion du CEN-PC (Dumas, 2013) sur le retour des fonctionnalités écologiques pour le necton dans le marais dépoldérisé et de proposer des préconisations en matière de gestion du milieu concernant notamment la mis en place d’un suivi à long terme du necton dans le marais en voie de renaturation.
I. Matériel et méthode
I. Matériel et méthode
Les objectifs fixés nécessitent une importante phase de terrain consistant à observer les poissons et macro-crustacés au sein des différentes ambiances du marais en développement. Les études s’intéressant aux modes d’occupation du necton dans les différents milieux et à la capacité de nourricerie des bassins tidaux font appel à des échantillonnages distincts.
I.1 Les sites d’étude : Habitats du marais dépoldérisé de Mortagne
Depuis sa reconnexion avec l’estuaire, le nouveau marais a rapidement été façonné parle régime semi diurne des marées, soit deux pleines mers et deux basses mers par jour d’importance relativement égale. Puisque le niveau topographique moyen de l’ancien polder est situé 90 cm plus bas que le niveau des prés salés alentours (Royant, 2001), l’eau pénètre dans l’axe principal à chaque marée et l’ancien polder est presque entièrement inondé durant quelques heures deux fois par jour lors des marées de vives eaux (coefficients de marée > 70), hormis dans les zones récemment végétalisées plus hautes. Le régime hydraulique mais aussi la main de l’homme ont donc créées depuis 13 ans un milieu hétérogène pouvant être favorable à l’accueil du necton.
La sélection des stations de pêche s’appuie d’une part sur l’existence de zones déjà échantillonnés les années précédentes et d’autre part sur la nécessité de prospecter de nouveaux milieux afin d’approfondir la connaissance sur la fréquentation spatio-temporelle du marais par le necton.
La coursière principale du marais
La force du courant au moment du jusant provoque un effet de chasse et l’érosion régressive du chenal emprunté par les eaux (Verger, 2005). Ce chenal, dénommé ici coursière d’érosion, débute dans la partie nord du marais au niveau de la brèche constituant l’embouchure avec l’estuaire et progresse rapidement vers le sud, à l’intérieur de l’ancien polder (quelques mètres par an) (figure 2). Ce phénomène montre bien la dynamique
Figure 2: Coursière d'érosion à marais basse, vue de l'amont
I. Matériel et méthode
géomorphologique du site depuis sa dépoldérisation. Plusieurs fosses pouvant retenir de l’eau à basse mer se sont formées dans le lit de la coursière. Il est donc possible que le necton s’abrite dans ces retenues entre deux pleines mers.
L’axe principal
L’eau entrée par la coursière inonde ensuite l’axe principal de la partie nord du site. La faune aquatique peut alors prospecter ce large territoire dont la hauteur d’eau à marée haute est de l’ordre du mètre. A marée basse, ce secteur peut être totalement hors d’eau lorsque les coefficients sont faibles (mortes eaux). Alors que l’engraissement (sédimentation des particules en suspension des eaux estuariennes) est visible sur tout l’ancien
polder, les forts courants de marée évoluant dans l’axe principal empêchent l’accumulation de vase et laissent à nue la terre compactée par des années d’agriculture intensive.
Irstea a réalisé un suivi systématique et régulier dans cette zone. En effet, sa situation en amont de la coursière en fait une station d’observation privilégiée pour suivre les peuplements entrant et prospectant la lagune inondée.
Les milieux végétalisés
En bordure de l’axe principal où les courants sont moins importants, l’engraissement a permis dans un premier temps l’apparition de vasières, rapidement colonisées par une végétation halophyte composée notamment de salicorne européenne Salicorna europea, de Scirpe maritime
Bolboschoenus maritimus et de roseau commun Phragmites australis (Royant, 2001). De
nombreux petits chenaux à marée ramifiés se sont
formés au sein des imposantes cariçaies et roselières maintenant bien établies. Par le biais de ces étroits chenaux, l’accès aux milieux végétalisés par le necton est donc une éventualité.
