Etude des facteurs de risque de la mortalité des agneaux

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Etude des facteurs de risque de la mortalité des agneaux

Elodie Chovaux, . Institut de l’Elevage, . Inp - Ecole Nationale Vétérinaire

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Elodie Chovaux, . Institut de l’Elevage, . Inp - Ecole Nationale Vétérinaire. Etude des facteurs de risque de la mortalité des agneaux. Sciences du Vivant [q-bio]. 2011. �hal-02806615�

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Date : Signature :

___________________________________________________________________________

Rennes, le

Le Maître de stage(2), L’auteur,

L’Enseignant responsable(2),

(1) L’administration, les enseignants et les différents services de documentation du Pôle Agronomique de Rennes s’engagent à respecter cette confidentialité.

REMERCIEMENTS

Je remercie l’ensemble du personnel de l’institut de l’élevage et du département génétique de l’INRA de Toulouse pour leur accueil chaleureux.

Je tiens à remercier tout particulièrement Jean-Marc Gautier, Fabien Corbière, Dominique François et Jean Paul Poivey qui m’ont encadré tout au long de ce stage et ont été d’une aide précieuse et de très bon conseil pour l’étude réalisée et la rédaction de ce rapport.

Je remercie également Alain Gaillard ainsi que mes collègues de bureau Hugue Caillat et Julien Ruesche pour m’avoir accordé un peu de leur temps pour répondre à certaines interrogations.

Merci à l’ensemble du personnel des stations expérimentales ovines du département génétique de l’INRA qui m’ont gentiment accueillis et présentés leurs installations ainsi que leur travail.

Un grand merci à Annette Castres et Florence Benoit pour leur gentillesse et leur aide dans l’ensemble des démarches administratives.

Table des illustrations

Figure 1 : localisation des différentes stations expérimentales ovines du département de génétique animale de l'INRA

Figure 2 : mise en place des différents échantillons ayant servis pour la description de la mortalité puis pour l'analyse des facteurs de risque

Figure 3 : évolution de la mortalité au cours des années dans les cinq troupeaux étudiés

Figure 4 : incidence de la mortalité en fonction de l'âge des agneaux, entre la naissance et 60 jours Figure 5 : part de chaque type de mortalité dans la mortalité globale dans chacun des troupeaux

Figure 6 : décomposition de la mortalité globale par classe d'âge et par troupeau. Des lettres différentes au sein d'une classe d'âge indiquent une différence significative à p<0,05

Figure 7 : variation relative de poids de la brebis au cours de la gestation dans chacune des stations réalisant les pesées à la lutte et à la mise-bas

Figure 8 : facteurs de risques et interactions pouvant avoir une influence sur la mortalité des agneaux (réalisé avec Clémentine Herieau)

Tableaux

Tableau 1 : principales caractéristiques des 5 troupeaux étudiés

Tableau 2 : interprétation de la variation relative de poids des mères entre la lutte et la mise-bas Tableau 3 : quartiles des distributions des poids de naissance des agneaux selon les races

Tableau 4 : principales causes de mortalité dans les cinq troupeaux étudiés au cours de la période postnatale immédiate

Tableau 5 : principales causes de mortalité dans les cinq troupeaux étudiés au cours de la période postnatale intermédiaire

Tableau 6 : principales causes de mortalité dans les cinq troupeaux étudiés au cours de la période postnatale tardive

Tableau 7 : description de l'échantillon d'étude pour chacun des modèles globaux selon les facteurs de risque évalués

Tableau 8 : résultats du modèle d'analyse globale des facteurs de risque de mortalité chez les avortons et mort-nés

Tableau 9 : résultats du modèle d'analyse globale des facteurs de risque de mortalité postnatale immédiate Tableau 10 : résultats du modèle d'analyse globale des facteurs de risque de mortalité postnatale intermédiaire

