Portage et profil de résistance des souches d’Escherichia coli isolées des urines des étudiants de l’Université de Parakou

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REPUBLIQUE DU BENIN

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MINISTERE DE L’ENSEIGNEMENT SUPERIEUR ET DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE

(MECESRS)

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UNIVERSITE D’ABOMEY-CALAVI (UAC)

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ECOLE POLYTECHNIQUE D’ABOMEY-CALAVI (EPAC)

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DEPARTEMENT DE GENIE DE BIOLOGIE HUMAINE (GBH)

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OPTION : ANALYSES BIOMEDICALES

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RAPPORT DE STAGE DE FIN DE FORMATION POUR L’OBTENTION DU DIPLÔME DE LICENCE PROFESSIONNELLE

THEME :

Présenté par :

Ahouéfa Morénikè Eméline TOGNIDE

Sous la direction de :

Tuteur: Superviseur:

Mr Moussa ALASSANE Dr Victorien T. DOUGNON, PhD Technologiste Biomédical Enseignant-chercheur en Microbiologie au CHUD-Borgou à l’Ecole Polytechnique d’Abomey-Calavi

Année académique : 2016-2017 10^ème Promotion

Portage et profil de résistance des souches

d’Escherichia coli isolées des urines des étudiants de l’Université de Parakou

Devant le Jury :

Président : Pr. Honoré BANKOLE Examinateur : Dr. Pascal S. ATCHADE Superviseur : Dr. Victorien T. DOUGNON

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REPUBLIQUE DU BENIN

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UNIVERSITE D’ABOMEY-CALAVI

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ECOLE POLYTECHNIQUE D’ABOMEY-CALAVI

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DEPARTEMENT DE GENIE DE BIOLOGIE HUMAINE

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DIRECTEUR : Professeur Mohamed SOUMANOU

DIRECTEUR ADJOINT : Professeur Clément AHOUANNOU

CHEF DE DEPARTEMENT : Docteur Pascal S. ATCHADE

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Portage et profil de résistance des souches d’Escherichia coli isolées des urines des étudiants de l’Université de Parakou

Réalisé par Eméline TOGNIDE Page i

ENSEIGNANTS PERMANENTS

n° Noms et Prénoms Matières enseignées

1 AHOYO Théodora Angèle Microbiologie /Santé publique et Hygiène hospitalière

2 AKPOVI Casimir Biologie cellulaire/Physiologie des régulations/Biochimie

3 ANAGO Eugénie Biochimie

4 ATCHADE S. Pascal Parasitologie/Entomologie médicale/Physiopathologie

5 BANKOLE Honoré Bactériologie appliquée

6 DOUGNON Victorien Informatique

médicale/Microbiologie

/Méthodologie de la Recherche

7 LOKO Frédéric Biochimie clinique

8 LOKOSSOU Gatien Immunologie

9 LOZES Evelyne Immunologie

10 SEGBO Julien Biologie moléculaire/Biochimie

clinique

11 YOVO Paulin Pharmacologie /Toxicologie

LISTE DES ENSEIGNANTS PERMANENTS ET VACATAIRES DEPARTEMENT DE GENIE DE BIOLOGIE HUMAINE (GBH)

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Réalisé par Eméline TOGNIDE Page ii

ENSEIGNANTS VACATAIRES n° Prénoms et Noms Matières enseignées 12 ABLEY Sylvestre Déontologie médicale 13 AGBANGLA Clément Génétique moléculaire 14 AGOSSOU Gilles Législation/Droit du Travail

15 AKOWANOU Christian Physique

16 ALITONOU Guy Chimie

17 ANAGONOU Sylvère Education Physique/Sportive 18 DESSOUASSI Noël Biophysique des solutions 19 DOSSEVI Lordson Techniques Instrumentales 20 DOSSOU Cyriaque Techniques d’Expression et

Méthodes de Communication

21 GANDJI Sewes Anatomie générale

22 HOUNNON Hippolyte Mathématiques 24 HOUNSSOSSOU Hubert Biostatistique

25 KOFFI Aristide Anglais

26 Père MASLOKONOU

Vincent

Histologie générale

27 SECLONDE Hospice Immuno-hématologie et Transfusion sanguine

28 SENOU Maximin Histologie appliquée/Histologie générale

29 SOEDE Casimir Anglais technique

30 TOHOYESSOU Zoé Soins infirmiers

31 TOPANOU Adolphe Hématologie

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Réalisé par Eméline TOGNIDE Page iii

A

Mes très chers parents

Bernard TOGNIDE & Bénédicte SALANON,

Ce travail et ce que je suis aujourd’hui sont le fruit de toutes les peines et tous les sacrifices que vous n’avez cessé de déployer.

DEDICACE

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Réalisé par Eméline TOGNIDE Page iv

Ce présent document est le couronnement de trois années de formations à l’Ecole Polytechnique d’Abomey-Calavi (EPAC). Sa réalisation a été possible grâce à la collaboration et le soutien d’un certain nombre de personne auxquelles je suis redevable. Je dis un spécial merci :

 A Dieu tout puissant,

De m’avoir assisté à chaque instant de ma vie, les mots me manquent mais je sais que tu lis dans mon cœur toute la gratitude et la reconnaissance que je te porte.

 Au Directeur de l’EPAC et son Adjoint,

Pour tout le sacrifice mené pour assurer notre formation.

 Au Docteur Victorien T. DOUGNON, mon maitre mémoire et ses collaborateurs,

Vous m’avez fait le grand honneur d’accepter de diriger ce travail, je vous témoigne ma profonde gratitude et l’expression de mes sentiments les plus respectueux.

 A mon tuteur Mr Moussa ALASSANE,

Mon séjour au laboratoire de bactériologie au CHUD BORGOU a été possible et agréable grâce à vous. Recevez l’expression de ma reconnaissance.

 A tout le personnel du laboratoire de l’EPAC en particulier :

Mrs Brice FANOU, Rodrigue TOWANOU, Lauris FAH, et Hornel KOUDOKPON,

Merci pour tout ce que vous avez fait dans l’aboutissement de ma formation. Vous avez toujours été disponible pour répondre à mes préoccupations.

Merci pour votre contribution et pour vos nombreux conseils.

REMERCIEMENTS

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Réalisé par Eméline TOGNIDE Page v

 A mes frères et sœurs, Philipet et son épouse Modestine, Mariode et Nardico TOGNIDE,

Merci pour vos prières et soutien.

 A mon chéri Pascal et sa sœur Prisca HOUNVIDE, Casimir LIGAN et Adonias HOUEFONDE,

Aucun mot ne saurait exprimer mes sentiments les plus profonds à votre égard, merci pour votre soutien.