Figure 3: Axe principal à basse mer
Figure 4: Chenal à marée parcourant le milieu végétalisé (roselière)
I. Matériel et méthode
Les bassins tidaux
En 2011, la digue ‘Orsec’ construite en urgence en arrière du polder après les tempêtes de 1999 a été consolidée et reprofilée à l’aide de matériaux provenant du pied de la digue côté marais. L’excavation a été réalisée de manière à créer plusieurs bassins longiformes d’en moyenne 90 cm de profondeur, propice à l’accueil de l’avifaune qui utilise le marais comme halte
migratoire (Hérault, 2012). Ces bassins sont connectés à l’estuaire, via l’axe principal, en période de vives eaux (coefficient supérieurs à 70) où l’eau peut y être renouvelée. En période de mortes eaux, les bassins restent en partie en eaux mais les échanges avec le marais ne sont plus possibles durant une à deux semaines selon les bassins. Le necton pourrait donc prospecter les bassins lors des marées de vives eaux mais également s’y établir en période de mortes eaux.
La coursière du pré salé naturel
La référence naturelle contemporaine
sélectionnée est une imposante coursière
s’enfonçant dans les prés-salés, dont l’embouchure avec l’estuaire est située à 800 mètres au nord de celle de l’ancien polder.
I.2 Description des protocoles d’échantillonnage
Les fluctuations tidales sont un élément majeur à prendre en compte dans l’élaboration des deux protocoles du simple fait que l’observation de la répartition des peuplements de necton au sein du marais doit être effectuée lors des phases de vives eaux et que l’étude de la croissance des poissons dans les bassins tidaux s’applique en période de mortes eaux.
La cartographie de la figure 7 localise les stations d’échantillonnage des protocoles ‘vives eaux’ et ‘mortes eaux’.
Remarque : la correspondance entre codes de stations et sites d’étude est indiquée ci après.
Figure 5: Bassin tidal au nord-est de la lagune
Figure 6: Coursière naturelle du pré salé au nord de l'ancien polder
I. Matériel et méthode
Figure 7: Localisation des stations d'échantillonnage des 2 protocoles de pêches ‘vives eaux’ et ‘mortes eaux’, dans le marais de Mortagne et dans le pré salé adjacents.
I.2.1. Fréquentation du necton en périodes de vives eaux
Selon les habitats prospectés, les échantillonnages sont conduits soit à basse mer, soit à haute mer. Le protocole ‘vives eaux’ est réalisé à 3 reprises, en avril, juin et août 2013. Chaque campagne s’étale sur 3 jours, si possible avec des coefficients de marée compris entre 70 et 100 (annexe 1).
Stations de pêche en phase de haute mer
Les captures en phase de haute mer débutent à mi-flot et se terminent à mi-jusant, soit durant une période de trois à cinq heures englobant l’étale de haute mer. Elles sont réalisées dans :
• l’axe principal du marais (station SP2),
• le milieu végétalisé (station SP4) au sud de l’axe principal,
I. Matériel et méthode
Station de pêche en phase de basse mer
Les échantillonnages en phase de basse mer débutent à mi-jusant après retrait de l’essentiel des eaux de marées et se terminent à mi-flot avant que la nouvelle marée montante ne pénètre dans le site, soit une à deux heures avant et après l’étale de basse mer. Ces pêches concernent :
• les fosses du lit de la coursière d’érosion (station SP2), • le bassin tidal artificiel côté digue ‘Orsec’ (station SP3).
I.2.2. Caractérisation du potentiel de nourricerie des bassins tidaux en phase de mortes eaux
Trois campagnes de pêche ont été réalisées (du 1er au 19 juillet, annexe 2) afin
d’échantillonner les bassins RE1, RE3 et RE4 (figure 7), déconnectés du reste du marais durant la phase de mortes eaux. Durant cette période, les coefficients atteignent au maximum 79. Lors des marées aux coefficients > 70, la vérification d’un possible échange d’eau a été effectuée au niveau des 3 bassins.