TABLE DES ANNEXES

ANNEXE I : QUESTIONNAIRE A DESTINATION DES STATIONS EXPERIMENTALES OVINES DU DEPARTEMENT GENETIQUE DE L’INRA

ANNEXE II : DESCRIPTION DES PRATIQUES D’ELEVAGE DANS LES CINQ TROUPEAUX ETUDIES

ANNEXE III : RESULTATS DES MODELES TROUPEAU PAR TROUPEAU POUR CHACUNE DES CLASSES D’AGE ETUDIEES

TABLE DES MATIERES

INTRODUCTION ... 1

1 MATERIEL ET METHODE ... 2

1.1 Description des stations expérimentales ... 2

1.1.1 La Fage lait ... 2

1.1.2 La Fage viande ... 2

1.1.3 Langlade ... 2

1.1.4 Le Merle ... 2

1.1.5 La Sapinière ... 3

1.2 Les informations recueillies ... 3

1.3 Constitution de l’échantillon d’étude ... 3

1.4 Description de la mortalité ... 4

1.5 Analyse des facteurs de risque ... 4

1.5.1 Les variables explicatives ... 4

1.5.2 La régression logistique ... 5

1.5.3 Les modèles ... 6

2 RESULTATS ... 7

2.1 Description de la mortalité ... 7

2.1.1 Mortalité globale ... 7

2.1.2 Incidence de la mortalité selon l’âge des agneaux ... 7

2.2 Les principales causes de mortalité ... 7

2.3 Résultats de l’analyse des facteurs de risque ... 8

2.3.1 Description de l’échantillon d’étude ... 8

2.3.2 Résultats ... 8

2.3.2.1 Avortons/mort-nés ... 8

2.3.2.2 Mortalité postnatale immédiate (0 à 2 jours) ... 9

2.3.2.3 Mortalité postnatale intermédiaire (3 à 7 jours) ... 11

2.3.2.4 Mortalité postnatale tardive (8 à 60 jours) ... 12

3 DISCUSSION ... 13

3.1 Description de la mortalité ... 13

3.1.1 Mortalité globale et par classe d’âge ... 13

3.1.2 Les principales causes de mortalité ... 14

3.2 Analyse des facteurs de risque ... 15

3.2.1 Sexe ... 15

3.2.2 Poids à la naissance ... 15

3.2.3 Taille de la portée ... 16

3.2.4 Variation relative de poids de la mère au cours de la gestation ... 16

3.2.5 Mode d’allaitement ... 17

3.2.6 Rang d’agnelage ... 17

3.2.7 Saison de naissance ... 17

3.2.8 Moment de naissance dans la saison ... 18

3.2.9 Nombre de naissances le même jour ... 18

3.2.10 Race de la mère ... 18

1

INTRODUCTION

La productivité numérique d’un troupeau ovin est un facteur essentiel à sa rentabilité. Ainsi, d’après la définition de Benoit et Laignel (2006), « celle-ci exprime le nombre annuel d’agneaux produits (vendus et agnelles gardées) par brebis de plus de 12 mois. […]. La productivité numérique est constituée de trois composantes aisément calculables : (i) Taux de mise-bas = nombre de mise-bas annuel/brebis de plus de 12 mois ; (ii) prolificité = nombre d’agneaux nés (y compris morts)/nombre de mise-bas ; et (iii) taux de mortalité des agneaux = nombre d’agneaux morts (jusqu’à la vente ou 1 an)/nombre d’agneaux nés, y compris ceux issus d’avortements tardifs identifiés ». La mortalité des agneaux est la cause principale de perte de productivité dans les troupeaux ovins (Girard et Arsenault, 2003) et est une source de pertes économiques importantes. La mortalité peut intervenir à différentes périodes de la vie de l’agneau et est liée à de multiples causes (syndrome d’hypothermie inanition, maladies infectieuses/non infectieuses, dystocie,…). Elle est influencée par une grande variété de facteurs liés à la conduite et aux maladies du troupeau (Rook et al., 1990). Les facteurs de risque de mortalité se distinguent suivant s’ils sont liés à la mère (âge, parité, taille de la portée état corporel, comportement, production de colostrum/lait, génétique, …), à l’agneau (poids à la naissance, comportement, sexe, génétique,…) et à l’environnement (conditions de climat ou d’ambiance, microbisme, état sanitaire du troupeau, soins apportés aux brebis gestantes et aux agneaux,…). Les pertes annuelles de production par mortalité avant sevrage représentent de 15 à 50% dans certains troupeaux (Dennis, 1974 ; Rook et al., 1990 ; Haughey, 1991 ; Girard et Arsenault, 2003 ; Fragkou et al., 2010). La moyenne se situe autour de 20% (Rook et al., 1990). La majeure partie de ces pertes a lieu dans les quelques jours suivant la mise-bas (Dennis, 1974 ; Rook et al., 1990 ; Haughey, 1991). Selon Fragkou et al., 2010), un objectif réaliste en termes de mortalité entre le 2ème mois de gestation et le premier mois de vie, dans un troupeau bien conduit, serait d’obtenir un taux de 3%, avec une limite supérieure acceptable de 5%. Cet objectif est atteignable en travaillant surtout sur l’amélioration des pratiques d’élevage (Rook et al., 1990) et en limitant les risques.

Ainsi, dans le cadre des UMT « Santé des petits Ruminants et Génétique des Petits

Ruminants », une étude concernant la mortalité des agneaux a été menée afin d’identifier et de

mieux caractériser certains facteurs de risque de la mortalité des agneaux, en s’attachant à des informations sur les mères et les agneaux. Ce rapport présente le travail basé sur l’analyse des données de suivi longitudinal des stations expérimentales du département de Génétique Animale de l’INRA. Cette étude a pour objectif de mettre en évidence et/ou confirmer certains de ces facteurs de risque afin de pouvoir éventuellement adapter au mieux les pratiques d’élevage et de limiter les pertes d’agneaux. Dans un premier temps, l’étude a consisté en une description globale de la mortalité (causes de mortalité, période, …). Dans un second temps, une analyse des facteurs de risques de mortalité a porté sur l’ensemble des stations d’élevage ovine du département génétique de l’INRA. Enfin, une analyse a été réalisée élevage par élevage afin de mettre en évidence les différences pouvant exister en terme de facteurs de risque au niveau de ces stations.

Dans un premier temps, les méthodes et outils utilisés pour réaliser cette étude seront donc exposés. Ensuite, les principaux résultats seront présentés. Enfin une discussion de ces résultats sera réalisée ainsi qu’une mise en perspective de ceux-ci avec la bibliographie.

Tableau 1 : principales caractéristiques des 5 troupeaux étudiés

TROUPEAU EFFECTIF SYSTÈME D'ELEVAGE RACES PRINCIPALES PROLIFICITE (nombre d'agneau

nés par brebis et par portée)

La Fage lait 550 bergerie toute l'année Lacaune 2,0

La Fage viande 300 extensif, pâturage toute l'année Romane 2,5

Langlade 600 bergerie toute l'année Romanov

Lacaune

3,2 3,2

Le Merle 1500

Extensif, rentré en bergerie la nuit entre septembre et décembre, transhumance

entre juin et août

Merinos d'Arles Booroola (Mérinos présentant le gène d'hyperprolificité booroola)

1,4 2,5

La Sapinière 1500 bergerie toute l'année

Romane Romanov Martinik black Belly

2,2 2,9 2,6 Figure 1 : localisation des différentes stations expérimentales ovines du département de génétique

animale de l'INRA

Source fond de carte : http://fr.wikipedia.org/wiki/Fichier:France_location_map-Regions_and_departements.svg

2

1

MATERIEL ET METHODE

1.1

Description des stations expérimentales

Afin de réaliser cette étude, des données concernant les agneaux nés des stations d’élevage ovines du département génétique de l’INRA ont été recueillies. Quatre stations ont donc été utilisées (figure 1) :

- La Fage, située dans l’Aveyron, dans les causses du Larzac et comprenant deux troupeaux : un troupeau laitier et un troupeau allaitant.

- Langlade, située en Haute-Garonne et constituée d’un troupeau allaitant. - Le Merle, située en Provence et constituée d’un troupeau allaitant.

- La Sapinière, située dans le Cher, près de Bourges et constituée d’un troupeau allaitant.

Les principales caractéristiques de ces troupeaux sont résumées dans le tableau 1.

1.1.1 La Fage lait

Ce troupeau est constitué d’environs 550 brebis Lacaune passant une grande partie du temps en bergerie où ont lieu les mise-bas. Les principales expérimentations menées concernent la sélection laitière divergente, le comptage de cellules somatiques, les mammites et l’aptitude à la traite mécanique. La prolificité moyenne du troupeau est d’environ 2 agneau par brebis. Les agneaux surnuméraires sont envoyés en allaitement artificiel.

1.1.2 La Fage viande

Ce troupeau est constitué de près de 300 brebis Romane et croisées Romane élevées en parcours toute l’année. Les agnelages se font systématiquement à l’extérieur. Le but principal de cet élevage est d’obtenir des animaux adaptés au système et non l’inverse. Les principales expérimentations menées sont sur le comportement, l’utilisation du pâturage et l’adaptation aux milieux à fortes contraintes. Ce troupeau présente une prolificité moyenne de 2,5 agneaux par brebis. L’allaitement artificiel y est également utilisé.

1.1.3 Langlade

Constitué de 600 brebis de races Romanov et Lacaune principalement, cet élevage présente un statut particulier puisqu’il est maintenu en situation de pandémie de tremblante. Les brebis passent la plupart du temps en bergerie où ont lieu les agnelages. Cette station sert notamment aux expérimentations sur un gène d’hyper prolificité chez les Lacaune, sur la tremblante chez les Romanov et sur un gène d’hypertrophie musculaire. La prolificité moyenne est de 3,2 pour les Romanov et pour les Lacaune. Les agneaux surnuméraires sont envoyés en allaitement artificiel.

1.1.4 Le Merle

Ce troupeau de 1500 brebis de race Mérinos d’Arles et Booroola (Mérinos présentant le gène d’hyper-prolificité Booroola) est élevé de façon extensive dans les plaines de la Crau. Il est au pâturage toute l’année et transhume de juin à août. Les agnelages ont lieu dehors mais les brebis et leurs agneaux sont rentrés en bergerie pendant 1 ou 2 jours après leur mise-bas. De plus, les animaux sont systématiquement rentrés la nuit entre septembre et décembre. Les principales expérimentations menées concernent le désaisonnement et le gène Booroola. La prolificité moyenne est de 1,4 pour les Mérinos d’Arles et de 2,5 pour les Booroola. L’élevage du Merle ne pratique pas d’allaitement artificiel, les agneaux surnuméraires sont généralement mis à l’adoption.

Figure 2 : mise en place des différents échantillons ayant servis pour la description de la mortalité puis pour l'analyse des facteurs de risque

Agneaux morts entre 2004 et 2010 dans les 5 stations

Agneaux morts avant

60 jours

Agneaux ayant servi à la description globale

de la mortalité 2777 Agneaux morts de façon

non naturelle avant 60 jours

•125 agneaux issus de transferts embryonnaires

•18 agneaux de mère inconnue •282 ayant une incohérence entre l’âge et la cause de la mort

52 060 Agneaux ayant servi dans

le modèle pour les avortons et mort-nés

•Agneaux nés hors des principales périodes de mise-bas

•Agneaux nés de mère dont la race ne fait pas partie des races principales

• Agneaux morts de façon non naturelle avant 60 jours

Agneaux ayant servi dans le modèle hors avortons et

mort-nés •Agneaux avortons ou mort-nés

43 519 51 635

44 182

•Agneaux morts avant 60 jours et non avortons ou mort-nés

3

1.1.5 La Sapinière

Ce troupeau est constitué de 1500 brebis Romane, Romanov ainsi que quelques Martinik Black Belly. Les brebis passent la plupart de leur temps et agnèlent en bergerie. Les principales expérimentations menées dans cet élevage concernent le parasitisme, le comportement et un gène d’hyper-muscularité : le gène Texel. La prolificité moyenne est de 2,2 pour les Romane et 2,9 pour les Romanov.