 A Mr Augustin FONGNIKIN et au Docteur Jean Robert KLOTOE Merci de tous ces moments, de tous ces échanges, conseils et aides que vous m’avez apportés. S’il y a des qualités chez vous qui m’ont marquées c’est votre rigueur et votre ténacité. J’ai hâte de retrouver ces moments de partage.

 A tous mes camarades de la 10^èmepromotion, Profonde reconnaissance.

 A tous ceux qui de près ou de loin ont contribués a la réalisation de ce travail,

Merci pour tout.

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Réalisé par Eméline TOGNIDE Page vi

 Au Président du jury,

Nous sommes très sensibles pour l’honneur que vous nous faites en acceptant présider ce jury. Veuillez trouver dans ce modeste travail, l’expression de notre très haute considération et de nos hommages respectueux.

 Aux membres du jury,

Nous vous sommes très reconnaissantes de la spontanéité et de l’amabilité avec lesquelles vous avez accepté juger ce travail, veuillez trouver à travers ce modeste travail, la manifestation de notre plus haute estime et de notre profonde gratitude.

HOMMAGES

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Réalisé par Eméline TOGNIDE Page vii

EPAC : Ecole Polytechnique d’Abomey-Calavi GBH : Génie de Biologie Humaine

IU : Infection Urinaire

ITU : Infection du Tractus Urinaire

ECBU : Examen Cytobactériologique des Urines

S : Sensible

R : Résistant I : Intermédiaire

AUG : Amoxicilline+ acide clavulanique GEN : Gentamicine

SXT : Sulfamathoxazole+ Triméthoprime CRO : Ceftriaxone

F : Nitrofurantoine

LISTE DES SIGLES ET AGREVIATIONS

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Réalisé par Eméline TOGNIDE Page viii

Tableau I : Liste des antibiotiques utilisés...……….. 21 Tableau II : Interprétation de la leucocyturie et de la bactériurie……… 25 Tableau III : Profil de sensibilité des souches d’Escherichia coli

isolées……… 32

LISTE DES TABLEAUX

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Réalisé par Eméline TOGNIDE Page ix

Figure 1

: Répartition des sujets testés en fonction du sexe………. 30

Figure 2

: Répartition des étudiants suivant l’âge………... 30

Figure 3 : Répartition de la population d’étude en fonction des cas d’infection et du sexe………... 31 Figure

4

: Fréquence de résistance des souches d’Escherichia coli aux antibiotiques utilisés... 32

LISTE DES FIGURES

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Réalisé par Eméline TOGNIDE Page x

INTRODUCTION……….... 1 CHAPITRE 1 : SYNTHESE BIBLIOGRAPHIQUE……….……..…….

4

1.1. INFECTION URINAIRE

1.2. INFECTION URINAIRE A ESCHERICHIA COLI 1.3. TRAITEMENT : ANTIBIOTHERAPIE

1.4. DIAGNOSTIC

CHAPITRE 2 : MATERIEL ET METHODES………..….. 17 2.1. CADRE

2.2. MATERIEL 2.3. METHODES

CHAPITRE 3 : RESULTATS ET COMMENTAIRE………... 29 3.1. RESULTATS

3.2. COMMENTAIRE

CONCLUSION ET SUGGESTIONS………. 36 SOMMAIRE

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Réalisé par Eméline TOGNIDE Page xi

Les infections urinaires constituent un réel problème de santé publique et un motif fréquent de consultation et de prescription d’antibiotiques. Escherichia coli est par ordre de fréquence la bactérie la plus souvent isolée. La présente étude a pour objectif de contribuer à la surveillance de l’émergence de ces souches responsable des infections urinaires en vue de limiter leur propagation au sein de la communauté.

Pour atteindre cet objectif, une fiche d’enquête a été élaborée avec des requêtes relatives aux caractéristiques socio-démographiques et cliniques des étudiants. Nous avons procédé à une étude prospective durant une période de trois (03) mois qui a inclus des prélèvements urinaires des étudiants de l’Université de Parakou. Sur cette période, les échantillons d’urine prélevés chez 50 sujets répondaient aux critères d’infection urinaire, 06 étaient positifs à Escherichia coli ce qui représente une prévalence de 12%. La majorité des sujets étaient de sexe féminin avec une sex-ratio F/H de 0,67. L’âge des étudiants est essentiellement entre 16 et 29 ans. Cette étude a mis en évidence le profil de résistance vis-à-vis de presque la totalité des antibiotiques utilisés. En effet, toutes les souches d’Escherichia coli isolées résistent au Sulfaméthoxazole Triméthoprime (SXT) et à la Ceftriaxone (CRO). Les proportions de résistance à l’Amoxicilline associée à l’acide clavulanique (AUG) et à la Nitrofurantoïne (F) sont respectivement de 83,33% et de 66,67%. Cependant, aucune souche ne présente une résistance à la

RESUME

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Réalisé par Eméline TOGNIDE Page xii

Gentamicine (GEN). Ces résultats ne permettront plus d’utiliser la Ceftriaxone ou

le sulfaméthoxazole– triméthoprime en antibiothérapie probabiliste.

Mots clés : Infections Urinaires, antibiotiques, Escherichia coli, antibiothérapie.

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Réalisé par Eméline TOGNIDE Page xiii

Urinary infections are a real public health problem and reason for consultation and antibiotics prescription. Escherichia coli is in order of frequency the most often isolated bacteria. The objective of this study was to control the emergence of Escherichia coli responsible for urinary infections in order to limitate them within the community.

To achieve this goal, a survey form has been settled base on criteria relating to the socio-demographic and clinical characteristics of the students. We carried out a prospective study during a period of three (03) months which included urinary samples on students of the University of Parakou. Over this period, the samples of urinary collected on 50 targets met the Urinary Infections criteria, 06 were positive for Escherichia coli, which represents a prevalence of 12%. The majority of subjects were female with a sex ratio F/M of 0.67. The age of the students is respectively between 16 and 28 years old. This study highlighted the resistance profile for almost all the antibiotics used. Indeed, all the strains of isolated Escherichia coli are resisted to Sulfamethoxazole Trimethoprim (SXT) and Ceftriaxone (CRO). The proportions of amoxicillin resistance associated with clavulanic acid (AUG) and Nitrofurantoin (F) are respectively 83.33% and 66.67%. However, no strain has resistance to Gentamicin (GEN). These results will no longer allow the use of Ceftriaxone or sulfamethoxazole-trimethoprim in probabilistic antibiotic therapy.

