Bilan des connaissances biologiques et de l'état des habitats des lamproies migratrices dans le bassin de la Gironde : propositions d'actions prioritaires

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Bilan des connaissances biologiques et de l’état des

habitats des lamproies migratrices dans le bassin de la

Gironde : propositions d’actions prioritaires

C. Taverny, Pierre Elie

To cite this version:

C. Taverny, Pierre Elie. Bilan des connaissances biologiques et de l’état des habitats des lamproies migratrices dans le bassin de la Gironde : propositions d’actions prioritaires. [Rapport de recherche] irstea. 2009, pp.110. �hal-02591949�

Bilan des

connaissances

biologiques et de

l'état des habitats

des lamproies

migratrices dans le

bassin de la

Gironde

Propositions d’actions

prioritaires

Catherine Taverny et Pierre Elie

Etude n°123

Mars 2009

Avec la participation technique de :

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Bilan des connaissances biologiques et de

l'état des habitats des lamproies migratrices

dans le bassin de la Gironde

– Propositions d’actions prioritaires

Rapport final

Catherine Taverny1et Pierre Elie1

1

CEMAGREF,

Unité de Recherche « Ecosystèmes estuariens et poissons migrateurs amphihalins »

50 avenue de Verdun, Gazinet, 33612 Cestas Cedex (05.57.89.08.00)

Avec la participation technique de : Francis Gayou2

Mathieu Chanseau3

2

ONEMA, Délégation interrégionale Quai de l’Etoile, 7 bd de la Gare 31000 TOULOUSE

(05.62.73.76.80)

3

Association MI.GA.DO. 18 Ter rue de la Garonne BP 95, 47520 LE PASSAGE (05.53.87.72.42)

Citation en bibliographie : Catherine Taverny, Pierre Elie. Bilan des connaissances biologiques et de l'état des habitats des lamproies migratrices dans le bassin de la Gironde – Propositions d’actions prioritaires. Rapport final. Etude Cemagref, n°123, 93 p. (mars 2009). Groupement de Bordeaux.

Autres partenaires techniques :

AAPPED 33

UMR EPOC, Université Bordeaux I FDAAPPMA 33 ENITA Bordeaux CemOA : archive ouverte d'Irstea / Cemagref

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Résumé

Les lamproies migratrices amphihalines Petromyzon marinus (lamproie marine) et Lampetra fluviatilis (lamproie fluviatile) font partie depuis 1992 des espèces prioritaires d’intérêt communautaire de l’Union Européenne qui doivent être protégées au titre de la biodiversité grâce à la conservation des habitats naturels aquatiques. A l'échelle européenne, l'estuaire de la Gironde offre un bassin d'accueil potentiel de premier ordre pour P. marinus avec une situation centrale en terme de répartition géographique. Cet estuaire ouvre sur un bassin versant situé dans la zone sud de l’aire de répartition de L. fluviatilis. Le bassin Gironde Garonne Dordogne, autrefois très productif pour toutes les espèces de poissons migrateurs amphihalins (y compris pour la Lamproie fluviatile), continue à supporter la plus importante exploitation halieutique de lamproie marine française et européenne. Le suivi, long et validé des pêcheries, confirme une tendance à la hausse de l’abondance du stock de migrants adultes de cette espèce dans ce bassin. En terme de qualité des habitats, ce constat demande à être analysé, car la pression humaine exercée sur ce bassin versant s’amplifie, et, jusqu’à preuve du contraire, cette espèce n’est pas soumise à un phénomène de homing. La lamproie fluviatile, comme l’anguille, n’a pas bénéficié, contrairement à la lamproie marine, des plans de restauration des migrateurs des bassins versants de la Garonne et de la Dordogne, dont les actions concernent seulement les grands axes. Cette espèce migratrice amphihaline est cantonnée en aval des grands obstacles, en partie basse du bassin. Ces zones comportent un potentiel en zones de frai favorables aux lamproies fluviatiles, mais de nombreux seuils et vannes les ont rendu le plus souvent inaccessible. Sur l’axe Garonne et les rivières affluentes, l'agglomération bordelaise concentre aussi deux types de risques pour la population de cette espèce. En premier lieu, la pression urbaine tend à dégrader la qualité de l'habitat des petits cours d'eau favorables à sa reproduction et au grossissement des juvéniles. En second lieu, des déficits d’oxygène liés à la température élevée des eaux et à la présence du bouchon vaseux en milieu fluvio-estuarien, peuvent intervenir en affaiblissant le stock et en compromettre en partie le recrutement de cette espèce sur l’ensemble du bassin versant. Depuis une trentaine d’années, la lamproie fluviatile ne fait plus l’objet d’une pêche ciblée dans le bassin de la Gironde car elle est devenue rare. Au niveau des deux grands axes que constituent la Dordogne et la Garonne, à 230 à 250 kml du trait de côte, les premières limitations de flux des migrants anadromes apparaissent pour les deux espèces, même si les obstacles sont franchissables dans certaines conditions par la lamproie marine. Une part importante des stocks de migrants des deux espèces qui pénètrent dans la Garonne ne se reproduit que dans les parties basses, ce qui cantonne les juvéniles dans un secteur exposé aux polluants polymétalliques et à des valeurs de température de l’eau parfois proches de la létalité en période estivale. Les parties hautes des bassins sont des zones de production hydroélectriques soumises au phénomène des éclusées (variations brutales des niveaux d’eau). Par exemple dans le cas de la Dordogne, axe fortement colonisé par la lamproie marine, la partie médiane présente des risques d’affouillement et d'exondation de frayères situées près des berges, ainsi que des échouages de larves ou l’assèchement de leurs zones de grossissement. Lors de la dévalaison des sub-adultes, à partir des zones à l’amont des deux bassins versants, le transit dans les turbines des usines hydroélectriques est aussi un risque important de mortalités, mal évalué actuellement.