1.2

Les informations recueillies

Les données recueillies ont été récupérées sur la base de données Geedoc qui contient l’ensemble des informations concernant les ovins et caprins nés dans les différentes stations expérimentales de l’INRA. Pour cette étude, ont été utilisées les informations concernant l’ensemble des agneaux nés entre 2004 et 2010 dans les troupeaux étudiés. Les agneaux nés avant 2004 n’ont pas été pris en compte car avant cette date les codes permettant de définir la cause de la mort de l’animal n’étaient pas uniformisés entre stations. La base de données Geedoc est constituée de différentes tables. Pour cette étude, trois tables ont été utilisées :

- la table « animal » contenant les informations sur l’agneau (identification, date de naissance, date de mort, cause de la mort, taille de la portée, mère, père, sexe, type d’allaitement,…)

- la table « mise-bas » contenant principalement certaines informations sur la mère et qui a permis de calculer les informations « rang d’agnelage », « intervalle entre agnelages ».

- la table « pesée » qui a permis d’obtenir les différentes pesées utilisée lors de l’étude (poids de l’agneau à la naissance, poids de la brebis à la lutte et à la mise-bas).

De plus, un questionnaire à destination des responsables de chaque troupeau a été réalisé (ANNEXE I). Les pratiques d’élevage pouvant varier d’un troupeau à l’autre et influencer différemment la mortalité des agneaux avant 60 jours, il était donc nécessaire d’étudier les pratiques pour chacun des troupeaux de façon à pouvoir ensuite interpréter certaines différences. Le questionnaire portait donc sur l’organisation de la reproduction, la gestion des bâtiments et des animaux ainsi que l’organisation et la répartition du travail au sein des stations. Les principaux résultats obtenus sont décrits en ANNEXE 2.

1.3

Constitution de l’échantillon d’étude (figure 2)

Une table de données contenant des informations sur les agneaux nés entre 2004 et 2010 ainsi que leurs mères a donc été créée. Elle contenait initialement 52 060 agneaux.

Un certain nombre d’agneaux a été retiré de l’analyse descriptive et analytique de la mortalité pour les raisons suivantes : agneaux issus de transfert embryonnaire (n=125), mère inconnue (n=18), cause de la mort incompatible avec l’âge à la mort (ex : avorton mort à 2 jours) (n = 282). De plus, les agneaux morts de façon non naturelle avant 60 jours (envoyé à la boucherie, euthanasié pour raisons expérimentales,…) (n=2777) n’ont pas été considérés dans l’analyse. Un total de 51 635 agneaux a donc finalement servi à la description de la mortalité.

Par ailleurs, l’analyse des facteurs de risque a été conduite sur un échantillon réduit. En effet, seules les principales périodes de mise-bas et les principales races présentes dans chaque troupeau ont été retenues (Lacaune lait, Lacaune allaitant, Romanov, Romane, INRA 401, Merinos d’Arles, Martinik Black Belly, Croisées Romanov, Croisées Romane, Croisées Lacaune, Booroola). Les agneaux dont les données concernant le sexe, le poids à la naissance et le mode d’allaitement étaient manquantes ont été exclus du modèle pour les agneaux non avortons ou morts nés.

4

1.4

Description de la mortalité

L’analyse de la répartition de la mortalité des agneaux en fonction de leur âge dans les 5 troupeaux indique que la mortalité après 60 jours (hors boucherie) est faible. Il a donc été décidé de travailler, pour l’ensemble des troupeaux, sur la mortalité de la naissance à 60 jours. Cette fenêtre a été découpée en cinq périodes, principalement sur des critères biologiques :

- agneaux avortons et mort-nés

- agneaux morts entre 0 et 2 jours : mortalité postnatale immédiate - agneaux morts entre 3 et 7 jours : mortalité postnatale intermédiaire - agneaux morts entre 8 et 60 jours : mortalité postnatale tardive - agneaux encore vivants après 60 jours.

La description de la mortalité a consisté dans un premier temps à calculer l’incidence de la mortalité en fonction de l’âge des agneaux, c'est-à-dire le nombre d’agneaux morts à un instant donné par agneau présent et par pas de temps. Le pas de temps était le jour jusqu’à 7 jours et la semaine au-delà. De plus, une description de la mortalité par classe d’âge pour chaque troupeau a été réalisée.

Ensuite une description des différentes causes de mortalité dans chaque élevage et par classe d’âge a été réalisée. Seules les causes comptant pour plus de 5% de la mortalité ont été détaillées. Les autres ont été regroupées sous le terme « autres causes».

1.5

Analyse des facteurs de risque

1.5.1 Les variables explicatives

A partir d’une étude bibliographique approfondie, les facteurs de risque de mortalité des agneaux retenus dans l’étude sont :

Facteurs liés à l’agneau :

● taille de la portée, ● poids de naissance, ● sexe,

Facteurs liés à la brebis :

● rang d’agnelage,

● variation relative du poids de la mère entre la lutte et la mise-bas, ● race de la mère,

Facteurs liés à l’environnement :

● troupeau,

● mode d’allaitement (maternel ou artificiel), ● saison de naissance,

● moment de naissance dans la saison (début, milieu, fin de saison), ● nombre de naissances le même jour.

Tableau 2 : interprétation de la variation relative de poids des mères entre la lutte et la mise-bas

Variation relative de

poids (en %) Interprétation

]-∞ ; -5[ Perte de poids

[-5 ; 5[ Poids stable

[5 ; 15[ Prise de poids modérée [15 ; +∞[ Prise de poids importante

Tableau 3 : quartiles des distributions des poids de naissance des agneaux selon les races 1er quartile (en kg) 2ème quartile (en kg) 3ème quartile (en kg) 4ème quartile (en kg)

Lacaune lait ] -∞ ; 3,4 ] ] 3,4 ; 4,0 ] ] 4,0 ; 4,6 ] ] 4,6 ; +∞ [

Lacaune allaitant ] -∞ ; 2,3 ] ] 2,3 ; 3,0 ] ] 3,0 ; 3,7 ] ] 3,7 ; +∞ [

Romanov ] -∞ ; 1,8 ] ] 1,8 ; 2,3 ] ] 2,3 ; 2,9 ] ] 2,9 ; +∞ [

Romane ] -_∞ ; 3,3 ] ] 3,3 ; 3,9 ] ] 3,9 ; 4,5 ] ] 4,5 ; +_∞ [

Mérinos ] -_∞ ; 3,6] ] 3,6 ; 4,2 ] ] 4,2 ; 4,7 ] ] 4,7 ; +_∞ [

Martinik Black Belly ] -∞ ; 2,2 ] ] 2,2 ; 2,6 ] ] 2,6 ; 3,0 ] ] 3,0 ; +∞ [

Croisées Romanov ] -∞ ; 2,8 ] ] 2,8 ; 3,3 ] ] 3,3 ; 3,9 ] ] 3,9 ; +∞ [

Croisées Romane ] -∞ ; 3,1 ] ] 3,1 ; 3,6 ] ] 3,6 ; 4,2 ] ] 4,2 ; +∞ [

5 La variable « variation relative du poids de la brebis au cours de la gestation» a été calculée de la manière suivante :

Variation relative de poids =100 * (poids de la brebis juste après la mise-bas - poids de la brebis à la lutte)/ poids de la brebis à la lutte

Cette variable a ensuite été catégorisée, les bornes ayant été choisies de façon à être le plus logiques et explicatives possibles (tableau 2).