Key-words: Urinary infections, antibiotics, Escherichia coli, antibiotic therapy ABSTRACT

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INTRODUCTION

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Portage et profil de résistance des souches d’Escherichia coli isolées des urines des étudiants de l’Université de Parakou

Réalisé par Eméline TOGNIDE Page 2

Les infections bactériennes sont un motif fréquent de consultation et de prescription en médecine générale. Les infections des voies urinaires restent en particulier la plus fréquente infection bactérienne dans la population humaine et aussi l'une des infections communautaires les plus fréquentes, représentant environ 40% de toutes les infections bactériennes dans le monde [1]. De plus, il y a des implications importantes médicales et financières associées aux infections urinaires. Selon les études menées par certains chercheurs scientifiques, l'estimation du coût annuel des infections des voies urinaires acquises par la communauté est significative. En outre, les infections urinaires sont des causes majeures de la morbidité et de la mortalité dans les 2 premières années de la vie humaine, chez les femmes et surtout chez les personnes âgées. De plus, elles sont causées par de nombreuses bactéries dont les entérobactéries [2].

En effet, les entérobactéries sont des bacilles à Gram négatif qui ont pour habitats habituels le colon et l’intestin grêle. Souvent, ces bactéries, surtout l’espèce Escherichia coli, s’installent au niveau des voies urinaires et sont donc responsables de la majorité des cas d’infections urinaires répertoriés. Selon l’Organisation Mondiale de la Santé (OMS), les infections urinaires à Escherichia coli sont de loin les plus fréquentes au sein de l’Hôpital et de la communauté [3]. Au cours de ces dernières années, une augmentation de l’incidence des résistances aux antibiotiques des germes responsables d’infection urinaire a été constatée. L’émergence des Entérobactéries sécrétrices de Bêta-Lactamase à Spectre Etendu (E-BLSE) est de plus en plus prévalente. Les infections urinaires à Escherichia coli constituent une priorité en matière de surveillance et d’étude de résistance aux antibiotiques étant donné leur fréquence élevée et leur gravité [4].

C’est dans cette optique que l’étude s’est proposée d’effectuer ce travail de recherche intitulé : ‛‛Portage et profil de résistance des souches d’Escherichia coli isolées des urines des étudiants de l’Université de Parakou’’.

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L’objectif général de cette étude est de contribuer à la surveillance de l’émergence des souches d’Escherichia coli responsables des infections urinaires en vue de limiter leur propagation au sein de la communauté. De façon spécifique, il s’agit de :

 déterminer la prévalence des infections urinaires à Escherichia coli chez les étudiants de l’Université de Parakou ;

 évaluer la résistance des souches d’Escherichia coli aux antibiotiques.

En dehors de l’introduction et de la conclusion, le présent travail a été rédigé en trois parties essentielles. La première partie a permis d’aborder la synthèse bibliographique. Le matériel et la méthodologie adoptés ont été décrits dans la deuxième partie. De même, les résultats suivis du commentaire et quelques suggestions ont fait l’ossature du dernier chapitre.

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CHAPITRE 1 :

SYNTHESE BIBLIOGRAPHIQUE

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1.1. INFECTION URINAIRE

L’infection « dite » urinaire est une infection de l’appareil urinaire et non une infection de l’urine. Le terme d’infection urinaire regroupe un ensemble de pathologies dont le dénominateur commun est l’infection du tractus urinaire ou de ses annexes pour laquelle la culture des urines est positive. Les cavités excrétrices et le parenchyme rénal peuvent facilement être colonisés par des germes qui entraînent le plus souvent une réaction inflammatoire locale [5]. Ces bactéries et les cellules de l’inflammation passent dans l’urine et témoignent indirectement de l’infection. Les urines sont donc septiques, mais c’est l’appareil urinaire qui est infecté. L’urine normale est stérile, c’est à dire qu'elle ne contient à l'état normal ni bactérie, ni virus ni champignon. Cependant les infections urinaires sont les plus fréquentes de toutes les infections bactériennes car l’urine n’a en fait aucune propriété pour résister aux microbes, et peut donc être un excellent milieu de culture. Le diagnostic d’infection urinaire se définit biologiquement par la présence d’une bactériurie significative associée à une leucocyturie pathologique (supérieure à 104/ml), qu’il existe ou non des signes cliniques d’accompagnement.

Depuis les travaux de Kass (1956), les définitions pratiques de l'infection urinaire sont basées sur le compte de germes présents dans l'urine. Ainsi on distingue:

-la colonisation qui correspond à la présence d'un (ou de plusieurs) micro-organisme(s) dans l'arbre urinaire sans qu'il ne génère par lui-même de manifestations cliniques. Le concept de bactériurie asymptomatique est indissociable de celui de colonisation et correspond à la même entité sans le rattacher à la notion de seuil (ufc/ml). On préfère le terme de colonisation à celui de bactériurie asymptomatique.

-l'infection urinaire qui correspond à l'agression d'un tissu par un (ou plusieurs) microorganisme(s), générant une réponse inflammatoire et des signes et des symptômes de nature et d'intensité variable selon le terrain [5].

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1.2. INFECTION URINAIRE A ESCHERICHIA COLI 1.2.1. Escherichia coli

1.2.1.1. Description

Escherichia coli est un bacille à Gram négatif de la famille des entérobactéries, hôte commun de la microflore commensale du tube digestif de l’homme et des animaux à sang chaud tel que les mammifères et les oiseaux. Près de 99% de la flore, que l’on peut évaluer à 10¹⁴ bactéries pour un poids total d’environ 1,5 kg, est cependant constituée d’espèces anaérobies strictes réduisant la part d’Escherichia coli autour de 0,1% de la masse totale. La colonisation du tractus digestif s’effectue dans les premières heures de la vie à partir de la flore maternelle et les souches d’Escherichia coli constituent par la suite l’espèce bactérienne la plus représentée au sein de la flore aérobie intestinale. Dans le cadre de cette relation commensale, Escherichia coli est généralement confinée à la lumière intestinale [6]. Cependant, en présence d’un terrain débilité ou immunodéprimé ou lorsque la bactérie est introduite dans d’autres tissus, des souches « non pathogènes » d’Escherichia coli peuvent être à l’origine de processus infectieux. On notera que bien qu’étant une bactérie commensale, Escherichia coli est également capable de survivre dans le milieu extérieur et que d’autre part il existe des souches pathogènes et ou virulentes qui peuvent causer des infections chez l’individu sain [8].

1.2.1.2. Morphologie

Escherichia coli est un germe très courant, appartenant à la famille des Enterobacteriaceae. Il possède une paroi constituée de trois couches. De l’extérieur vers l’intérieur, nous avons une membrane externe, une couche mince de peptidoglycane et un espace périplasmique qui entoure la membrane cytoplasmique.

Sur la membrane externe, il y’a la présence de frimbriae ou pili communs constituant un facteur d’adhésion pour la bactérie [18].

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Comme presque toutes les autres espèces bactériennes de cette famille, Escherichia coli est un bacille Gram négatif de 2 à 3μm de long sur 0,6μm de large, mobile à ciliature péritriche, anaérobe facultatif [7].