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Un certain nombre d’actions sont à mettre en œuvre pour mieux connaître et protéger les deux espèces de lamproies migratrices. Grâce au travail de caractérisation des habitats de frai et de grossissement des larves de lamproies, il convient de réaliser l'inventaire des zones optimales qui existent au sein du bassin de la Gironde en vue de leur conservation. Le potentiel d’accueil du bassin doit être soutenu et augmenté. Ceci passe par une meilleure connectivité entre les tronçons des axes déjà fréquentés et ceux présentant des habitats favorables pour l’une ou l’autre des deux espèces de lamproies migratrices. Des compléments de connaissances d'ordre biologique sont absolument nécessaires. C’est le cas au niveau des deux écotypes fluviatilis et planeri du genre Lampetra, non différenciables génétiquement. La répartition spatiale de ce complexe « plano-fluviatilis » et son isolation reproductive ou non demandent à être étudiées. Il faut y ajouter l’étude de la capacité de franchissement en migration de montaison et l’étude du comportement des adultes et des subadultes des deux espèces face à des obstacles, en particulier à ceux, divers, qui parsèment le chevelu. Parallèlement à ces études, des suivis d’ordre biologique, écologique et halieutique des populations

P. marinus et L. fluviatilis sont indispensables afin de mesurer les effets des actes de gestion menés

dans ce bassin. La surveillance des zones optimales de frai et des zones de grossissement des larves constituent des actions écologiques nécessaires. Des échantillonnages biologiques sur les adultes migrants menés dans le cadre du suivi halieutique et sur les populations de juvéniles au niveau des habitats optimaux apporteront des données nécessaires à une meilleure compréhension du fonctionnement de ces espèces, à l’évaluation de leur abondance et à la qualité de leur habitat. Il faudra aussi répondre au besoin d’une meilleure connaissance des impacts possibles des cocktails de contaminants polymétalliques et organochlorés sur la qualité sanitaire et la qualité biologique des lamproies (reproduction, croissance et survie). A ce niveau des études expérimentales seront nécessaires. Dans le cas de la population de lamproie marine l’étude du homing permettra d'appréhender un des éléments important de la dynamique de la population de cette espèce, soit à une échelle locale, le bassin, soit plus large. Ce travail peut avoir des répercussions importantes sur la gestion durable du ou des stock(s) européen(s).

Abstract

Since 1992 diadromous migratory lampreys Petromyzon marinus (sea lamprey) and Lampetra fluviatilis (river lamprey) are species of European Union interest. They can be insured through conservation of natural aquatic habitats. For these species, the Gironde estuary is a potential

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the basin. This sector has a good potential in optimal areas of spawning river lamprey, but many dams and gates stop migration. Inside the Garonne watershed, urban area of Bordeaux brings about two types of risks for the river lamprey population. Urban pressure tends to damage quality of spawning and nursery habitats of the genus Lampetra in small streams. In fluvio-estuarine environment a pool of reduce dissolved oxygen, high water temperature and high levels of organic matter may compromise stock-recruitment relation of this species. For thirty years, river lamprey is getting more rare and is no subject of fishing in the basin of the Gironde. The first limitations of migration flows begin from 230 to 250 km to coastline in Dordogne and Garonne rivers even if barriers are crossed under certain conditions by this species. An important part of the stocks of sea and river lampreys spawn in the downstream part of Garonne where juveniles are exposed to polymetallic pollutants and waters that can reach lethality temperatures in summer. The upper parts of watersheds produce hydroelectricity where abrupt changes in water levels occur. For example, the Dordogne river is heavely colonized by sea lamprey. Spwaning grounds are exposed to risks of scouring and exondation near the banks. Nursery grounds can be dried up and larvae can be beached. During the downstream migration from the upstream basin, crossing into hydraulic turbines present also currently a potential and misjudged risk for sub-adults.