Le poids de naissance est très dépendant de la race étudiée. Ainsi, l’utilisation des classes de poids définies par les quartiles de la distribution intra-race des poids de naissance des agneaux a été privilégiée (tableau 3).

La variable « ordre de naissance » a été définie en quatre classes correspondant aux quartiles approchés de la distribution des naissances au cours d’une saison de mise-bas pour un élevage et une campagne donnée.

De même, la variable « nombre de naissances le même jour que l’agneau étudié » a été définie en quatre classe correspondant aux quartiles approchés de la distribution du nombre de naissances par jour au sein d’une saison pour une campagne donnés.

1.5.2 La régression logistique

Cette analyse a pour but de déterminer quels facteurs peuvent avoir une influence sur la mortalité des agneaux. La variable d’intérêt à expliquer est donc la mortalité par classe d’âge avant 60 jours. Les facteurs de risque entrant dans le modèle peuvent agir sur celle-ci de différentes façons selon la période considérée. Une approche par régression logistique multinomiale a donc été choisie puisqu’elle permet d’évaluer séparément les effets des variables explicatives sur les différentes périodes à risque.

Pour chaque classe d’âge j de mortalité (j = 1 à 5 correspondant aux cinq classes : « avortons/mort-nés », « mort de 0 à 2 jours », « mort de 3 à 7 jours », « mort de 8 et 60 jours », « mort après 60 jours »), pij est la probabilité que l’agneau i appartienne à la classe j.

Par ailleurs, un vecteur colonne Xi de k variables explicatives associées à l’agneau i est défini tel que Xi = [1, xi1, xi2, …xik]

Le modèle logistique multinomial ou modèle logit généralisé, s’écrit alors :

où αm sont les intercept et βm sont les vecteurs des paramètres de régression associés aux

variables explicatives. Les résultats du modèle logistique multinomial sont donc représentés par 4 séries de paramètres de régression βm correspondant chacun à la comparaison de chaque

période à risque m au groupe de référence « mort après 60 jours ».

i i i i i x x p x p 3 3 5 3 log _=

α

β

α

β

α

β

α

β

6 Les résultats s’expriment en terme d’odds ratio (ou rapport des cotes). Un odds ratio supérieur à 1 correspond à une modalité d’une variable explicative associée à une augmentation de la probabilité que l’agneau i meure dans la période à risque m, plutôt qu’il vive au-delà de 60 jours par rapport à la modalité de référence (effet aggravant). A l’inverse, un rapport de cote inférieur à 1 correspond à une modalité d’une variable explicative associée à une diminution de la probabilité que l’agneau i meure dans la période à risque m, plutôt qu’il vive au-delà de 60 jours, par rapport à la modalité de référence (effet protecteur).

Pour sélectionner les variables explicatives à mettre dans le modèle, une sélection pas à pas descendante a été réalisée. L’ensemble des variables retenues a été mis dans le modèle de départ puis, celle dont l’effet n’était pas significatif (p>0.05) étaient retirées du modèle. Les analyses descriptives et des facteurs de risque ont été réalisés à l’aide du logiciel SAS 9.1.

1.5.3 Les modèles

Dans un premier temps, une étude globale sur les cinq troupeaux a été réalisée en utilisant un modèle pour les cinq troupeaux. Cependant, compte tenu des effectifs très variables entre troupeaux, les résultats obtenus reflètent principalement les effets observés dans les troupeaux ayant le plus grand nombre d’agneaux inclus dans l’échantillon d’étude. C’est pourquoi, une analyse supplémentaire, spécifique à chaque troupeau, a été réalisée afin de mettre en évidence certaines différences pouvant exister entre troupeaux.

Les informations « sexe de l’agneau » et « poids de l’agneau à la naissance » étaient principalement manquantes pour les avortons et mort-nés. De même, certaines variables (« mode d’allaitement », « moment de naissance », « nombre de naissances le même jour ») n’étaient pas pertinentes pour expliquer la mort de ces agneaux. De ce fait, deux modèles globaux et par troupeau ont été réalisés : un premier modèle appliqué aux seuls avortons et nés et un deuxième modèle appliqué à la mortalité des agneaux hors avortons et mort-nés.

Certains troupeaux étudiés ne sont constitués que d’une race et certaines races ne sont présentes que dans un seul troupeau. Ainsi, dans le modèle global, l’effet race et l’effet élevage peuvent être confondus et l’étude simultanée de ces deux facteurs n’est pas réalisable. C’est pourquoi, le facteur « race » n’ a été inclus que dans les modèles par troupeau et uniquement dans les troupeaux présentant au moins deux races principales.

Enfin, les modèles par troupeau ont parfois dû être adaptés selon l’élevage considéré et ses pratiques (absence de certaines variables ou modalités). Ainsi, l’allaitement artificiel n’étant pas réalisé au Merle, le facteur « mode d’allaitement » n’a pas été étudié dans ce modèle. De plus, le nombre de portées d’effectif supérieur ou égal à 6 était très faible dans les troupeaux de La Fage (lait et viande), du Merle et de la Sapinière. Pour ces 4 troupeaux, seulement 4 modalités de taille de portée ont donc était définie (1, 2, 3 et 4 et +). Enfin, certains facteurs comme la saison de naissance ou la race de la mère ne présentent évidemment pas les mêmes modalités dans chacun des modèles par troupeau.

Figure 3 : évolution de la mortalité au cours des années dans les cinq troupeaux étudiés

Figure 4 : incidence de la mortalité en fonction de l'âge des agneaux, entre la naissance et 60 jours 0 5 10 15 20 25 30 35 2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010 T a u x d e m o rt a li té g lo b a le Années

La Fage lait La fage viande Langlade Le Merle La Sapinière

0 2 4 6 8 10 12 14 16 18 20 0 10 20 30 40 50 60 70 P o u rc en ta g e d e m o rt a li té

Age (en jours)

Figure 5 : part de chaque type de mortalité dans la mortalité globale dans chacun des troupeaux

Figure 6 : décomposition de la mortalité globale par classe d'âge et par troupeau. Des lettres différentes au sein d'une classe d'âge indiquent une différence significative à

p<0,05 0 10 20 30 40 50 60

La Fage lait La Fage viande Langlade Le Merle La Sapinière

P o u rc e n ta g e d e l a m o rt a li té t o ta le

avortons/mort-nés mortalité postnatale immédiate mortalité postnatale intermédiaire mortalité postnatale tardive

0 2 4 6 8 10 12 14 16 18

Avortons/morts nés mortalité postnatale immédiate mortalité postnatale intermédiaire mortalité postnatale tardive P o u rc en ta g e d e m o rt a li té

La Fage lait La Fage viande Langlade Le Merle La Sapinière

a a b c d a a b a a a bc ab c d b a c c c

7

2

RESULTATS

2.1

Description de la mortalité

2.1.1 Mortalité globale

L’évolution de la mortalité dans chacun des élevages au cours des années est représentée dans la figure 3. Cette évolution diffère selon l’élevage considéré. A La Fage viande, le taux de mortalité était relativement faible en 2007 puis s’est mis à fortement augmenter jusqu’en 2010. À La Fage lait, la mortalité augmente régulièrement depuis 2005, passant de 10% à 15% en 5 ans. À la Sapinière et à Langlade, le taux de mortalité est très variable selon les années. Enfin, au Merle, la mortalité a fortement augmenté entre 2005 et 2008 puis elle diminue jusqu’en 2010.