I.3 Matériel
I.3.1. Engins de pêche
Les engins de pêche employés sont des verveux doublés (2 chambres) et reliés entre eux par une paradière de 6 m de long et de 55 cm de haut. Deux types de verveux doublés présentant des sélectivités différentes sont employés. Afin de capturer les plus petites espèces ainsi que les alevins et juvéniles de poissons (ainsi que les juvéniles de macro-crustacés), des verveux de 4 mm de côté de maille sont utilisés (figure 9). Puis, pour capturer les individus plus grands qui pourraient éviter les verveux de 4 mm plus facilement détectable, des verveux de type ‘DCE’ sont également posés (figure 8). Les mailles passent de 15 mm pour la paradière à 8 mm de côté pour l’extrémité du verveux.
Figure 9 : Verveux-double 'DCE' posé sur l’axe
I. Matériel et méthode
Pour chaque station échantillonnée durant les campagnes de vives eaux et de mortes eaux, 2 verveux de 4 mm et 1 verveux ‘DCE’ sont déployés. Le peuplement d’une station englobe le necton capturé à l’aide des trois engins de pêche posés simultanément. 2 verveux de 4 mm et du verveux ‘dce’.Ils sont disposés parallèlement au sens du courant (dans les zones qui y sont soumises) et si possible séparés d’au moins 10 m les uns des autres. Ils sont considérés comme pêchant lorsque la hauteur d’eau environnante est supérieure à 25 cm. Les hauteurs d’eau sont notées à chaque pose et chaque relevé, avec les heures correspondantes.
Remarque : Le milieu végétalisé n’a été échantillonné qu’avec 1 seul verveux de 4 mm au lieu
de 2 durant la campagne d’avril.
I.3.2. Matériel de biométrie et traitement des échantillons
L’identification des échantillons jusqu’à l’espèce (et à défaut au rang taxonomique supérieur le plus bas possible) est directement réalisée sur le site d’échantillonnage afin de relâcher un maximum d’individus inventoriés. Quand l’identification s’avère impossible sur le terrain, notamment pour les alevins et juvéniles d’une taille inférieure à 6 cm, les captures sont conservées par congélation pour une identification en laboratoire. La biométrie (masse et taille) d’un maximum de poissons (et de crabes) est effectuée aussi bien pour ceux observés sur le terrain qu’en laboratoire. Pour ce faire, une balance d’une résolution de 0,1 g ainsi qu’un ichtyomètre pour les mesures de taille à 1 mm près sont nécessaires. Lorsqu’une espèce présente un grand nombre d’individus ou lorsque les spécimens sont trop petits pour une pesée individuelle, la masse totale du taxon est relevée. Pour les espèces de crevettes capturées, seule la masse totale du taxon par verveux est enregistrée. Enfin, une fraction de l’échantillon seulement peut être traitée si celui-ci est trop important, l’autre portion étant remise à l’eau.
Les données de captures (espèce, effectif, taille, masse) sont renseignées par projet, par campagne, par station et par engins de pêche dans la base de données de Irstea qui recense les échantillonnages conduits dans les zones rivulaires de l’estuaire de la Gironde et notamment dans le marais de Mortagne. Les données relatives aux conditions d’échantillonnage, comme la hauteur d’eau et les heures de début et fin de pose des filets de pêche sont également saisies afin d’estimer l’effort de pêche pour chaque station.
I. Matériel et méthode
I.4 Analyses des données de captures
Chacune des trois questions traitées dans ce sujet nécessite un jeu de données différent issu de la base de données ainsi qu’une approche statistique propre.
Dans un premier temps, un récapitulatif des données cumulées des trois campagnes de pêches ‘vives eaux’ de 2013 est assemblé pour comparer les abondances numériques et pondérales ainsi que les fréquences d’occurrence des espèces de poissons et décapodes observées dans le marais en 2013 (Laffaille et al., 2000). Puis, le bilan des captures réalisées dans les 3 bassins tidaux lors des 3 campagnes mortes eaux est également établit en présentant notamment les moyennes des tailles de chaque espèce observée.