Somme actions are needed to better understand and protect habitats and populations of the two species of diadromous lampreys. An inventory of suitable spawning and nursery habitats is necessary and possible in the Gironde basin to define special areas conservation. It would be judicious to increase access and improve connectivity with the tributaries which provide the optimal habitats for one or other of the two species of migratory lampreys. Additional knowledge of biology is also absolutely necessary. The Lampetra genus is composed in West Europe of two ecotypes fluviatilis and

planeri which show no genetical differences. The spatial distribution of the complex "plano-fluviatilis »

and the reproductive isolation, or not, of the two ecotypes must be checked. Ability to pass obtructions and variation of behavior of both species must be assessed and especially in the small watersheds. At the same time, biological monitoring of P. marinus and L. fluviatilis is of ecological importance to assess results of management actions carried out. The monitoring of optimal spawning and nursery areas are ecological actions. Biological samplings are also necessary to assess quality of habitat, They can occur during monitorings of fisheries (adult migrants) and of optimal habitat (young). Pollution problems along the Garonne-Gironde will address the need for a better understanding of possible impacts of polymetallic and organochlorine contaminant cocktails on reproduction, growth and survival of lampreys. An experimental approach is needed. Specially in the case of anadromous sea lampreys, homing fidelity from Gironde basin have to be studied. Homing mechanisms will allow to understand one of the important factors of the population dynamics in a regional level or in a wider environment. This work can have important consequences on the sustainable management of European stock(s). CemOA : archive ouverte d'Irstea / Cemagref