Globalement, la mortalité (naturelle) avant 60 jours entre 2004 et 2010 est de : - 12,1% (789 agneaux morts sur 6 526) à La Fage lait

- 18,3% (844 agneaux morts sur 4 618) à La Fage parcours - 31,9% (2285 agneaux morts sur 7 158) à Langlade - 13,3% (1494 agneaux morts sur 11 250) au Merle - 14,7% (3248 agneaux morts sur 22 083) à la Sapinière

Des tests du chi2 montrent que tous les taux de mortalité diffèrent significativement entre tous les troupeaux. Notons par ailleurs que la mortalité est beaucoup plus élevée à Langlade par rapport à l’ensemble des autres stations.

2.1.2 Incidence et description de la mortalité selon l’âge des agneaux

L’incidence de la mortalité entre la naissance et 60 jours suit une tendance semblable dans les cinq troupeaux étudiés (figure 4). Elle est très importante au cours des 48 premières heures puis diminue rapidement à partir du troisième jour pour devenir faible à partir du 5ème jour. Un nouveau pic est observé entre une semaine et 15 jours d’âge, puis la mortalité diminue de nouveau jusqu’à 60 jours. Des différences existent cependant entre troupeaux. À Langlade, La Fage lait et la Sapinière les avortons et mort-nés représentent la majeure partie de la mortalité totale avant sevrage, soit 48% à Langlade, 58,1% à La Fage lait et 46% à la Sapinière (figure 5). La mortalité avant 48 h (avortons et mort-nés inclus) est significativement plus élevée à Langlade que dans les autres troupeaux (figure 6). Par contre, au Merle et à La Fage viande, c’est la mortalité postnatale tardive qui est la plus importante avec 37,3% de la mortalité totale avant sevrage à La Fage viande et 31,8% au Merle (figure

5). Sur le troupeau viande de La Fage, la mortalité semble persister à un niveau plus élevé

entre 2 et 5 semaines (figure 4).

2.2

Les principales causes de mortalité

Les principales causes de mortalité postnatale immédiate observées sont liées à des agneaux chétifs et à des syndromes d’hypothermie inanition (de 24,5% à 73,9%), à des agneaux inadaptés à l’allaitement artificiel (de 9,1% à 43,7%) ou à des agneaux étouffés (de 10,8% à 12,5%) (Tableau 4).

Concernant la mortalité postnatale intermédiaire, les causes de mortalité sont très variables d’un élevage à un autre (Tableau 5). Cependant, les agneaux chétifs restent la principale cause de mortalité dans les cinq troupeaux excepté à la Sapinière où la principale

Tableau 4 : principales causes de mortalité dans les cinq troupeaux étudiés au cours de la période postnatale immédiate

Effectif (pourcentage) de mortalité dans chaque troupeau

Causes de mortalité La Fage lait La Fage viande Langlade Le Merle La Sapinière

Chétif, inanition, faible 58 (36,3) 26 (25,5) 272 (46,5) 192 (73,9) 178 (31,3)

Inadapté à l'AA 17 (16,7) 53 (9,1) 249 (43,8)

Morts quelques heures après la naissance 43 (26,9) 25 (24,5) 67 (11,5) 31 (11,9)

Mort étouffé 20 (12,5) 63 (10,8)

Noyé (mise-bas) 13 (8,1) 63 (10,8)

Morts à la naissance 14 (13,7) 33 (5,6)

Autres 26 (16,3) 20 (19,6) 34 (5,8) 37 (14,2) 142 (25)

Tableau 5 : principales causes de mortalité dans les cinq troupeaux étudiés au cours de la période postnatale intermédiaire

Effectif (pourcentage) de mortalité dans chaque troupeau

Causes de mortalité La Fage lait La Fage viande Langlade Le Merle La Sapinière

Chétif, inanition, faible 60 (57,1) 55 (33,3) 178 (63,4) 282 (85,7) 86 (26,1)

Inadapté à l'AA 42 (25,5) 72 (25,6) 158 (48) Mort étouffé 17 (16,2) Divers alimentaire 8 (7,6) Diarrhée 7 (6,7) Divers sanitaires 6 (5,7) 25 (15,2) 33 (10,1) Intempérie 14 (8,5) Absent à l'effectif 13 (7,9) Septicémies 19 (5,8) Autres 7 (6,7) 16 (9,7) 31 (11) 14 (4,2) 66 (20,1)

Tableau 6 : principales causes de mortalité dans les cinq troupeaux étudiés au cours de la période postnatale tardive

Effectif (pourcentage) de mortalité dans chaque troupeau

Cause de mortalité La Fage lait La Fage viande Langlade Le Merle La Sapinière

Divers sanitaire 28 (23,1) 38 (12,1) 171 (36) 51 (6)

Problèmes respiratoires 22 (18,2) 19 (6) 17 (5,3) 43 (5)

Chétif, inanition, faible 21 (17,4) 22 (7) 145 (45) 223 (47) 158 (18,4)

Mort étouffé 15 (12,4) 17 (5,3)

Diarrhée 10 (8,3)

Mauvais état, maigre 7 (5,8) 71 (8,3)

Divers accident 7 (5,8) 20 (6,2) Absent à l'effectif 171 (54,3) 27 (8,4) 35 (7,4) Arthrite-boiterie 28 (8,9) Divers alimentaire 16 (5) Entérotoxémie 161 (18,8) Inadapté à l'AA 34 (10,6) 106 (12,4) Septicémie 69 (8,1)

Listériose, suspicion (signes cliniques) 54 (6,3)

Tableau 7 : description de l'échantillon d'étude pour chacun des modèles globaux selon les facteurs de risque évalués

Modèle « morts avant 60 jours

hors avortons/morts nés » Modèle « avortons/morts nés »

fréquence pourcentage fréquence pourcentage

a

g

n

ea

u

sexe mâle 21966 49,72 Sans objet

femelle 22216 50,28 taille de la portée 1 9086 20,56 9180 21,09 2 20966 47,45 20156 46,32 3 10194 23,07 10063 23,12 4 2965 6,71 3005 6,91 5 727 1,65 785 1,80 6 et + 244 0,55 330 0,76 poids à la naissance 1er quartile 9604 21,74 Sans objet 2ème quartile 11000 24,90 3ème quartile 11794 26,69 4ème _{quartile 11784 26,67} b re b is rang d'agnelage 1 11753 26,60 11585 26,62 2 10911 24,70 10729 24,65 3 7803 17,66 7750 17,81 4 5397 12,22 5332 12,25 5 3676 8,32 3637 8,36 6 et + 4642 10,51 4486 10,31 Variation relative de poids de la brebis entre la lutte et la mise-bas Perte de poids 3076 6,96 3086 7,09 Poids stable 7844 17,75 7730 17,76

Prise de poids modérée 9012 20,40 8876 20,40

Prise de poids importante 8068 18,26 7893 18,14

Données manquantes 16182 36,63 15934 36,61 race de la mère Lacaune lait 3587 8,12 3668 8,43 Lacaune viande 1336 3,02 1399 3,21 Romanov 6406 14,50 6674 15,34 Romane 18877 42,73 18186 41,79 Mérinos d’Arles 8164 18,52 7947 18,26 Martinik 368 0,83 356 0,82 Croisées Romanov 1055 2,39 1039 2,39 Croisées Romane 2469 5,59 2414 5,55 Booroola 1900 4,30 1836 4,22 en v ir o n n em en t élevage La Fage lait 3587 8,12 3668 8,43 La Fage viande 4317 9,77 4033 9,27 Langlade 5709 12,92 5787 13,30 Le Merle 10084 22,82 9783 22,48 La Sapinière 20485 46,37 20248 46,53 Mode d'allaitement maternel 37502 84,88 Sans objet artificiel 6680 15,12 saison de naissance hiver 9783 22,14 9847 22,63 printemps 11379 25,75 10973 25,21 été 3782 8,56 3844 8,83 automne 19238 43,54 18855 43,33 moment de naissance dans la saison 1er quartile 12846 29,08 Sans objet 2ème quartile 11248 25,46 3ème quartile 10602 24,00 4ème quartile 9486 21,47 nombre de naissances le même jour 1er quartile 11134 25,20 Sans objet 2ème quartile 11626 26,31 3ème quartile 11444 25,90 4ème quartile 9978 22,58

8 cause de mortalité est liée à l’inadaptation des animaux à l’allaitement artificiel. Encore une fois au Merle mais aussi à Langlade, énormément d’agneaux chétifs sont retrouvés (85,7% au Merle et 63,4% à Langlade). Hormis à Langlade, divers problèmes sanitaires sont aussi cités (diarrhées, septicémies, problèmes sanitaires divers). Enfin, à La Fage viande, des problèmes liés aux intempéries (8.5%) ou encore des agneaux qui ne sont pas retrouvés (7,9%) sont aussi présents.