Seuls les individus identifiés jusqu’à l’espèce sont pris en compte dans l’analyse des données. Dans les tableaux récapitulatifs des captures, les espèces sont classées selon leur guilde écologique (Franco et al., 2010). Sont rencontrés dans le marais les groupes suivants :
• Les espèces marines euryhalines ne pénètrent dans l’estuaire qu’à l’occasion de certaines écophases de leur cycle biologique.
• Les espèces migratrices amphihalines changent au moins deux fois de milieu vital au cours de leur cycle de vie. On distingue les espèces thalassotoques (reproduction en mer) comme l’anguille européenne Anguilla anguilla des espèces potamotoques (reproduction en rivière) comme la Grande Alose Alosa alosa.
• Les espèces résidentes estuariennes accomplissent l’intégralité de leur cycle de vie dans les eaux de l’estuaire.
• Les espèces dulçaquicoles d’origine fluviale sont parfois rencontrées dans les estuaires. Les forts débits post-hivernaux des rivières sont généralement à l’origine de leur présence accidentelle.
• Les macro-crustacés, crabes et crevettes, sont des espèces soit d’origine marine soit d’eau saumâtre.
I.4.1. Effet habitat dans la composition et la distribution des peuplements de necton
En suivant le plan d’analyse de Field et al. (1982), différentes techniques sont utilisées pour comparer les communautés fréquentant le marais dépoldérisé. Ainsi, les matrices de similarité, les classifications puis les ordinations sont réalisées afin de calculer puis de représenter les distances entre chaque site et de discuter de la similitude des sites en fonction
I. Matériel et méthode
des assemblages de necton. Cette méthode est largement utilisé dans les analyses de communautés ichtyologiques (Cattrijsse et al., 1994; Clarke, 1993; Hampel et al., 2003; Laffaille et al., 2000). Elles sont mises en œuvre en considérant les abondances numériques puis les abondances pondérales au sein des communautés rencontrées.
Calcul des matrices de similarité de Bray-‐Curtis
Dans un premier temps, des matrices de similarité de Bray-Curtis (Legendre and Legendre, 1998) sont calculées dans le but de mesurer la distance entre les saisons puis entre les stations (par saison) d’étude, cette distance dépendant de la composition spécifique et des abondances de chaque site.
Les effectifs par espèce ainsi que leur abondance pondérale sont tout d’abord transformés en CPUE (Capture Par Unité d’Effort), l’unité d’effort étant le temps effectif de pêche. Les données sont donc exprimées en nombre d’individus capturés par heure ou en grammes de biomasse pêchés par heure. De plus, pour donner moins de poids aux abondances numériques et pondérales très élevées (pour ramener ces abondances à une échelle de
fluctuation moins importante), une transformation « double racine carrée » (Yt = √ (√Y)) est
réalisée.
Les compositions des communautés de necton de chaque habitat sont dans un premier temps comparées toute campagne confondue, c’est à dire en regroupant les données de pêche des trois campagnes par station. Dans un second temps, la comparaison saisonnière des peuplements observés à chaque campagne dans chaque station est réalisée. Afin d’harmoniser l’effort de pêche, les résultats de capture réalisé lors de la 1ère campagne pour la station ‘Milieu végétalisé’ avec le verveux 4 mm ont été doublés puisqu’un seul verveux de ce type avait été posé, contre 2 pour tous les autres échantillonnages.
La distance de Bray-Curtis convient parfaitement lorsqu’il s’agit d’effectuer des calculs de distance sur les moyennes de CPUE. De plus, cette mesure de distance ne rapproche par artificiellement des sites sur la base d’espèces absentes sur les deux sites comparés. Ces calculs de distance sont réalisés à l’aide de la fonction ‘vegdist’ de la librairie ‘vegan’ dans le logiciel R.