SOMMAIRE

INTRODUCTION...1

1 CONTEXTE DU BASSIN GIRONDE GARONNE DORDOGNE ...5

1.1 Caractéristiques physico-chimiques ...5

1.1.1 Le fleuve Garonne...5

1.1.2. Le fleuve Dordogne...6

1.1.3. Le système fluvio-estuarien de la gironde...7

1.2. Qualité du milieu ...9

1.2.1. La qualité des habitats ...9

1.2.2. Les besoins en eau...11

1.3. Les pêcheries de lamproie marine ...13

1.3.1. Description ...13

1.3.2. La pêche au filet...14

1.3.3. La pêche aux nasses ...14

1.3.4. Mesures techniques ...15

1.4. Aspects réglementaires ...15

1.4.1. Mesures de protection des espèces et de conservation des habitats ...15

1.4.2. Mesures de restauration des cours d’eau et de libre circulation ...17

1.4.3. Mesures complémentaires ...18

2. CONNAISSANCE DE L'ETAT DES POPULATIONS DU BASSIN...21

2.1. Capacités de montaison et front de colonisation ...21

2.2. Indicateurs de l'évolution du stock des adultes...23

2.2.1. Le cas de la lamproie marine ...23

2.2.2. Petit historique sur la lamproie fluviatile ...26

2.3. Principales caractéristiques biologiques des migrants adultes ...26

2.3.1. Le cas de la lamproie marine ...26

2.3.2. Le cas de la lamproie fluviatile ...29

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ii

2.6.3. Comportement et caractéristiques des individus lors de la migration de dévalaison ...40

3. CONNAISSANCES DE L'ÉTAT DU POTENTIEL EN HABITATS...43

3.1. Les sites de reproduction...44

3.1.1. Les grandes caractéristiques par espece ...44

3.1.2. Le potentiel du bassin en sites de frai ...44

3.2. La continuité écologique ou la libre circulation ...48

3.2.1. Les obstacles sur les grands cours d'eau et le haut du bassin...52

3.2.2. Les affluents de la partie aval du bassin...54

4. FACTEURS DE RISQUES POUR LES POPULATIONS DE LAMPROIES DANS LE BASSIN...55

4.1. La pression halieutique...55

4.1.1. Quantités de lamproies marines prélevées sur l'ensemble du bassin ...55

4.1.2. Le cas des captures sur l'axe dordogne ...55

4.1.3. Risque lié au contexte halieutique actuel ...56

4.2. La limitation des flux de migrants...57

4.2.1. Le blocage ...57

4.2.2. Le ralentissement ...57

4.3. Le phénomène des éclusées...58

4.3.1. Influence des aménagements hydroélectriques sur les débits ...59

4.3.2. Impact des éclusées sur les lamproies...59

4.4. Le transit par des turbines hydroélectriques ...61

4.5. Les contaminants aquatiques...63

4.5.1. Les differents types de micropolluants ...63

4.5.2. Les risques pour la survie des lamproies...64

4.6. Le transit par des zones limitantes...65

4.6.1. Les zones hypoxiques et anoxiques...65

4.6.2. Les zones riches en toxiques ...67

4.7. Le transit par des prises d'eau...68

4.8. Bilan des risques par espèce ...68

5. INTERACTIONS AVEC L'EXPLOITATION HALIEUTIQUE...70

5.1. La qualité sanitaire des lamproies migrantes...70

5.2. L'évolution de la distribution des espèces ...70

6. PRÉCONISATIONS EN VUE DE LA PROTECTION ET DE LA GESTION DES LAMPROIES...75

6.1. Actions jugées prioritaires ...76

6.1.1. Volet des études ...76

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6.1.2. Volet des suivis et des inventaires ...77

6.1.3. Volet gestion du milieu ...80

6.2. Suite des actions importantes ...83

6.2.1. Etude de l’influence physiologique des polluants polymétalliques ...83

6.2.2. Etude et gestion des stocks d’adultes...83

Remerciements ...85

Bibliographie ...86 _________________________________________________________________________________ Annexes

Annexe 1 : Exemples de l’évolution des passages journaliers des lamproies marines au niveau du barrage de Tuilières durant les années 1999 à 2002 en fonction de la température de l’eau et du débit

Annexe 2 : Présences observées de Lampetra fluviatilis et de Petromyzon marinus dans l'estuaire de la Gironde au niveau du Centre de Production Nucléaire du Blayais entre 1981 et 1982 et dans le champ lointain entre 1989 et 2007

Annexe 3 : Axe Dordogne - Localisation des sites de reproduction à lamproie marine sous contraintes environnementales actuelles entre Mauzac et l'aval de Tuilières et entre Bergerac et Pessac-sur-Dordogne - Nombre de frayères (nids) de lamproie marine comptabilisées par site de frai à partir de l'aval du barrage de Mauzac sur la Dordogne

Annexe 4 : Axe Dronne - Localisation des sites de reproduction à lamproie marine sous contraintes environnementales actuelles depuis l'aval du barrage infranchissable de Monfourat jusqu'à l'aval du barrage de Coutras équipé d'une passe à bassins- Nombre de frayères (nids) de lamproie marine comptabilisées par site de frai à partir de l'aval du barrage de Monfourat sur la Dronne

Annexe 5 : Axe Garonne - Localisation des sites de reproduction à lamproie marine sous contraintes environnementales actuelles entre Golfech et Couthures

Annexe 6 : Evolution des productions de la lamproie marine dans le bassin de la Gironde entre 1978 et 2007

Annexe 7 : Conséquences des teneurs en oxygène sur la faune piscicole d'après le CSP exprimées en taux de saturation et sur la faune aquatique d'après Beaupoil et Bornens 1997 exprimées en mg . L-1

Annexe 8 : Proposition de méthode de suivi standardisée de l'état des populations des juveniles de lamproies

Annexe 9 : Carte n°13 du Schéma Départemental de Vocation Piscicole – Espèces piscicoles remarquables et migrateurs amphihalins

Annexe 10 : Les Aménagements de dispositifs de franchissement adaptés au cas de la lamproie fluviatile

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INTRODUCTION

Le bassin Gironde Garonne Dordogne accueille les deux espèces de lamproies migratrices amphihalines, la lamproie marine (Petromyzon marinus) et la lamproie fluviatile (Lampetra

fluviatilis) (Figure 1).

Dans ce bassin versant, l'état de leur population respective y est très différent. Ainsi, parmi les bassins de la façade européenne Manche-Atlantique, la lamproie marine y développe une grande population puisqu'au niveau français, le système fluvio-estuarien de la Gironde supporte la plus grosse exploitation halieutique de cette espèce. A l'échelle régionale, il s'agit d'une ressource halieutique de poids, en termes socio-économique et culturel1 qui participe au maintien de cent trente entreprises de pêcherie et générant près de 20% de leur chiffre d'affaire.

Devenues rares, les lamproies fluviatiles quand à elles ne font plus l’objet d’une pêche ciblée depuis une trentaine d’années et l’évolution de sa production halieutique reste inconnue.

