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Développement de méthodes mathématiques pour l'analyse de trajectoires conformationnelles en dynamique moléculaire

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Academic year: 2021

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Figure 1.3 – A : modèle à 4 hélices de VKORC1 ; B : visualisation PyMol d’une structure 3D de VKORC1 prédite in silico [20].
Figure 1.9 – Gauche : RMSF calculée sur cinq répliques de 100 ns de VKORC1 (résidus 1-163), et recalées par rapport à t = 0 ns ; Droite : RMSD calculée sur cinq répliques de 100 ns de VKORC1 (résidus 9-151), et recalées par rapport à t = 0 ns [19].
Figure 2.3 – Gauche : répliques de VKORC1 (C α , 9-151) de 100 ps/20 fs, recalées par rapport à
Figure 2.7 – Répliques de KD avec KID (C α , 100 ps/20 fs) recalées par rapport à leur confor-
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Dynamiques stochastiques Construction du modèle Méthode de re-simulation Propriétés de κ Instant d’accès, instant de sortie et temps de sortie Description de l’algorithme Exemples sur le modèle de trois puits Cas du régime EDS Application aux données de DM Application à NMDA et à d’autres molécules

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