Classification ascendante hiérarchique (CAH)
Cette méthode de classification produit des groupes (« clusters ») décrits par un certain nombre de variables ou caractères. Elle procède à la construction des groupes par
I. Matériel et méthode
des objets (Grall and Hily, 2003). Il existe plusieurs méthodes de CAH et plusieurs choix de calcul de la distance entre deux objets. Dans la présente étude, les dendrogrammes de classification des habitats (« cluster dendrogramm ») par rapport aux communautés de necton sont réalisées à partir des matrices de similarité décrites précédemment. La fonction ‘hclust’ du package ‘vegan’ de R permet de construire les ‘cluster dendrogramms’ pour comparer les communautés par station, toutes saisons confondues puis saison par saison.
L’ordination sur matrice de distance
L’ordination est réalisée à l’aide de l’analyse multivariée Nonmetric Multidimensional
Scaling (NMDS ou MDS). A partir des matrices de similarité de Bray-Curtis, elle permet
d’obtenir une représentation des distances entre les stations dans un espace à n dimensions, la
proximité entre les stations reflétant leur similarité. Cette méthode peut se baser sur des indices non métriques, et peut même s’accommoder de valeurs de distances manquantes. Pour un faible nombre de dimensions (2 ou 3), cette méthode permet souvent de représenter une matrice de distances avec moins de déformations que l’analyse en coordonnées principales. Le cadrage des objets (stations) est réalisé itérativement par minimisation d’une ‘fonction de stress’. Plus sa valeur est faible, plus la représentation est fidèle. La fonction ‘metaMDS’ du package ‘vegan’ de R permet de construire les ordinations pour comparer les communautés par station, toutes saisons confondues puis saison par saison.
I.4.2. Analyse de la croissance dans les bassins de retenue d’eau
L’étude de la croissance des juvéniles de poissons séjournant dans les 3 bassins tidaux durant la période de mortes eaux est réalisée en observant l’évolution de la moyenne des tailles des individus capturés entre les 3 campagnes de pêche de juillet.
Pour une espèce donnée, la distribution des tailles est représentée à l’aide d’histogrammes afin de suivre le décalage des pics de fréquence de taille mais aussi de vérifier si plusieurs cohortes sont présentes dans les bassins au même moment. Lorsque plusieurs cohortes sont détectées, une décomposition polymodale (package Mixdist de R) permet d’obtenir les moyennes de taille de chaque groupe, un groupe correspondant à une cohorte. Ainsi, le suivi de la croissance est possible pour chaque cohorte et non pas uniquement sur la classe de taille dominante.
Finalement les taux de croissance journaliers sont calculés à partir de la relation :
! =(!!− !!) ∕ !!
I. Matériel et méthode
où L1 est la taille moyenne de la première campagne, L2 celle de la dernière campagne et ∆T
le nombre de jour écoulé entre la première et la dernière campagne de capture.
I.4.3. Evolution de la diversité spécifique occupant le marais de Mortagne
L’évolution annuelle de la richesse spécifique des poissons et crustacés présents dans l’axe principal du marais dépoldérisé est possible puisque des échantillonnages ont été réalisés sur ce site chaque année depuis 2008 (annexe 3). L’effort d’échantillonnage variant selon l’année (nombres de campagnes et d’engins de pêches utilisés), la comparaison des richesses spécifiques annuelles est réalisée en utilisant une procédure de raréfaction (fonction « rarefy » de R (Jacobs, 2011)). Le principe consiste à extraire un sous-échantillon de l’échantillon (ex : les captures de poissons dans l’axe principal durant l’année 2013) pour en calculer la distribution d’abondance et ce processus est répété pour des tailles de sous-échantillons différentes. Ainsi, une courbe de raréfaction montre l’évolution de la valeur attendue de la richesse spécifique en fonction de la taille d’échantillon (Ricklefs and Miller, 2005).
Les courbes de raréfaction sont obtenues en séparant les communautés de poissons et les macro-crustacés ainsi que les captures saisies à l’aide des verveux ‘DCE’ et de 4 mm.
II. Résultats
II. Résultats
II.1 Représentation spatiale du bilan des captures réalisées en 2013
Les figures 10 et 11 permettent de visualiser les abondances de poissons et de macro-crustacés observées lors des pêches ‘vives eaux et ‘mortes eaux’ dans les différents habitats, toutes campagnes confondues. Les richesses spécifiques sont également renseignées.