Outre leur intérêt économique qui ne se limite d'ailleurs pas au Sud-Ouest de la France2, les lamproies font partie des espèces prioritaires d’intérêt communautaire (Annexe II de la Directive 92/43/CEE). Leur conservation nécessite la désignation de Zones Spéciales de Conservation (ZSC) et la prise de mesures concernant à la fois leurs zones de reproduction, de nourrissage et de migration.

La chute récente des stocks de la grande alose dans le bassin de la Gironde et d’une manière générale, la baisse de la production de l'anguille subadulte depuis plus d'une dizaine d'années et l’exploitation désormais incompatible au stade civelle de cette espèce avec sa survie sont inquiétantes en terme de pressions anthropiques exercées sur le milieu aquatique. Or, à l’échelle du bassin, ces trois types de pêche ont représenté en cumulé et en moyenne pendant la période 1978-2005, près de 70%3 du chiffre d'affaire des pêcheries.

Globalement, depuis les années 1960, les extractions de granulats, les pratiques agricoles et l’urbanisation ont entrainé de fortes perturbations dans les habitats aquatiques du bassin Gironde Garonne Dordogne particulièrement dans son chevelu et dans sa partie basse. Le linéaire de cours d’eau s’est fragmenté (obstacles à la migration) et le lit mineur s’est souvent dégradé et homogénéisé (pollution, curage-recalibrage, régime des eaux affaibli, assec, colmatage des fonds de lit, éclusées).

Les habitats de frai et de grossissement des larves des lamproies s’en trouvent diminués et altérés. Or, un habitat aquatique hétérogène et de bonne qualité à grande et petite échelles est capital pour l’ensemble de leur vie continentale ceci en raison de leurs besoins et de leurs exigences variables dans le temps.

Grâce aux différents travaux menés depuis plus de deux décennies par les entités gestionnaires du milieu et des espèces, et, les organismes de recherche, un bilan des connaissances spécifiques aux populations de lamproies migratrices qui fréquentent et se développent dans ce bassin est proposé. Ce bilan s’appuie sur les suivis menés par les trois organismes suivants :

♦l'association MI.GA.DO qui réalise des suivis spécifiques en partie basse de bassin sur la lamproie marine adulte, d’une part au niveau des zones de frai, et, d’autre part, aux stations de contrôle des barrages,

1 _{Le plat régional typique : la lamproie à la bordelaise}

2 _{La lamproie marine est consommée au Portugal – cf. paragraphe 5.2.2.} 3

Respectivement 20, 10 et 40% du C.A. d’après le tableau n° 70 in Girardin & al 2005

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♦l'ONEMA qui met en œuvre le réseau hydrobiologique et piscicole et collecte par ce biais des informations sur les juvéniles des lamproies,

♦le CEMAGREF qui réalise un suivi halieutique de longue durée de la lamproie marine adulte ainsi qu'une surveillance de la faune circulante dans le milieu estuarien de la Gironde depuis plus de trente ans. La première étude spécifique menée par le Cemagref sur les lamproies dans les bassins de la Garonne et de la Dordogne est lancée en 1979. Elle correspond à un travail préliminaire sur la biologie des trois espèces P. marinus, L. fluviatili et L. planeri (Ducasse et Leprince, 1980). En 2002, un programme de recherche de 3 années visant à mieux connaître la biologie de ces espèces en vue de l’identification et la protection de leurs habitats et de la dynamique du fonctionnement de la population de lamproie marine (espèce principalement exploitée) est entrepris. Les résultats sont disponibles sous forme de différents rapports (Taverny & Urdaci, 2003 ; Taverny, Urdaci & Elie, 2004 ; Taverny, Urdaci, Elie & al., 2005) article (Beaulaton, Taverny & Castelnaud, 2008) et ouvrage (Taverny & Elie, 2009 publ. en cours). Dans ce bilan, les principaux facteurs environnementaux qui règnent dans le bassin versant Gironde Garonne Dordogne sont également analysés au titre des risques potentiels qu’ils peuvent induire sur les stocks des deux espèces P. marinus et L. fluviatilis.

L’ensemble de cette approche vise à proposer des actions pertinentes en l’état des connaissances actuelles et hiérarchisées en vue du maintien et de l’amélioration quantitative et qualitative des stocks des deux espèces de lamproies migratrices.

RAPPELS SUR LA BIOLOGIE GÉNÉRALE DES LAMPROIES

:

Sur les 38 espèces qui existent dans le monde, les guides faunistiques en décrivent trois en France : la lamproie marine (Petromyzon marinus) la lamproie fluviatile ou de rivière (Lampetra fluviatilis) et la lamproie de planer (Lampetra planeri). Les deux premières sont des prédatrices-parasites, migratrices amphihalines. Elles remontent dans les cours d’eau pour se reproduire. Pêchées à ce moment particulier de leur vie, elles présentent alors un intérêt économique important. La lamproie de planer, elle, n’est ni parasite ni migratrice amphihaline, ni commercialisée.