La part des problèmes sanitaires est plus importante dans la mortalité postnatale tardive (Tableau 6). Ainsi, à La Fage lait, les divers problèmes sanitaires sont la principale cause de mortalité (divers sanitaire, problèmes respiratoires, diarrhée,…). La chétivité des agneaux est aussi prépondérante, principalement à Langlade (45%) et au Merle (47%). Les morts liées à l’inadaptation à l’allaitement artificiel restent récurrentes à la Sapinière (48%) et dans une moindre mesure à Langlade (10,6%). Enfin, les problèmes liés à des accidents divers, des boiteries ou encore des agneaux absents à l’effectif sont plus fréquents sur des agneaux entre 7 et 60 jours de vie (54,3% de la mortalité postnatale tardive à La Fage viande).

2.3

Résultats de l’analyse des facteurs de risque

2.3.1 Description de l’échantillon d’étude (tableau 7)

L’échantillon pour l’analyse des facteurs de risque possède à peu près les mêmes caractéristiques que celui utilisé pour la description de la mortalité. Une grande partie des animaux de l’échantillon est née à la Sapinière (environ 46%). La race la plus représentée est la race Romane avec près de 42% des animaux. La taille des portées est principalement située autour de 2 ou 3 agneaux et l’allaitement maternel reste très majoritaire.

Beaucoup de données sont manquantes au niveau de la différence de poids entre la lutte et la mise-bas, notamment du fait de l’absence de pesée des brebis au Merle.

2.3.2 Résultats

Pour des raisons de concision, seuls les résultats des modèles globaux sont présentés ici. Lorsque des résultats d’un troupeau diffèrent des résultats globaux, ceci est précisé dans le texte. Les résultats des modèles par troupeau quant à eux sont présentés en ANNEXE 3.

2.3.2.1 Avortons/mort-nés (tableau 8)

À partir de trois agneaux, la taille de la portée s’avère être un facteur de risque très important d’avortement ou de mortinatalité qui croît de façon exponentielle avec le nombre d’agneaux. De façon globale, les agneaux uniques n’ont pas significativement plus de risque de mourir que les agneaux jumeaux. Par contre, à la Sapinière, et dans les deux troupeaux de La Fage, les agneaux uniques ont un risque accru d’être avortons ou mort-nés, même si ce risque est inférieur à celui des agneaux issus de portées de trois agneaux ou plus.

La variation de poids de la brebis entre la lutte et la mise-bas a également une influence sur la mortalité de son/ses agneaux. Ainsi, une brebis ayant perdu du poids a plus de risque d’avorter ou de donner naissance à un mort-né qu’une brebis dont le poids est resté stable. Par ailleurs, une brebis ayant pris du poids de façon importante a plus de risque de donner naissance à un avorton ou à un mort-né. Le risque accru pour les brebis ayant perdu du poids se retrouve dans l’ensemble des troupeaux. Par contre, seules les brebis de la Sapinière ont un risque inférieur lorsqu’elles ont pris beaucoup de poids au cours de leur gestation.

Tableau 8 : résultats du modèle d'analyse globale des facteurs de risque de mortalité chez les avortons et mort-nés

facteurs de risque p OR Intervalle de confiance p

Taille de la portée (vs 2) 1 <0,0001 1,05 0,93 1,19 0,4262 3 2,82 2,58 3,10 <0,0001 4 4,95 4,38 5,60 <0,0001 5 8,53 7,13 10,21 <0,0001 6 et + 16,78 13,16 21,41 <0,0001

Variation relative de poids de la brebis entre la lutte et la mise-bas

(vs « poids stable »)

Perte de poids

<0,0001

1,5 1,31 1,71 <0,0001

Prise de poids modérée 0,90 0,80 1,02 0,0894

Prise de poids importante 0,85 0,74 0,97 0,0163

Rang d'agnelage (vs2) 1 <0,0001 1,70 1,55 1,87 <0,0001 3 0,80 0,71 0,91 0,0003 4 0,80 0,70 0,91 0,0008 5 0,78 0,67 0,91 0,0017 6 et + 0,89 0,77 1,02 0,0986 Saison de naissance (vs printemps) hiver <0,0001 1,59 1,40 1,80 <0,0001 été 1,37 1,19 1,58 <0,0001 automne 1,21 1,07 1,36 0,0027 Troupeau de naissance (vs la Sapinière) La Fage lait <0,0001 1,88 1,65 2,16 < 0,0001 La Fage viande 0,90 0,76 1,05 0,1877 Langlade 1,78 1,59 1,98 <0,0001 Le Merle 0,51 0,43 0,59 <0,0001

9 De même, il apparaît que le rang d’agnelage de la mère est significativement associé au risque d’avortement ou de mortinatalité. Ainsi, comparativement au rang d’agnelage 2, le risque d’avoir des avortons ou mort-nés diminue pour les rangs d’agnelage supérieurs à 3. A l’inverse, les primipares sont plus à risque. Ce facteur n’a cependant pas d’influence sur les avortements et la mortinatalité à La Fage viande et Langlade. Pour les autres troupeaux, la tendance reste la même avec des primipares qui sont plus à risque. À la Sapinière les brebis de rang 3 et 6 ou plus ont un risque accru.

Comme expliqué dans la partie 1, la race de la mère n’a pas pu être étudiée dans le modèle global. Par contre, à Langlade, au Merle et à la Sapinière, le risque diffère selon le type génétique de la brebis. Ainsi, à Langlade, les mères Lacaune ont un risque plus important d’avorter où d’avoir des mort-nés que les Romanov et croisées Romanov. Au Merle, ce sont les Booroola qui ont un risque plus important de mourir par rapport aux Mérinos d’Arles. Enfin, à la Sapinière, le risque d’être avorton ou mort-né est diminué pour les agneaux issus de brebis Romane pures ou croisées Romanov en comparaison aux Romanov pures, Martinik et croisées Romane. À La Fage viande, la race n’a pas d’influence sur les avortements et la mortinatalité.

Enfin, les facteurs environnementaux tels que le troupeau ou la saison de naissance ont une influence significative sur le risque d’avortement ou de mortinatalité. Ainsi, le printemps semble être une saison où le risque d’avoir des avortons ou des mort-nés est plus faible par rapport aux trois autres saisons. Par contre, les modèles station par station ne montrent aucune influence de la saison sur le risque d’avortement ou de mortinatalité.

Les agneaux issus des troupeaux de La Fage lait et de Langlade ont plus de risque d’être avortons ou mort-nés que ceux de la Sapinière. À l’inverse, les agneaux du Merle sont moins à risque. Il n’y a pas de différence significative entre les agneaux de La Fage viande et ceux de la Sapinière.