L’effort d’échantillonnage produit en 2013 a permis d’observer un grand nombre d’individus qui colonisent les différentes zones d’accueil. Les effectifs capturés et les richesses spécifiques de poissons et crustacés sont relativement hétérogènes entre habitat.
Figure 10: Vue globale des effectifs et des richesses spécifiques de poissons observés dans le marais
SP1 SP2 SP3 SP4 SR Bass1 Bass4 Bass3 SR SP1 SP2 SP3 SP4 Bass1 Bass3 Bass4
II. Résultats
II.2 Mode d’occupation spatio-temporel du necton au sein du marais
en développement
Cette partie présente les résultats de l’échantillonnage de l’ichtyocarcinofaune observés lors des 3 campagnes de pêche ‘vives eaux’ réalisées en 2013 au niveau des 4 sites de l’ancien polder et du site naturel de référence.
II.2.1. Composition des communautés de poissons et macro-crustacés
Le tableau 1 fait la synthèse de la richesse spécifique, du nombre d’individus et de la biomasse de necton échantillonnée par station et par saison (détail des captures en annexe 4).
Tableau 1 : Synthèse des captures de poissons et macro-crustacés, regroupant les 3 campagnes 'vives eaux', répertoriées par station et par saison.
Poissons Crustacés
Habitat Campagne espèces Nb d'individus Nombre Biomasse (kg) espèces Nb d'individus Nombre Biomasse (kg) Coursière naturelle avril 9 531 0,65 7 145 0,06 juin 5 230 0,16 3 101 0,65 août 3 411 0,27 3 341 0,97 Coursière d’érosion avril 6 312 0,19 5 170 0,16 juin 8 176 0,19 4 23 0,25 août 3 163 0,20 4 74 1,07 Axe principal avril 9 609 13,51 5 115 0,11 juin 9 781 13,20 3 358 0,19 août 6 430 1,44 2 47 1,03 Bassin tidal3 avril 6 108 0,05 4 2590 1,76 juin 8 105 0,10 3 376 0,93 août 4 54 0,08 1 42 1,01 Milieu végétalisé avril 5 226 0,30 4 362 0,35 juin 4 142 0,21 2 811 0,57 août 4 98 0,34 2 84 1,57 Total général 4376 30,90 5639 10,66
Durant ces 3 campagnes, 4376 poissons et 5639 macro-crustacés ont été capturés, pour une masse totale de 30,9 kg et de 10,7 kg respectivement. D’un point de vue global, le peuplement est plus riche en espèces de poissons que de crustacés dans les zones prospectées. Pour toutes les stations, la campagne d’août montre les plus faibles richesses spécifiques. En avril, les richesses de crustacés sont plus élevées pour tout les sites alors que pour les poissons, les plus importantes sont au niveau de la coursière naturelle et du milieu végétalisé et pour juin, elle
II. Résultats
maximum de diversité est observé dans l’axe principal où le plus grand effectif de poissons a été capturés, avec également les plus importantes biomasses. Pour les crustacés, l’effectif le plus élevé a été observé dans le bassin tidal en avril.
La composition des communautés d’espèces capturées durant les 3 campagnes de pêche ‘vives eaux’, toutes stations et sites confondus, est récapitulé dans le tableau 2.