Migratrices ou sédentaires, les lamproies effectuent environ les deux tiers de leur cycle biologique en eau douce au stade larvaire (Figure 2). Dans les eaux européennes, leur durée de vie est estimée à 8 ans pour P. marinus et 7 ans pour le genre Lampetra. Afin de se reproduire, les trois espèces recherchent des zones de gravier de granulométrie variable en fonction de la taille des géniteurs. Les sites sont souvent à l’amont de seuils naturels ou en aval d’obstacles non naturels (barrages, radiers de ponts). La ponte peut s’étaler sur plusieurs jours. Les reproducteurs meurent après le frai en quelques jours. L’éclosion des œufs se produit au bout de 2 semaines environ.

Les pré-larves d’une taille de 3 à 9 mm se nourrissent sur leur réserve vitelline. Au bout de 5 à

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L'élévation de la température de l'eau en période estivale est une condition pour la métamorphose spontanée des larves de lamproies. C'est seulement quand les larves possèdent de hauts niveaux de lipides qu'elles se transforment dans un état de rassasiement. Leur taille est alors de 12 à 15 cm pour la lamproie marine, 8 à 12 cm pour la lamproie fluviatile et 11 à 17 cm pour la lamproie de planer. Parvenues au stade macropthalmia, les larves acquièrent alors les caractères de l’adulte : apparition des yeux, formation du disque buccal, pores branchiaux individualisés, nageoires distinctes et développées. A l’issue de cette phase qui s’étend sur 3 à 10 mois, les sub-adultes des deux espèces migratrices ont acquis une grande capacité d’osmorégulation. Il s’en suit une migration de dévalaison qui les mène jusqu’aux eaux des milieux estuarien et marin dès l’automne ou au début du printemps à la recherche d'un poisson proie support. C’est aussi le début de leur alimentation en tant que parasite. Après une phase de croissance rapide qui dure deux ans en moyenne, les lamproies fluviatile et marine qui ont atteint leur taille adulte sont prêtes à remonter les cours d’eau pour venir y frayer. Pour la lamproie de planer, la maturation sexuelle commence avant la fin de la métamorphose et s’achève 6 mois plus tard environ avec la reproduction.

Les lamproie migratrices ne seraient pas soumises au homing5. Les adultes sont attirés dans les cours d’eau où se trouvent une quantité importante de larves. Ce sont des acides biliaires émis par ces larves à travers leur féces qui jouent le rôle de phéromones migratoires attractives. Les adultes migrants y seraient plus sensibles selon le débit du cours d’eau, leur mâturité et le moment de la journée6.

a

b

Figure 1 : Lamproies migratrices anadromes aux stades adulte (a) et larvaire dit aussi ammocoete (b)

P. marinus (au dessus) et L. fluviatilis (en dessous) dans chacune des photographies

5 _{Retour des reproducteurs sur les lieux où ils sont nés} 6 _{D’après Bjerselius & al., 2000.}

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Figure 2 : Cycle de vie généralement admis pour les lamproies migratrices anadromes P. marinus et L. fluviatilis CemOA : archive ouverte d'Irstea / Cemagref

1 CONTEXTE DU BASSIN GIRONDE GARONNE DORDOGNE

1.1 Caractéristiques physico-chimiques

Le système fluvio-estuarien Gironde Garonne Dordogne se situe dans la partie sud-ouest de la France. La Gironde est issue de l'unification au Bec d'Ambès des fleuves Garonne et Dordogne Figure 3).

Figure 3 : Réseau hydrographique simplifié du bassin Gironde Garonne Dordogne ( limites de l’influence de la marée dynamique : crochets rouges - parties basse du bassin en beige, moyenne en verte et haute en bleu)

1.1.1 Le fleuve Garonne

La Garonne est le principal fleuve du sud-ouest de la France. Elle prend sa source en Espagne, au Val d'Aran, à 1 870 mètres d'altitude dans les Pyrénées (massif de la Maladetta) avant d’entrer en France à Pont-du-Roi (Haute-Garonne). Longue de 525 km, elle est le collecteur d’un vaste bassin de 56 000 km2 _{alimenté à la fois par les Pyrénées et le Massif Central. Elle traverse quatre}

départements et deux régions (Midi-Pyrénées et Aquitaine). Au Bec d'Ambès, près de Bordeaux, la Garonne rejoint la Dordogne pour former l'estuaire de la Gironde. Depuis l'embouchure, l’influence de la marée est perçue jusqu’à 130 km7 (Figure 3). Sa catégorie d’ordre est de type 7 8.