2.3.2.2 Mortalité postnatale immédiate (0 à 2 jours) (tableau 9)

Le sexe est un facteur de risque de mortalité entre 0 et 2 jours. Ainsi, les femelles ont un risque significativement plus faible de mourir durant cette période que les mâles. La même tendance est retrouvée à La Fage lait, Langlade et la Sapinière. Par contre, ce facteur s’est avéré n’avoir aucune influence significative sur les modèles de La Fage viande et du Merle.

Comme pour les avortons et mort-nés, à partir de 3 agneaux, une augmentation de la

taille de la portée entraîne une augmentation du risque de mourir entre 0 et 2 jours. Le risque

est d’autant plus important que la taille de la portée augmente. Cependant, ce facteur joue de façon beaucoup plus importante sur les avortons et mort-nés. La taille de la portée n’a d’ailleurs pas d’influence significative sur la mortalité postnatale immédiate, intermédiaire et tardive à La Fage viande, Langlade et à la Sapinière. Au Merle, seuls les agneaux issus de portées supérieures ou égales à 4 ont un risque accru.

Le poids de naissance joue également sur le risque de mourir entre 0 et 2 jours. Les agneaux légers ont plus de risque de mourir que les agneaux plus lourds avec un risque très accru pour les agneaux les plus légers. Les agneaux lourds quant à eux ont moins de risque de mourir entre 0 et 2 jours que les agneaux de la classe de poids inférieure. Dans l’ensemble, cette tendance est retrouvée dans les cinq troupeaux puisque les agneaux les plus légers possèdent systématiquement un risque plus élevé de mourir.

Tableau 9 : résultats du modèle d'analyse globale des facteurs de risque de mortalité postnatale immédiate

facteurs de risque p OR Intervalle de confiance p

Sexe (vs mâle) femelle <0,0001 0,75 0,67 0,84 <0,0001

Taille de la portée (vs 2) 1 <0,0001 0,84 0,67 1,05 0,1236 3 1,24 1,07 1,44 0,0046 4 1,93 1,59 2,34 <0,0001 5 2,45 1,84 3,26 <0,0001 6 et + 2,12 1,38 3,26 0,0006 Poids à la naissance (vs 3ème quartile) 1er quartile <0,0001 6,93 5,79 8,29 <0,0001 2ème quartile 2,12 1,75 2,57 <0,0001 4ème quartile 0,61 0,47 0,79 0,0002 Mode d’allaitement (vs maternel) artificiel <0,0001 1,48 1,30 1,69 <0,0001 Variation relative de poids de la brebis

entre la lutte et la mise-bas (vs « poids stable »)

Perte de poids

<0,0001

1,52 1,24 1,87 <0,0001

Prise de poids modérée 0,90 0,74 1,09 0,2606

Prise de poids importante 0,92 0,74 1,14 0,4444

Rang d'agnelage (vs 2) 1 <0,0001 1,03 0,88 1,20 0,7371 3 0,98 0,81 1,19 0,8610 4 1,04 0,84 1,28 0,7336 5 1,15 0,92 1,44 0,2246 6 et + 1,36 1,11 1,67 0,0035 Saison de naissance (vs printemps) hiver <0,0001 1,27 1,04 1,55 0,0173 été 0,66 0,52 0,84 0,0009 automne 0,89 0,74 1,08 0,2398 Troupeau de naissance (vs la Sapinière) La Fage lait <0,0001 1,23 0,97 1,57 0,0948 La Fage viande 0,46 0,35 0,62 <0,0001 Langlade 3,03 2,56 3,58 <0,0001 Le Merle 0,74 0,58 0,95 0,0187

Nombre de naissances le même jour (vs 2ème quartile) 1er quartile <0,0001 1,33 1,13 1,55 0,0004 3ème quartile 0,92 0,79 1,08 0,2995 4ème quartile 0,79 0,66 0,94 0,0073

Moment de naissance dans la saison (vs 2ème quartile) 1er quartile <0,0001 1,05 0,90 1,22 0,5498 3ème quartile 1,07 0,91 1,27 0,4053 4ème quartile 1,13 0,94 1,36 0,1953

10 L’allaitement artificiel est associé à un risque significativement accru de mortalité entre 0 et 2 jours. Ce résultat est retrouvé partout où l’allaitement artificiel est pratiqué, sauf à Langlade où il y a une tendance inverse : ce sont les animaux en allaitement artificiel qui ont une moindre mortalité.

Comme pour les avortons et mort-nés, les brebis ayant perdu du poids entre la lutte et

la mise-bas ont plus de risque de donner naissance à des agneaux qui vont mourir dans les 2

jours. Par contre il n’y a pas de différence significative entre les brebis dont le poids est resté stable et celles qui ont pris du poids. Les mêmes résultats sont observés à La Fage viande et à Langlade. En revanche, à la Sapinière et à La Fage lait, ce facteur n’a d’influence que sur les avortons et mort-nés.

Le rang d’agnelage joue sur la mortalité postnatale immédiate de façon différente que sur les avortons et mort-nés. Il n’a une influence que pour les brebis de rang supérieur ou égal à 6. Pour celle-ci le risque de mortalité des agneaux entre 0 et 2 jours est accru. Ce résultat est retrouvé à Langlade et à la Sapinière. Au Merle, ce sont les brebis de rang supérieur ou égal à 3 qui ont un risque accru. A La Fage (lait et viande), ce facteur n’a aucune influence sur la mortalité postnatale.

En ce qui concerne la saison de naissance, les agneaux nés en hiver ont un risque significativement plus important de mourir entre 0 et 2 jours que les agneaux nés au printemps. Les agneaux nés en été ont, quant à eux, un moindre risque que ceux nés au printemps. À La Fage lait, les agneaux nés en hiver ont un risque accru de mourir avant 2 jours par rapport à ceux nés en automne. Ce facteur n’a pas d’influence significative sur la mortalité postnatale immédiate à la Sapinière et il n’a aucune influence sur la mortalité à Langlade, quelle que soit la classe d’âge considérée.

Les agneaux nés dans les troupeaux de La Fage viande et le Merle ont un risque plus faible de mourir entre 0 et 2 jours que ceux de la Sapinière. Par contre, les agneaux nés à La Fage lait et à Langlade ont un risque fortement accru de mourir entre 0 et 2 jours. Ce risque est particulièrement important à Langlade.

Le nombre de naissances le même jour a une influence significative sur la mortalité des agneaux avant 2 jours. Ainsi, les agneaux nés durant les périodes où le nombre de naissances est faible ont plus de risque de mourir que ceux nés au cours des pics d’agnelage. Les mêmes tendances sont retrouvées à La Fage lait, à Langlade et à la Sapinière. Par contre, ce facteur n’a pas d’influence sur la mortalité avant deux jours à La Fage viande et au Merle. Dans ce dernier élevage, ce facteur n’a d’ailleurs aucune influence sur la mortalité postnatale.

Le moment de naissance dans la saison n’a, de façon globale, aucune influence sur la mortalité postnatale immédiate. Par contre, à La Fage lait, les agneaux nés en fin de saison d’agnelage ont un risque accru de mourir entre 0 et 2 jours.