1.2.1.3. Caractères culturaux

Les bactéries de cette famille sont facilement cultivables et fermentent presque toutes, le glucose. Escherichia coli se développe rapidement in vitro sur milieux « ordinaires » et est aéro-anaérobie facultatif. Le pH optimum est de 7,5 [8]. La température optimale de croissance est 37°C avec un minimum de 20°C et un maximum de 40°C mais la culture est possible entre 20° et 40°C. Le temps d’incubation est entre 18 à 24h. Il donne des colonies smooth (S), de 2 à 3mm de diamètre, typique de celle des entérobactéries. La culture sur gélose EMB (Eosine Bleu de Méthylène), donne des colonies à reflet vert métallique, brillant. En milieu liquide la croissance bactérienne induit un trouble uniforme du bouillon [9].

1.2.1.4. Caractères biochimiques

Les caractères biochimiques d’Escherichia coli peuvent être mis en évidence en ensemençant une galerie minimale qui peut être complétée par une galerie API 20E.

1.2.2. Infection du Tractus Urinaire (ITU)

Escherichia coli représente à lui seul l’agent responsable de la très grande majorité des cas d’infections urinaires spontanées ou après instrumentation. Il est reconnu que les infections urinaires à colibacilles sont dues à la migration de ces germes du tube digestif vers l’arbre urinaire par voie ascendante et externe.

Des raisons anatomiques expliquent leur plus grande fréquence chez la femme car l’urètre est plus court. Les souches d’Escherichia coli peuvent provoquer des infections urinaires hautes (prostatites, pyélonéphrites), et des infections urinaires

basses (cystite aigue chez la femme) [9].

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Cependant la contamination vésicale par colibacille ne donne une infection urinaire et surtout une atteinte du parenchyme rénal, qu’avec certaines souches particulières capables d’adhérer aux cellules de l’arbre urinaire. Ces souches ont la capacité d’adhérer aux cellules uro-épithéliales et donc de s’implanter sur la muqueuse de l’arbre urinaire. Cela est dû à la présence des structures telles que l’adhésine, ou les pilis communs [10].

1.3. TRAITEMENT : ANTIBIOTHERAPIE 1.3.1. Définition des antibiotiques

Le terme antibiotique dérive du grec « anti » qui veut dire contre et « bios » qui veut dire vie. Les antibiotiques sont des substances antimicrobiennes qui empêchent la multiplication des bactéries (bactériostatique) ou qui les tuent (bactéricide). En bactériologie médicale, les antibiotiques sont donc des composés chimiques, élaborés par un micro-organisme ou produits par synthèse ou par hémi synthèse, ayant une activité sur d’autres micro-organismes [11].

1.3.2. Classification, mécanisme d’action et spectre d’activité Les critères suivants sont utilisés pour classer les antibiotiques : origine, nature chimique, mode d’action, spectre d’activité. Les antibiotiques utilisables en thérapeutique sont très nombreux et ils sont regroupés en famille selon leur structure chimique. Le mécanisme d’action des antibiotiques antibactériens n’est pas toujours parfaitement élucidé mais on distingue cinq grands modes d’action : action sur la synthèse du peptidoglycane, action sur la membrane cytoplasmique, action sur l’ADN, action sur la synthèse des protéines et action par inhibition compétitive [12].

1.3.2.1. Sulfamides et triméthoprime

Ce sont des antibiotiques bactériostatiques synergiques inhibiteurs de la synthèse de l’acide folique.

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Exemples : cotrimoxazole (sulfaméthoxazole-triméthoprime), sulfadiazine, sulfaméthizol, sulfadoxine-pyriméthamine. Les sulfamides et le triméthoprime agissent par inhibition de la synthèse des purines et des pyrimidines indispensables à la synthèse de l’ADN et de l’ARN. En effet, l’acide tétrahydrofolique est impliqué dans de nombreuses voies métaboliques, notamment dans la synthèse des purines et des pyrimidines. Les sulfamides sont des analogues structuraux de l’acide para-amino-benzoïque (PAB) et, inhibent ainsi de façon compétitive et réversible la dihydroptéroate et donc la synthèse de l’acide dihydrofolique (DHF), nécessaire à la synthèse de l’acide tétrahydrofolique (THF) indispensable aux bactéries. A l’exception des entérocoques, les bactéries doivent synthétiser leurs propres folates car ne pouvant pas utiliser les folates exogènes. Le triméthoprime par contre est un analogue structural du noyau ptéridine de l’acide dihydrofolique (DHF) et bloque de façon compétitive la synthèse de l’acide THF par inhibition de la dihydrofolate réductase.

Ils sont naturellement inefficaces sur les entérocoques, Coxiella, Treponema, Leptospira, Mycobacterium [13].

1.3.2.2. Aminosides

Les aminosides ou encore aminoglycosides sont des antibiotiques bactéricides à large spectre qui inhibent la synthèse protéique, utilisés presque exclusivement en association. Ils sont classés selon l’origine ou selon la voie d’administration. Les aminosides sont des inhibiteurs de la synthèse protéique.

Ils franchissent la membrane externe par les porines et traversent la membrane cytoplasmique par un phénomène actif nécessitant un système transporteur d’électrons et l’oxygène comme accepteur final.

Les bactéries anaérobies, ainsi que les streptocoques et les entérocoques sont naturellement résistantes car ils sont dépourvus de ce système [12].

Dans le cytoplasme des bactéries sensibles, ils se fixent à la sous-unité 30s de l’ARN ribosomal et provoquent des erreurs de reconnaissance codons-anticodons et l’incorporation d’acides aminés erronés dans la chaîne peptidique en formation.

(25)

Les protéines anormales sont intégrées dans la membrane cytoplasmique qui perd ainsi son intégrité ; ce qui confère aux aminosides un effet bactéricide puissant et rapide. Ils sont inactifs sur les streptocoques et entérocoques, Pseudomonas cepacia, Pseudomonas maltophila, Pseudomonas stutzeri, anaérobies stricts, spirochètes, germes intracellulaires [14].

1.3.2.3. Bêta-lactamines

Ce sont des antibiotiques peptidiques, bactéricides, qui inhibent la synthèse du peptidoglycane entrainant ainsi la lyse et la mort bactérienne.

 Les inhibiteurs de β-lactamases sont utilisés en association avec d’autres β- lactamines. Ce sont : acide clavulanique, sulbactam, tazobactam. Exemples d’association : Augmentin*, Klacin*(acide clavulanique associé à l’Amoxicilline), Claventin* (acide clavulanique + ticarcilline).

 Céphèmes :

Ils sont constitués chimiquement de 03 groupes selon l’atome ou le groupe d’atomes en position 1 du cycle hexa-atomique. Il s’agit des : Céphalosporines, Carbacéphèmes et Oxa-1-céphèmes

Les céphalosporines sont classées en 1^ère, 2^e et 3^e génération par ordre croissant du spectre d’activité.

