Sur le site : LE SOIR
Par Anne-Sophie Leurquin
Journaliste au service Société Le 10/04/2020 à 18:28
Selon des chercheurs de la KULeuven, «il n’y a pas eu un patient zéro en Belgique, mais plusieurs»
Le séquençage génomique du coronavirus permet de tracer son évolution dans le monde au travers d’arbres phylogénétiques. En Belgique, des chercheurs de la KULeuven
examinent plus de 250 échantillons qui montrent que son origine est très variée.
A l’heure actuelle, plus de 3.000 génomes du SARS-CoV-2 ont été partagés publiquement et analysés sous la loupe des chercheurs du monde entier pour comprendre comment le virus évolue et se propage. Des mini-mutations de ses quelque 29.900 bases permettent en effet de suivre le cheminement du nouveau coronavirus depuis son apparition en décembre dernier dans le centre de la Chine. Très schématiquement, on peut imaginer, pour mieux comprendre, que la photocopieuse connaît quelques petits ratés. Ce sont ces légères modulations dans les différents isolats que les chercheurs analysent dans le monde entier en fonction des données disponibles.
Ce travail minutieux prend du temps. Beaucoup de temps. Il faut d’abord séquencer le virus en laboratoire, puis modéliser son évolution au départ d’un foyer. Même à son stade encore partiel, l’analyse n’en est pas moins riche d’enseignements, puisqu’elle permet d’examiner les différentes chaînes de transmission à travers le monde.
On a ainsi beaucoup parlé du patient zéro (ou cas index), qui serait au départ de la propagation du virus ici ou là, mais en réalité, il reste difficile voire inutile de le déterminer quand la pandémie est mondiale. Qui plus est, l’exercice est périlleux : il arrive aussi qu’on se trompe en désignant tel ou tel patient zéro, comme ce fut le cas pour le steward canadien Gaëtan Dugas, accusé à tort pendant 30 ans d’avoir diffusé le sida aux USA. Pour le nouveau coronavirus, les pistes ont remonté à une marchande de fruits de mer de 57 ans du marché de Wuhan (centre de la Chine) et à un homme de la même région qui a contracté une pneumonie en novembre. En France, une enquête épidémiologique en cours montre que l’épidémie se serait introduite au départ d’une base militaire, dans l’Oise.
Comme un arbre généalogique
Dans un domaine de recherche qu’on appelle l’épidémiologie moléculaire, les chercheurs étudient la dynamique globale de dispersion de la chaine de transmission via l’estimation d’arbres phylogénétiques. A la manière d’un arbre généalogique, ces modélisations tracent les liens de parenté des espèces vivantes en remontant au maximum vers un ancêtre commun.
Pour bien comprendre, il faut d’abord rappeler que les coronavirus doivent leur nom à leur structure protéique en forme de couronne faite de picots (« spikes », en anglais), qui sont autant de clés permettant d’infecter nos cellules s’ils trouvent le bon récepteur. Plus important encore, ce sont des virus à ARN (pour acide ribonucléique), une molécule de 4 bases (A, G, C, U) qui sert de copie transitoire de l’ADN dans le renouvellement cellulaire.
Pour se répliquer, le coronavirus pénètre la cellule grâce à ses picots, copie son ARN et reproduit alors ses propres virions à la place par centaines de milliers. Ce faisant, il peut y avoir quelques erreurs minuscules dans les séquençages de ses bases qui aident les chercheurs à suivre sa trace à travers les continents.
En Belgique, le séquenceur Piet Maes (KULeuven) et l’épidémiologiste Simon Dellicour (ULB et KULeuven) décryptent les génomes mis à leur disposition sur notre territoire pour tracer les différentes branches de l’arbre phylogénétique chez nous. Fait intéressant à ce stade : il n’y aurait pas un patient zéro, mais bien plusieurs, puisqu’il y a eu beaucoup d’introductions différentes sur le sol belge. « Actuellement, nous disposons de plus de 250 séquences provenant de gens testés positifs. Nous observons les petites mutations qui se sont faites lors de la production d’acides nucléiques recopiés », expose Piet Maes.
Une introduction massive en Belgique après Carnaval
S’il est encore trop tôt pour que cette analyse minutieuse délivre tous ses secrets, les chercheurs peuvent d’ores et déjà établir que le virus s’est introduit massivement après les vacances de Carnaval. « Les séquences que nous avons montrent que le virus vient de Chine, mais aussi d’Italie, de France, des Pays-Bas et du Canada. Il n’y a pas une provenance principale qui a ensuite rayonné dans le pays, comme ce fut plus le cas dans le nord de l’Italie », poursuit le chercheur. « Mais cela change de semaine en semaine et tout dépend des échantillons. Le fait que les frontières sont fermées devrait se traduire prochainement dans nos analyses. »
Comme l’explique le docteur Luc Perino, auteur du tout récent et fort à propos Patients Zéro (La Découverte), ce genre d’enquête sert essentiellement la recherche
fondamentale et non à désigner un bouc émissaire. Cette quête aux allures de polar permet de décomposer les chaînes de transmission de la maladie, mais aussi de
comprendre le comportement du virus en cours de route, comme le révèlent en partie les arbres phylogénétiques. Ces données sont précieuses, même si partiellement loquaces, puisqu’elles dépendent des ressources disponibles. Actuellement, on manque par exemple de séquences génomiques provenant des pays du sud, ce qui ne veut pas dire que le virus n’y circule pas.
Ce que montrent les plus de 3.000 génomes prélevés dans 48 pays sur les six continents et modélisés par le site Nextrain.org, c’est qu’en Europe, le virus aurait continué à traverser les frontières au cours des cinq dernières semaines. Les mesures d’atténuation (confinement et distance sociale) devraient commencer à montrer leurs effets avec davantage de cas isolés par pays, comme le prédisent les chercheurs belges. Les mises à jour de ce travail de fourmi sont constantes.