Tableau 10 : résultats du modèle d'analyse globale des facteurs de risque de mortalité postnatale intermédiaire

facteurs de risque p OR Intervalle de confiance p

Sexe (vs mâle) femelle <0,0001 0,76 0,67 0,84 <0,0001

Taille de la portée (vs 2) 1 <0,0001 0,56 0,45 0,70 <0,0001 3 0,97 0,83 1,14 0,7305 4 1,40 1,12 1,74 0,0026 5 1,57 1,11 2,23 0,0119 6 et + 1,57 0,93 2,65 0,0938 Poids à la naissance (vs 3ème quartile) 1er quartile <0,0001 3,11 2,60 3,72 <0,0001 2ème quartile 1,58 1,31 1,90 <0,0001 4ème quartile 0,85 0,68 1,07 0,1745 Mode d’allaitement (vs maternel) artificiel <0,0001 4,10 3,52 4,77 <0,0001 Variation relative de poids de la

brebis entre la lutte et la mise-bas (vs « poids stable »)

Perte de poids

<0,0001

1,32 1,04 1,68 0,0228

Prise de poids modérée 0,87 0,71 1,07 0,1961

Prise de poids importante 0,84 0,67 1,06 0,1475

Rang d'agnelage (vs 2) 1 <0,0001 1,43 1,20 1,70 <0,0001 3 0,99 0,80 1,21 0,9059 4 1,08 0,86 1,35 0,5159 5 1,04 0,80 1,34 0,7854 6 et + 1,57 1,25 1,96 <0,0001 Saison de naissance (vs printemps) hiver <0,0001 1,10 0,86 1,41 0,4376 été 0,96 0,73 1,27 0,7847 automne 0,95 0,76 1,20 0,6831 Troupeau de naissance (vs la Sapinière) La Fage lait <0,0001 2,74 2,10 3,56 <0,0001 La Fage viande 2,24 1,75 2,86 <0,0001 Langlade 2,32 1,88 2,86 <0,0001 Le Merle 4,36 3,28 5,79 <0,0001

Nombre de naissance le même jour (vs 2ème quartile) 1er quartile <0,0001 1,09 0,91 1,29 0,3439 3ème quartile 0,98 0,83 1,16 0,7843 4ème quartile 1,05 0,88 1,25 0,6022

Moment de naissances dans la saison (vs 2ème quartile) 1er quartile <0,0001 1,00 0,85 1,18 0,9913 3ème quartile 1,04 0,88 1,25 0,6274 4ème quartile 1,34 1,10 1,62 0,0034

11 Certains modèles par stations montrent une influence significative de la race de la

mère sur la mortalité postnatale immédiate. Ainsi, à Langlade, les agneaux issus de brebis

croisées Romanov ont moins de risque de mourir que les autres. Au Merle, les brebis Booroola ont un risque fortement plus grand que les Mérinos pour la mortalité entre 0 et 2 jours. Enfin, à la Sapinière, les Martinik Black Belly ont un risque très supérieur aux autres tandis que les croisés Romanov ont un risque plus faible.

2.3.2.3 Mortalité postnatale intermédiaire (3 à 7 jours) (tableau 10)

L’effet du sexe sur le modèle est semblable et a la même intensité dans cette tranche d’âge que dans la précédente : les femelles sont moins à risque de mourir entre 3 et 7 jours que les mâles. À La Fage lait, Langlade et la Sapinière, les résultats sont identiques.

De même que précédemment, les agneaux uniques ont toujours moins de risque de mourir entre 3 et 7 jours que les jumeaux. Les portées de 4, quant à elles, ont significativement plus de risque d’entraîner de la mortalité au cours de cette période même si cette tendance est non significative pour les portées de plus de 6 agneaux. Cependant, cette tendance ne se retrouve qu’au Merle. Il semblerait de plus qu’à La Fage lait, ce soit les triplets qui aient un risque inférieur de mourir. L’effet de la taille de la portée semble donc s’estomper avec l’âge.

Les agneaux de poids faible à la naissance ont un risque accru de mourir entre 2 et 7 jours par rapport aux agneaux de poids moyen mais ce risque reste plus faible que pour la période précédente. Ce résultats reste le même avec l’analyse par troupeau.

L’allaitement artificiel augmente très fortement le risque de mourir à cette période. Ce résultat est retrouvé dans l’ensemble des stations pratiquant l’allaitement artificiel.

Comme précédemment, un risque accru pour les agneaux issus de brebis ayant perdu du poids au cours de la gestation est retrouvé. Il n’y a pas de différence significative pour les autres brebis. Ce résultat est encore retrouvé à La Fage viande où une diminution du risque pour les brebis ayant pris beaucoup de poids est également observée. Par contre, la différence

de poids entre la lutte et la mise-bas ne joue plus au-delà de 2 jours dans les autres

troupeaux.

Au cours de cette période, le rang d’agnelage est associé à un risque accru de mortalité similaire pour les primipares et pour les brebis à leur 6ème agnelage ou plus. Au niveau des modèles par station, l’effet du rang d’agnelage entre 3 et 7 jours n’est retrouvé qu’à Langlade et au Merle. A Langlade, seules les brebis de rang d’agnelage supérieur ou égal à 6 ont un risque accru alors qu’au Merle, le risque est augmenté pour les brebis de rang 1, 4 et 6 ou plus avec une même tendance, non significative, pour le rang 5.

La saison n’a aucune influence sur la mortalité au cours de cette période, quelle que soit le modèle considéré.

Les effets troupeau sont différents par rapport à la période 0-2 jours. Ainsi l’élevage de la Sapinière présente un risque très diminué d’avoir de la mortalité durant cette période au regard des quatre autres troupeaux. L’élevage du Merle semble présenter un risque beaucoup plus important que les autres.

Tableau 11 : résultats du modèle d'analyse globale des facteurs de risque de mortalité postnatale tardive

facteurs de risque p OR Intervalle de confiance p

Sexe (vs mâle) femelle <0,0001 0,77 0,70 0,84 <0,0001

Taille de la portée (vs 2) 1 <0,0001 0,76 0,66 0,89 0,0004 3 1,23 1,09 1,38 0,0007 4 1,08 0,89 1,32 0,4321 5 1,56 1,14 2,15 0,0059 6 et + 0,99 0,54 1,82 0,968 Poids à la naissance (vs 3ème quartile) 1er quartile <0,0001 1,79 1,57 2,04 <0,0001 2ème quartile 1,21 1,06 1,38 0,0046 4ème quartile 0,90 0,77 1,04 0,1337 Mode d’allaitement (vs maternel) artificiel <0,0001 2,05 1,82 2,30 <0,0001 Variation relative de poids de la

brebis entre la lutte et la mise-bas (vs « poids stable »)

Perte de poids

<0,0001

1,05 0,86 1,28 0,6397

Prise de poids modérée 0,83 0,71 0,97 0,0169

Prise de poids importante 0,91 0,77 1,07 0,2633

Rang d'agnelage (vs 2) 1 <0,0001 1,14 1,01 1,29 0,0332 3 0,72 0,62 0,84 <0,0001 4 0,80 0,68 0,95 0,0117 5 0,70 0,57 0,86 0,0006 6 et + 0,91 0,77 1,09 0,3131 Saison de naissance (vs printemps) hiver <0,0001 0,95 0,80 1,12 0,5284 été 0,78 0,63 0,98 0,03 automne 0,67 0,56 0,80 <0,0001 Troupeau de naissance (vs la Sapinière) La Fage lait <0,0001 1,17 0,94 1,46 0,151 La Fage viande 1,34 1,13 1,59 0,0006 Langlade 1,17 1,00 1,38 0,0578 Le Merle 1,79 1,45 2,21 <0,0001

Nombre de naissances le même jour (vs 2ème quartile) 1er quartile <0,0001 1,13 0,99 1,29 0,0627 3ème quartile 1,00 0,88 1,14 0,9985 4ème quartile 0,95 0,82 1,09 0,4273

Moment de naissance dans la saison (vs 2ème quartile) 1er quartile <0,0001 0,92 0,80 1,05 0,2311 3ème quartile 1,28 1,12 1,46 0,0003 4ème quartile 1,53 1,33 1,77 <0,0001