Tableau 2: Récapitulatif de la composition des communautés de poissons et de macro-crustacés capturés durant les 3 campagnes 'vives eaux'
N nombre d'individus, %N abondance numérique, %B abondance pondérale, %F fréquence d'occurrence
Nom latin Nom commun N %N %B %F Poissons
Espèces migratrices amphihalines Anguillidae Anguilla anguilla Anguille européenne 44 0,44 21,99 47 Mugilidae Liza ramada Mulet porc 325 3,26 50,05 100 Pleuronectidae Platichthys flesus Flet commun 34 0,34 0,12 53 Espèces marines euryhalines
Engraulidae Engraulis encrasicolus Anchois 9 0,09 -‐ 7 Moronidae Dicentrarchus labrax Bar franc 516 5,17 17,39 87 Mugilidae Chelon labrosus Mulet a grosses lèvres 1 0,01 -‐ 7 Liza aurata Mulet doré 21 0,21 0,08 27
Sciaenidae Argyrosomus regius Maigre 4 0,04 -‐ 7 Soleidae Solea solea Sole commune 3 0,03 -‐ 13 Sparidae Sparus aurata Dorade royale 21 0,21 0,07 27
Espèces estuariennes
Gasterosteidae Gasterosteus aculeatus Epinoche 37 0,37 -‐ 47 Gobiidae Pomatoschistus microps Gobie tacheté 3278 32,85 1,42 100 Pomatoschistus minutus Gobie buhotte 38 0,38 0,04 27
Espèces dulçaquicoles
Cyprinidae Blicca bjoerkna Brème bordelière 1 0,01 -‐ 7 Pseudorasbora parva Pseudorasbora 9 0,09 -‐ 20 Rutilus rutilus Gardon 1 0,01 -‐ 7
Percidae Sander lucioperca Sandre 6 0,06 -‐ 7 Poeciliidae Gambusia holbrooki Gambusie 1 0,01 -‐ 7
Crustacés
Crangonidae Crangon crangon Crevette grise 471 4,72 0,22 73 Grapsidae Hemigrapsus penicillatus Crabe japonais 4 0,04 -‐ 20 Hemigrapsus takanoi Crabe japonais 12 0,12 -‐ 27 Palaemonidae Palaemon longirostris Bouquet delta 220 2,20 0,38 53 Palaemonetes varians Bouquet des marais 4521 45,30 1,30 73 Portunidae Carcinus maenas Crabe vert 402 4,03 6,93 100 Varunidae Eriocheir sinensis Crabe chinois 1 0,01 -‐ 7 Effectif total 9980 Richesse spécifique 18 espèces de poissons et 7 espèces de macro-‐crustacés
Au total, 18 espèces de poissons et 7 espèces de décapodes ont été recensées. Concernant les crustacés, le Crabe vert Carcinus maenas a été observé dans toutes les stations des 3 campagnes avec 100% d’occurrence et domine pondéralement. Cependant, c’est la crevette
II. Résultats
des marais Palaemonetes varians qui domine numériquement dans le marais. Mise à part le Crabe chinois Eriocheir sinensis (occurrence de 7%), toutes les autres espèces de crustacés ont observées plus d’une fois.
Avec 100% d’occurrence, les mulets porcs Liza ramada et les gobies tachetés Pomatoschistus
microps ont été observés dans les 5 stations échantillonnées à 3 reprises. Avec 87%
d’occurrence, le bar franc dicentrarchus labrax est aussi la seule espèce marine euryhaline commune dans le marais. Ces 3 espèces présentent également les abondances numériques les plus importantes (respectivement 3,26% ; 32,85% et 5,17%) et les mulets porcs représentent la plus forte proportion de la biomasse des captures (50,05 %). Parmi les espèces marines euryhalines, les effectifs de dorade royale Sparus aurata et de mulet doré Lira aurata sont non négligeables (21 individus chacune). Parmi les espèces migratrices amphihalines, l’anguille européenne anguilla anguilla et le flet commun Platichthys flesus ont été régulièrement remontés dans les filets avec cependant des abondances numériques et pondérales relativement faibles. Comparativement aux gobies tachetés, les 2 autres espèces estuariennes, c’est à dire le gobie buhotte Pomatoschistus minutus et l’épinoche Gasterosteus
aculeatus sont peu présentes dans les captures. Enfin, les espèces d’eau douce peuvent être
considérées comme rare dans ce marais salé.
Pour l’ichtyofaune, les 3 espèces estuariennes ont été observées à tout les stades (alevin, juvénile et adulte). Excepté pour le bars francs, l’anguille européenne et le mulets porc où quelques adultes ont été capturés, toutes les autres espèces sont représentées par de jeunes individus, alevins ou juvéniles (et spécialement le groupe 0+).