Groupe I ou céphalosporines de 1^ère génération: céfadroxil, céfalexine, céfalotine, céfazoline, céfatrizine etc.

Groupe II ou céphalosporines de 2^e génération: céfamandole, céfuroxime, céfaclor, céfoxitine etc.

Elles possèdent une meilleure activité que les céphalosporines de 1^ère génération sur les entérobactéries, Haemophilus influenzae et Moraxella catarrhalis.

(26)

Groupe III ou céphalosporines de 3^e génération : Ceftriaxone, céfixime, céfotaxime, cefsulodine, ceftazidime etc. Elles sont caractérisées par une meilleure activité sur les BGN et les streptocoques que les céphalosporines de 1^re et de 2^e génération.

Toutes les β-lactamines agissent par inhibition de la synthèse de la paroi bactérienne. Elles se fixent sur les protéines liant les pénicillines (PLP) et inhibent la dernière étape de la synthèse du peptidoglycane (par analogie structurale avec le dipeptide D-alanyl-D-alanine), qui est une substance glycopeptidique spécifique aux bactéries et constituant leur paroi. Cette inhibition entraine un arrêt de la croissance bactérienne (bactériostase). L’inhibition est poursuivie par une dégradation, de mécanisme mal connu, aboutissant à une désorganisation et une lyse de la bactérie (bactéricidie) [15].

1.3.2.4. Nitrofuranes Ils sont classés en :

 nitrofuranes résorbables: la nitrofurantoïne

 nitrofuranes non résorbables: la nifuroxazide, la nifurzide

Comme les nitro-imidazolés, les nitrofuranes ont leur groupement nitro (NO2) réduit par les systèmes transporteurs intra cytoplasmiques des bactéries sensibles. Les dérivés réduits diffusent vers l’ADN bactérien, l’oxydent et provoquent des coupures des brins d’ADN provoquant la mort de la bactérie [16].

1.3.3. Résistance bactérienne aux antibiotiques

Depuis l’introduction des antibiotiques dans l’arsenal thérapeutique des maladies infectieuses, les microorganismes ont développé des moyens de défense leur conférant une insensibilité aux antibactériens. La résistance aux antibiotiques peut être définie selon différents points de vue [16] :

(27)

- Pour le clinicien, une souche bactérienne est résistante à un antibiotique si le traitement n’est pas efficace.

- Pour le pharmacologue, une souche bactérienne est résistante à un antibiotique si les concentrations atteintes au site d’action, sont inférieures à la concentration minimale inhibitrice.

- Pour le microbiologiste, une souche bactérienne est résistante à un antibiotique si elle dispose d’un mécanisme de résistance augmentant la valeur de la concentration minimale inhibitrice.

- Pour l’épidémiologiste, une souche bactérienne est résistante à un antibiotique si elle a une concentration minimale inhibitrice significativement différente de celle de la population normale.

1.3.3.1. Mécanismes biochimiques de résistance

La résistance des bactéries aux antibiotiques peut se développer par quatre mécanismes physiologiques qui sont : l’imperméabilisation, l’inactivation, la modification de la cible et la modification du métabolisme [17]. La résistance à un antibiotique donné peut être due à plus d’un de ces mécanismes chez la même bactérie.

 Imperméabilisation

Pour atteindre la cible dans certains cas, l’antibiotique doit franchir un certain nombre de structures bactériennes.

Elles sont différentes chez les bactéries à Gram positif et à Gram négatif [17].

En cas de résistance par imperméabilité l’antibiotique franchit très difficilement ces structures. Ce mécanisme est le plus souvent responsable de la résistance naturelle et peut concerner les cyclines, les Phénicolés, les macrolides et les quinolones. Il se rencontre dans la résistance mutationnelle (β-lactamines, quinolones, les Phénicolés, les macrolides) ou dans la résistance plasmidique (tétracycline).

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La bactérie devient imperméable à un antibiotique par rétrécissement des pores membranaires ou par un phénomène d’efflux rejetant l’antibiotique hors de la bactérie.

La baisse de la perméabilité concerne surtout les bactéries à Gram négatif (membrane externe) dont les porines s’obturent partiellement ou totalement ou même disparaissent. Les systèmes d’efflux sont constitués de protéines particulières jouant le rôle de pompe à extrusion, utilisant une force proton-motrice et expulsant l’antibiotique dès qu’il apparait dans la cellule bactérienne [18].

 Inactivation de l’antibiotique

Le mécanisme de l’inactivation de l’antibiotique est le plus connu en pathologie infectieuse. Il est le plus souvent de la résistance plasmidique. L’inactivation peut s’agir d’une destruction de l’antibiotique, telle l’hydrolyse des β-lactamines par les β- lactamases (enzyme sécrétée par les bactéries), ou d’une modification de la molécule par ajout de radicaux telles les estérifications des aminosides par les aminosides- phosphotransférases, les nucléotidyl-transferases ou les acétyl-transférases.

 Modification de la cible

Ce mécanisme met en jeu la modification ou l’altération des molécules habituellement cible de l’antibiotique. Cela, de façons à empêcher la fixation de ce dernier tout en conservant la fonction cellulaire de la cible. Cette modification est due soit à la substitution d’un acide aminé dans la protéine (s’il s’agit d’une enzyme ou d’une protéine ribosomiale) ou d’un nucléotide (s’il s’agit du RNA ribosomal).

Ce type de résistance peut aller jusqu’à l’absence de cible.

 Modification du métabolisme bactérien

Certaines bactéries peuvent développer une résistance aux sulfamides ou au triméthoprime en modifiant certains composés de la chaine métabolique impliqués dans la production des folates.

(29)

La résistance à la triméthoprime peut être la conséquence d’une surproduction de DHFR (dihydrofolate réductase) normale, d’origine chromosomique, que l’on peut rencontrer chez Escherichia coli ou Klebsiella pneumoniae [19].

1.3.4. Types de résistance

Au plan génétique, il faut distinguer les résistances naturelles et les résistances acquises.

1.3.4.1. Résistance naturelle

La résistance naturelle à un antibiotique ou à une famille d’antibiotique s’étend à toutes les souches d’une espèce ou du même genre bactérien. Le support génétique est le chromosome : les gènes en cause font partie du patrimoine génétique de la bactérie [20]. Cette résistance apparait dès les premières études de l’activité antibactérienne d’un nouvel antibiotique et participe à la détermination du spectre antibactérien d’une nouvelle molécule.

1.3.4.2. Résistance acquise

Elle se développe, à la suite de l’utilisation en thérapeutique des antibiotiques, chez un certain nombre de souches bactériennes, au sein d’une espèce initialement sensible.

Du point de vue génétique, cette résistance est due soit à la modification de l’information génétique endogène (mutation), soit à l’acquisition de matériel génétique exogène (plasmide ou transposon) [20].