Après avoir été un torrent dans les Pyrénées, la Garonne se transforme en rivière dans une vallée coupée de terrasses (pente > 0,1 %). La plaine d’inondation encore réduite (250 m) en amont de Toulouse s’étale ensuite (2 à 4 km) en aval de la confluence avec le Tarn (pente < 0.05 %). Les caractéristiques géologiques, topographiques et climatiques sur le bassin versant de la Garonne se traduisent par des crues brutales, violentes, rapides et relativement fréquentes. Le régime du fleuve est de type pluvio-nival. Il présente des hautes-eaux en mai et juin, des moyennes-eaux en mars,

7 _{Jusqu'à Casseuil, 10 km en amont de Langon} 8

Méthode de classification d’un réseau hydrographique. Ce dernier est composé d’un cours d’eau principal et d’une série de tributaires dont les ramifications s’étendent vers les parties les plus hautes du bassin versant. Selon cette méthode, les tributaires n’ayant pas d’apports sont des vecteurs d’ordre 1. Ceux dont les apports sont exclusivement des vecteurs d’ordre 1 sont des cours d’eau d’ordre 2 et ainsi de suite

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avril et juillet et des basses eaux en août et septembre. Son débit moyen d’étiage de fréquence quinquennale sèche est de 90 m3.s-1 à Tonneins (Figure 4). Le débit moyen de la Garonne est d'environ 625 m3.s-1 au niveau du Bec d’Ambès, juste avant sa confluence avec la Dordogne.

Evolution annuelle

Evolution interannuelle

Figure 4 : Evolution du régime des eaux (m3_.s-1_{) des axes Garonne (à Tonneins), Dordogne (à Bergerac / Gardonne), Isle}

Dronne (à Coutras – régime estimé) au cours de la période 1971 – 2005 _ Tiré du SAGE Estuaire (Eaucéa 2007)

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s’écoule sur des roches volcaniques et métamorphiques. Puis il gagne un paysage au caractère plus ouvert sur un sol de roches calcaires. Dans cette partie médiane, sa pente moyenne est d’environ 0.5 PSU (0.4 à 1.2 PSU) et sa largeur de 80 m. Parvenu dans le département de la Gironde, le cours de la Dordogne devient sinueux et traverse des paysages plats marqués par la présence du bourrelet de graves favorable à la viticulture (pente moy. < 0.01 % , largeur 100-200 m).

La Dordogne est directement exposée aux précipitations océaniques. Son régime hydrologique présente des hautes eaux de décembre à mars, des eaux moyennes d'avril à juin et d'octobre à novembre, et des basses eaux de juillet à septembre. Le débit moyen annuel de la Dordogne est de 285 m3.s-1 (lieu de référence : Bergerac) (Figure 4). Son débit moyen d’étiage de fréquence quinquennale sèche est de 41 m3.s-1 à Bergerac. Les crues de printemps sont fréquentes sur cet axe (pluviométrie, fonte des neiges).

Dans ses parties médiane et basse, la température de l’eau moyenne est aux environs respectivement de 12 ± 5 et 14 ± 7°C. Le pH se situe entre 6,8 et 7,5. La conductivité évolue entre 60-70 μS/cm dans sa partie médiane jusqu’à 200-280 μS/cm dans sa partie aval (Anonyme 1982).

1.1.3. Le système fluvio-estuarien de la gironde

C'est une des interfaces continent-océan les plus vastes parmi les estuaires macro-tidaux européens. Long de 75 km et large de 12 km à son maximum, sa superficie est de 625 km2 (Figure 3).

Le débit moyen annuel de l’estuaire de la Gironde calculé à partir des débits moyens annuels de 1924 à 2006 est de 950 m3.s-1. Ce débit provient pour 2/3 de la Garonne et pour 1/3 de la Dordogne. Sur le reste du bassin versant intermédiaire soit environ 12 400 km2 drainés par des cours d'eau tels que le Ciron, le Dropt, la Saye ou la Livenne, le volume des apports de ces derniers peut être évalué à environ une centaine de m3.s-1 de module supplémentaire. Le volume d'eau douce moyen apporté à l'estuaire serait donc plutôt aux environs de 1050 m3.s-1 donc d'environ 33 milliards de m3.an-1 (Figure 4).