II.2.2. Comparaison inter-sites globale
La comparaison des sites en fonction de leur peuplement est réalisée en regroupant les captures des 3 campagnes de pêche pour chaque station.
Classification des abondances numériques et pondérales globales
Les résultats des classifications des sites en considérant les abondances numériques (gauche) et pondérales (droite) des 3 campagnes sont présentées dans la figure 12.
Les 2 dendrogrammes représentent les similarités entre les stations, toutes saisons confondues. La classification par abondances numériques (gauche) permet de distinguer 2 groupes de station. Les coursières d’érosion et naturelles présentent des assemblages de necton fortement similaires qui semblent également proches du peuplement de l’axe principal.
II. Résultats
Ces 3 sites forme donc un 1er groupe de ressemblance. La station du bassin tidal et celle du
milieu végétalisé forme un second groupe.
Figure 12 : Dendrogrammes des matrices de similarité de Bray-Curtis inter-sites considérant les abondances numériques (gauche) et pondérales (droite) observées durant les 3 campagnes de pêche ‘vives eaux’
Les abondances pondérales (droite) confirme la ressemblance entre les 2 coursières. Ces 2 sites forment cette fois un groupe de similarité avec le milieu végétalisé et le bassin tidal. Contrairement à la classification par abondances numériques, cette classification fait apparaître que l’axe principal dissemble des autres sites et forme ainsi un groupe à part entière.
Ordination des abondances numériques et pondérales globales
Les mêmes matrices de similarité sont utilisées pour représenter la répartition des sites entre eux par l’analyse NMDS. La figure 13 regroupe les ordinations obtenues avec les abondances numériques (gauche) et les abondances pondérales (droite).
Que ce soit par l’analyse en abondance numérique ou pondérale, les stations restent relativement proches les unes des autres. Il faut souligner que dans les 2 cas, les positions relatives dans le repère des stations du marais en voie de renaturation gravitent toutes autour de celle de la coursière naturelle. L’ordination des abondances numériques montre que les dissemblances sont plus fortes entre les sites du marais qu’entre la coursière naturelle et chaque site pris indépendamment. Dans ce sens, le peuplement de l’axe principal paraît éloigné de celui du milieu naturel et du bassin tidal, mais assez proche de celui de la coursière d’érosion. En abondances pondérales, les communautés de necton des 2 coursières sont très proches. L’axe principal semble montrer le plus de dissemblance avec les autres sites étudiés.
II. Résultats
Figure 13 : Ordinations des sites de captures par la méthode NMDS utilisant les abondances numériques (gauche) et pondérales (droite), toutes saisons confondues. Fonction de stress = 0 pour les 2 ordinations.
D’une manière générale, les peuplements observés lors des 3 campagnes de pêche dans le marais semblent être relativement proches du milieu naturel. La comparaison inter-sites fait apparaître des dissemblances au sein de la lagune en développement.
II.2.3. Comparaison inter-sites saisonnière
L’aspect saisonnier conditionne fortement les assemblages ichtyologiques. La comparaison des sites est donc également effectuée en séparant les données par saison.
Classification des abondances numériques et pondérales saisonnières
La figure 14 illustre les dissimilarités saisonnières entre stations, obtenues à partir des matrices de Bray-Curtis réalisées avec les abondances numériques (gauche) et pondérales (droite). Des groupes ont été constitués pour plus de visibilité et sont représentés par un rectangle rouge.
La classification des abondances numériques révèle des similarités entre les stations de l’axe principal et des 2 coursières lors du mois avril (groupe 5). Les communautés de necton observées en août et juin dans la coursière d’érosion semblent très proches (groupe 7). En août, les peuplements du bassin tidal et du milieu végétalisé présentent également des similarités (groupe 2). Donc dans ces 3 cas, soit l’effet saisonnier soit l’effet station peuvent expliquer les ressemblances, mais globalement, l’effet combiné station-saison fait ressortir les dissimilarités existantes entre les saisons et les stations.