1.4. DIAGNOSTIC BIOLOGIQUE POUR L’EXAMEN

CYTOBACTERIOLOGIQUE DES URINES (ECBU)

L’infection urinaire est confirmée par l’association d’une leucocyturie à une bactériurie ≥ 10⁵germes/ml. (Kubab et al). L’examen cytobactériologique des urines permet d’affirmer le diagnostic de l’infection urinaire que signifie la présence de germes dans les urines, normalement stériles [21].

(30)

1.4.1. Examen macroscopique

Lors d'une infection urinaire, l'urine peut changer de couleur, d'aspect et même d'odeur :

 La couleur: jaune paille (foncé), couleur hématique.

 L’aspect : trouble dont le degré est proportionnel à la densité microbienne.

 Odeur: nauséabonde surtout si le germe en cause est pyogène.

 Corps étrangers: présence de sédiments de couleur variable (blanchâtre pour les phosphates, rouge brique pour l'acide urique, et rose pour l'urate).

1.4.2. Examen microscopique du culot de centrifugation

L’analyse d’un prélèvement effectué dans un but diagnostique est, en règle générale, une analyse à la fois cytologique et bactériologique. Ainsi, l’examen microscopique est une étape clé dans la démarche diagnostique des infections bactériennes.

La culture des urines permet de quantifier la bactériurie et d’identifier les germes infectant les urines, elle consiste à dénombrer les unités formant colonies (UFC) par ml d'urine. L'ensemencement doit répondre au double but, de dénombrer les bactéries, et d'isoler la ou les bactéries en cause en obtenant des colonies bien distinctes les unes des autres. Les milieux utilisés doivent permettre la culture des bactéries les plus fréquemment rencontrées, c'est-à-dire les Entérobactéries qui sont toutes des bactéries peu exigeantes et à culture rapide. Si on suspecte des bactéries de croissance difficile, d'autres méthodes de culture devront être utilisées.

1.4.3. Antibiogramme

L’antibiogramme est conçu pour prédire la sensibilité des bactéries aux antibiotiques en terme d’efficacité clinique. Il permet de catégoriser une souche pathogène en catégories cliniques sensible (S), intermédiaire (I) ou résistante (R) et non en classes thérapeutiques comme « modérément sensible ».

(31)

L’antibiogramme sert également à la surveillance épidémiologique de la résistance bactérienne, et peut orienter l’identification bactérienne par la mise en évidence de résistances naturelles. L’antibiogramme a pour but de déterminer la sensibilité d’une souche bactérienne vis-à-vis de divers antibiotiques [22].

(32)

CHAPITRE 2 :

MATERIEL ET METHODES

(33)

2.1. CADRE D’ETUDE 2.1.1. Cadre institutionnel

L’Ecole Polytechnique d’Abomey-Calavi (EPAC) qui, à l’origine était nommée Collège Polytechnique Universitaire (CPU) est créée en février 1977 pour répondre à un besoin de formation technique au niveau de l’enseignement supérieur.

L’enseignement à l’EPAC est organisé en deux secteurs : le secteur industriel et le secteur biologique dans lequel s’est déroulée notre formation dans le département de Génie de Biologie Humaine (GBH).

2.1.2. Cadre technique

La présente étude s’est déroulée au sein de deux laboratoires. Une partie au laboratoire de bactériologie du Centre Hospitalier Universitaire Départemental du Borgou/Alibori (CHUD Borgou /Alibori) et l’autre partie à l’Unité de Recherche en Microbiologie Appliquée et Pharmacologie des substances naturelles (U.R.M.A.Pha).

 Présentation du laboratoire du CHUD Borgou/Alibori

Créé en 1959, le Centre Hospitalier Universitaire Départemental du Borgou est situé dans la partie septentrionale du pays, à Parakou, chef-lieu du département du Borgou. En effet, le CHUD/B a une position excentrique par rapport à la plupart des communes qu’il dessert. Par ailleurs, il faut noter que plus de 90% des usagers (d’après les résultats du plan de développement 2004-2006) proviennent du centre de la commune de Parakou. Implanté dans le quartier Banikanni, le CHUD/B est limité : au Nord par la circonscription scolaire de Parakou non loin de la place Bio-Guerra ; au Sud par la voie passant devant l’ancien poste du deuxième arrondissement ; à l’Est par la Direction Départementale de la santé et l’Ecole de Formation Médico-sociale (EFMS); et à l’Ouest par l’école Primaire publique la Montagne.

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Il est composé d’une administration et de plusieurs services à savoirs : une maternité, une pédiatrie, une médecine, une radiologie, une ophtalmologie, l’ORL (Ortho Rhino Laryngologie), une stomatologie, un bloc opératoire, une urgence et un laboratoire d’analyse biomédicale multidisciplinaire où nous avons effectué notre stage.

D’une capacité d’accueil de 360 lits, le Centre Hospitalier Universitaire Départemental du Borgou a pour mission d’accueillir et de soigner les malades. Il fait désormais partie intégrante de l’espace Hospitalo-universitaire du Bénin. Dès lors, le Centre accomplit désormais trois missions essentielles que sont : la mission de soin ; la mission de formation et la mission de recherche. L’actuel Directeur est le Maitre de conférences agrégé Antoine Dodji MENSAH.

Le laboratoire du CHUD/B situé sur l’étage du bâtiment principal de l’Hôpital dispose d’une salle de prélèvement sanguin et d’une salle de prélèvement bactériologique. Il est dirigé par un professeur titulaire de chaire de biochimie et son assistant, tous assisté par un surveillant général. Les prélèvements se font tous les jours ouvrables de 8 heures à 10 heures et les analyses des échantillons commencent à partir de 10 heures. Les prélèvements biologiques effectués sont ensuite répartis en trois sections :

 Section Hématologie-Parasitologie

 Section Bactériologie-Parasitologie

 Section Biochimie-Sérologie

Toutes ces sections occupent chacune une salle. Le laboratoire ne dispose pas encore des sections de parasitologie et de sérologie dignes du nom. Les examens de parasitologie et de sérologie sont répartis dans les autres sections; pour le reste des examens sérologique, le CIPEC et la banque de sang disposent d’un laboratoire leur permettant de les effectuer.

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Les résultats sont disponibles à partir de 16 heures. Pour les jours fériés et la garde, seuls les prélèvements d’urgence venant des différents services sont analysés.

Chaque section de laboratoire est dirigée par un ingénieur des travaux qui est chargé de gérer le personnel et veiller à la bonne exécution de l’ensemble des prestations de la section.

Au laboratoire du CHUD/B-A la permanence est assurée du lundi au vendredi, de 8 heures à 16 heures et la garde de 16 heures au lendemain à 8 heures. Les jours fériés, les gardes se font de 8 heures au lendemain à 8 heures. Deux (02) techniciens assurent la garde par jour ; l’un en biochimie et l’autre en hématologie.

 Présentation de l’U.R.M.A.Pha

L’Unité de Recherche en Microbiologie Appliquée et Pharmacologie des substances naturelles (U.R.M.A.Pha) a été créée en 2017 en tant qu’Unité de recherche trans-facultataire. Au sein du Laboratoire de Recherche en Biologie Appliquée (L.A.R.B.A) de l’Ecole Polytechnique d’Abomey- Calavi, elle est physiquement et administrativement située au sein du campus de l’Université d’Abomey- Calavi.

L’unité est constituée d’un accueil, du bureau de Directeur, d’une salle de travail et d’un laboratoire, composé de deux paillasses de manipulation. Les analyses Biochimiques, hématologiques et bactériologiques y sont réalisées. Le laboratoire dispose d’un Poste de Sécurité en Microbiologie, d’un microscope et d’un microscope à camera, d’un autoclave, d’un agitateur magnétique, d’un agitateur voltex, d’un spectrophotomètre et d’un automate.

La vision du laboratoire est d’être une unité nationale d’excellence où les scientifiques travaillent ensemble pour trouver des solutions aux problèmes sanitaires et environnementaux d’importance majeure au Bénin et en Afrique.

(36)

2.2. MATERIEL

2.2.1. Matériel biologique

Le matériel biologique a été composé de 50 échantillons d’urine recueillis chez les étudiants de l’Université de Parakou.

2.2.2. Milieux de culture

Les géloses Eosine Bleu de Méthylène (EMB) et Mac conkey pour l’isolement des souches d’Escherichia coli, la gélose de Muller-Hinton (MH) pour l’antibiogramme et la galerie classique de Leminor pour l’identification du genre et l’espèce des entérobactéries ont été utilisées comme milieux de culture.

2.2.3. Réactifs et colorants

Le Violet de Gentiane, le lugol, l’alcool à 70°c et la Fuchsine à 10% ont été utilisés pour la coloration de Gram, le réactif de Kovacs pour la recherche de l’indole et les disques d’antibiotiques (tableau I) pour la réalisation de l’antibiogramme.

Tableau I : Liste des antibiotiques utilisés

Classe Antibiotiques utilisés Symboles Charge (µg) β-lactamines Amoxicilline+acide clavulanique AUG 20

β-lactamines Ceftriaxone CRO 30

Aminosides Gentamicine GEN 15

Sulfamides Sulfaméthoxazole+Triméthoprime SXT 1,25+23,75

Nitrofuranes Nitrofurantoine F 30

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2.2.4. Equipements et consommables

Des équipements comme des réfrigérateurs, des microscopes, un autoclave, des bouteilles de gaz, des burettes graduées, des balances de précision, une étuve à 37°C et des portoirs ont servi à réaliser l’étude.

Des consommables tels que les marqueurs, les lames et lamelles, les boîtes de Pétri, les pots stériles à usage unique, des pipettes Pasteur, des becs Bunsen, de l’eau distillée et de l’eau physiologique ont également été utilisés.

2.3. METHODES 2.3.1. Type d’étude

Il s’agit d’une étude prospective de type descriptive menée sur une période de trois mois au Centre Hospitalier Universitaire Départemental du Borgou qui a portée sur 50 étudiants de l’Université de Parakou sans distinction de sexe et d’âge.

2.3.1.1. Critères d’inclusion

Tout étudiant ayant accepté participer a été inclus dans cette étude.

2.3.1.2. Critères d’exclusion

Tout étudiant sous traitement antibiotique de tout genre n’est pas admis dans l’étude.

2.3.2. Echantillonnage

Une fiche de questionnaire et un pot stérile ont été mis à la disposition des étudiants ainsi que les précautions générales à prendre et les conditions de prélèvement ont été énumérées.

2.3.2.1. Précautions générales à prendre :

- Asepsie rigoureuse : éviter les contaminations de l’urine par les bactéries de l’environnement (sécrétions génitales, matériels de prélèvement, périnée, etc.).

- Recueillir les urines qui ont séjournées au moins 2h dans la vessie.

- Arrêter toute antibiothérapie au moins 48h avant l’ECBU.

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- Utiliser un récipient propre, stérile pour le recueil des urines (flacons ou pots stériles).

2.3.2.2. Conditions de prélèvement

Après « toilette intime » et désinfection soigneuse des muqueuses à l'aide d'un antiseptique (dakin), l’on demande au patient d'uriner dans le pot stérile déjà étiqueté.

Afin de s’assurer que les urines recueillies ont séjourné au moins 2 heures dans la vessie, les prélèvements ont été effectués tôt le matin tout juste au réveil des sujets.

Le premier jet d’urine a été éliminé afin d’éviter de souiller les échantillons.

Une fois le prélèvement fait, les échantillons ont été transportés rapidement au laboratoire pour une analyse bactériologique.

2.3.3. Réalisation des examens bactériologiques 2.3.3.1. Examen macroscopique

L’examen macroscopique a permis d’apprécier si l’urine est limpide, trouble, acajou, jaune paille, hématique; contenant des filaments ou des dépôts. L'urine normale est limpide, jaune paille, de pH compris entre 5 et 6.

2.3.3.2. Examen microscopique

 Etat frais

Après avoir homogénéisé l’urine totale, les numérations des leucocytes et des hématies sont effectuées à l’aide de la cellule de Malassez. Le résultat du dénombrement est exprimé en leucocytes/mm3 et/ou hématies/mm3.

Après la numération, suit la centrifugation de l’urine totale. A partir du culot, un étalement entre lame et lamelle est réalisé, afin de chercher d’autre éléments figurés dans les urines tels que les levures, les cellules épithéliales rénales, vésicales en raquette, cellules endothéliales, des parasites, des cristaux d’oxalates, de phosphate et d’urate, des spermatozoïdes etc.

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 Examen après coloration de Gram

Une fois le frottis du culot de centrifugation de l’urine coloré au Gram et porté au microscope, la forme des bactéries (Cocci ou Bacilles), leur Gram (Gram+ ou Gram- ) leur affinité tinctoriale, leur abondance et leur mode de regroupement sont les informations recherchées.

2.3.3.3. Mise en culture

L’ensemencement immédiat de l’urine par la méthode des anses calibrées sur milieu ordinaire gélose CLED et sur milieu sélectif (gélose EMB) est réalisé. Les milieux ensemencés sont incubés à 37°C pendant 18 à 24h. A partir de cette étape, le dénombrement des bactéries (bactériurie) et l’interprétation sont effectués.

- Interprétation de la bactériurie et de la leucocyturie

Actuellement, sous respect strict des conditions de prélèvement, de transport et d’analyse des urines toute bactériurie >10³ UFC/ml est à considérer.

Donc l’interprétation doit tenir compte de la leucocyturie, de la bactériurie, le contexte clinique et les antécédents d’antibiothérapie. L’interprétation de la leucocyturie et de la bactériurie est résumée dans le tableau II [23].

(40)

Tableau II : Interprétation de la leucocyturie et de la bactériurie Leucocyturie

(N/ml)

Bactériurie (N/ml)

Interprétation et conduite à tenir

< 10⁴ < 10⁴ Urine normale, non infectée

>10⁴ >10⁴ Infection urinaire, habituellement monomicrobienne.

La présence de plusieurs espèces bactériennes, possible chez un porteur d’une sonde à demeure, signe le plus souvent une contamination intrinsèque.

< 10⁴ >10⁴ Cette discordance fait évoquer plusieurs hypothèses:

infection débutante; contamination du prélèvement avec mise en culture tardive; infection sur terrain particulier (femme enceinte, immunodéprimé) un nouveau prélèvement est nécessaire.

>10⁴ < 10⁴ La leucocyturie sans germe évoque la possibilité d’infection par une espèce bactérienne nécessitant une recherche spéciale qu’il faut entreprendre, essentiellement le bacille de Koch. Mais il peut s’agir d’une infection traitée par antibiotique ou d’une cause non bactérienne.

Après la bactériurie, l’on prélève une colonie et on réalise un état frais pour confirmer si ce sont des bacilles ou des cocci. Si à l’état frais on trouve des bacilles, on réalise l’oxydase, suivie de la galerie minimale si oxydase négative. Après la galerie on réalise l’antibiogramme.

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2.3.4. Réalisation des examens biochimiques 2.3.4.1. Test à l’oxydase

Ce test se fait à l’aide de disques de commerce prêts à l’emploi, imprégnés d’eau distillée sur lequel on dépose une colonie. Une réaction positive se traduit par l’apparition d’une coloration violette à l’endroit où on a déposé la colonie, soit immédiatement, soit quelques secondes après.

2.3.4.2. Galerie de Leminor La galerie de Leminor se compose de 4 milieux :

 Le milieu Kligler-Hajna (KH)

C’est un milieu coulé en pente et en culot. Il renferme du lactose, du glucose, du thiosulfate et des ions ferreux. L’indicateur de pH est le rouge de phénol. C’est un milieu au niveau duquel on recherche 4 caractères :

- la fermentation du glucose qui se traduit par virage au jaune du milieu qui était rouge à l’origine (culot) ;

- la fermentation du lactose sur la pente qui se traduit également par virage au jaune ;

- la présence de gaz qui se matérialise par le décollement du culot et/ou la présence de bulles d’air ;

- la production de SH2 qui se traduit par une coloration noire.

 Le milieu Citrate de Simmons

Ce milieu coulé en tubes est utilisé pour l’étude de l’utilisation du citrate comme seule source de carbone par les germes. Il contient un indicateur de pH qui est le bleu de bromothymol, ce qui confère au milieu une coloration verte à l’état acide. Les germes qui utilisent le citrate comme seule source de carbone entraînent une alcalinisation du milieu, d’où le virage du vert au bleu.

 Le milieu Mannitol-mobilité

C’est une gélose molle conditionnée en tubes et qui permet d’étudier la fermentation du mannitol et la mobilité des germes.

(42)

Elle est ensemencée par piqûre centrale jusqu’au fond des tubes à l’aide d’une anse de platine. La fermentation du mannitol se matérialise par un virage du milieu au jaune.

Les bacilles mobiles diffusent à partir de la ligne d’ensemencement, créant un trouble du milieu alors que les bacilles immobiles poussent uniquement le long de la strie d’ensemencement.

 Le milieu Urée - Indole

C’est un milieu liquide au niveau duquel on recherche ces caractères :

- la production d’uréase qui se matérialise par un changement de la coloration du jaune au rose, du fait de l’alcalinisation du milieu ;

- la présence d’indole qui se matérialise par un anneau rouge, après addition du réactif de Kovacs ;

Escherichia coli exprime donc après la galerie de Leminor les caractères généraux des entérobactéries. Il est en outre :

Lactose (+) ; Indole (+) ; Citrate (–) ; H2S (– souvent) ; Gaz (+) ; Uréase (–).

2.3.5. Antibiogramme 2.3.5.1. Technique

 Préparation de l’inoculum

A partir d’une souche pure, de bactéries issues d’une culture de 18 à 24 heures sur gélose Muller Hinton on réalise une suspension homogène bactérienne, de 1 à 10 colonies dans 2ml d’eau physiologique stérile et on compare la turbidité avec le MAC Farland 0. 5. Si la suspension bactérienne est moins dense que le Mac Farland 0.5, on procède à l’ajustement en ajoutant des colonies de la culture pure. La suspension est diluée au 1/10^ème pour la technique d’écouvillonnage.

 Ensemencement sur gélose Muller Hinton (MH)

Le type d’ensemencement utilisé au CHUD- Borgou est l’ensemencement par écouvillonnage.

(43)

La technique d’ensemencement consiste à:

- introduire un écouvillon stérile dans l’inoculum, éjecter l’excès de bouillon contre les parois du tube ;

- étaler l’inoculum sur toute la gélose, faire passer l’écouvillon 2 ou 3 fois sur toute la surface du milieu en tournant chaque fois la boite de pétri de façon à obtenir un ensemencement uniforme ;

- après ensemencement de la gélose, attendre 10 minutes avant de déposer les disques, le temps que la gélose absorbe bien la suspension.

 Dépôt des disques

Le dépôt des disques est réalisé au moyen d’un distributeur automatique de disques en raison de cinq (05) disques par boite. La boite est ensuite incubée à 37°C pendant 18-24h.

2.3.5.2. Lecture

Mesurer le diamètre de la zone d’inhibition à l’aide d’un pied à coulisse ou d’une règle graduée et se rapporter à la table d’interprétation. Les germes obtenus après culture peuvent être sensibles, résistants ou intermédiaires.

L’interprétation des diamètres d’inhibition a été faite selon les recommandations du Comité de l’Antibiogramme de la Société Française de Microbiologie (Société Française de Microbiologie, 2014).

(44)

CHAPITRE 3 :

RESULTATS ET COMMENTAIRE

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3.1. RESULTATS

3.1.1. Répartition démographique de l’étude

3.1.1.1. Répartition de la population d’étude suivant le sexe

Figure1 : Répartition des sujets testés en fonction du sexe.

La population d’étude était constituée de 30 étudiants de sexe masculin contre 20 de sexe féminin ; correspondant respectivement à 60% et 40% avec une sex-ratio égale à 0,67 en faveur des hommes, pour une population totale de 50 étudiants.

3.1.1.2. Répartition suivant l’âge

Figure 2 : Répartition des étudiants suivant l’âge.

60%

40%

masculin féminin

0%

10%

20%

30%

40%

50%

60%

[16;21[ [21;26[ [26;30[

26%

60%

14%

âges