Les effets des débits fluviaux sont modulés par la marée (Castaing 1981). L'influence marine de l'estuaire s’exerce à plus de 130 km en amont de l’embouchure. Le volume d’intrusion des eaux de mer se situe entre 1100 et 2000 millions de m3 contre un volume en eau douce de l’ordre de 21 millions de m3 (P. Elie com.pers).

En fonction des conditions moyennes annuelles de ces apports d'eau douce et de l'intensité des intrusions salines, l’estuaire marin peut être découpé en 3 secteurs de salinité moyenne comprise de l'amont vers l'aval entre 0,5 et 5 PSU (oligohalin) 5 et 18 PSU (secteur mésohalin) et 18 et 30 PSU (secteur polyhalin). En conditions moyennes, les limites approximatives entre les zones oligo et mésohalines se situent vers Pauillac (aux environs du PK 48) et celles entre les secteurs méso et polyhalins vers Les Monards (aux environs du PK 80).

L'amplitude thermique saisonnière des eaux de la Gironde est en moyenne de 16°C (6,5°C en janvier, 22,5°C en juillet) et les températures extrêmes enregistrées vont de 0°C en janvier à 26°C en août (Girardin et al. 2005). Le pH varie entre 7,4 et 8,5.

L’oxygène dissous est une fonction globalement décroissante de la température et de la salinité. Dans l’estuaire marin, la valeur effective se rapproche plus ou moins de la valeur de saturation. Les valeurs moyennes au niveau du pk52 se situent autour de 86,8 % (Quintin 2007). Un puits d'oxygène est cependant possible dans ce secteur (été 1976 : 26 % de la saturation - (Anonyme 1977)). De l’amont vers l’aval, la teneur en 02 dissous suivrait un gradient longitudinal : 11 mg/L à La Réole, 3 à 4 mg/L à Bordeaux, 5 à 8 mg/L au Verdon. La baisse d’oxygène au niveau de Bordeaux, estuaire fluvial, est imputable aux rejets industriels et urbains. L'année 2006, très sèche, a ainsi montré des phénomènes estivaux d'hypoxie, avec des valeurs tombant à 3 mg/l au niveau de Bordeaux (Arnaud 2006; Castaing and Etcheber 2006).

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L'estuaire est une zone de transition où le mélange entre les eaux marines et les eaux douces se fait plus ou moins bien. Dans le cas de la Gironde, ce phénomène de mélange crée une zone naturelle d’accumulation de 4 à 5 millions de tonnes de matières en suspension (MES) comprenant une zone de turbidité maximale appelée « bouchon vaseux ». Le temps de résidence de l’eau dans l’estuaire varie entre 20 à 90 jours, et selon la saison de 18 à 24 mois pour les MES.

Le cas du bouchon vaseux du système estuarien

A l'échelle saisonnière, le bouchon vaseux migre dans l'estuaire selon les variations du régime fluvial et par le basculement amont-aval des dépôts de vase (Sottolichio et Castaing, 1999). Au niveau du bouchon vaseux, la charge en sédiments fins est en moyenne de 10 g/L. En période d'étiage, le noyau le plus turbide est centré en amont du bec d’Ambès. Au fil des ans, sa tendance à stagner de manière plus prononcée vers l'amont du système s'accentue (Castaing and Etcheber 2006; Sottolichio and Castaing 1999).

Au niveau de la Garonne et de la Dordogne, dès que leurs débits respectifs deviennent inférieurs à 250 m3_{/s et 125 m}3_{/s, la turbidité augmente d'une part au niveau de Bordeaux et d'autre part au}

niveau de Libourne (Mathy 2006). L'étendue du noyau du bouchon vaseux serait alors d'environ 15 à 20 km. En période de débits moyens, le noyau turbide est centré sur la région des îles de l'estuaire. Les concentrations sont alors plus élevées qu’en période d'étiage, et, d’une façon générale, le bouchon vaseux est moins étendu longitudinalement dans l’estuaire.

C’est uniquement lorsqu’il y a conjonction de crues exceptionnelles9 et de forts coefficients de marée que le noyau peut être expulsé vers l’océan mais la turbidité reste cependant élevée dans le reste de l’estuaire (Castaing 1981) (Figure 5).

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A l'échelle de la marée, lors de l’étale de basse et haute mer, période où les courants sont les plus faibles, les particules sédimentent et donnent lieu à la formation de crème de vase. Les concentrations en MES peuvent alors atteindre 100 à 300 g/L. Au niveau de Bordeaux, lors des marées de vives eaux, les concentrations en MES près du fond sont les plus fortes au moment du flot (environ 400g/L) et les plus faibles au moment du jusant (environ 20 g/L) (Mathy 2006).

1.2. Qualité du milieu

1.2.1. La qualité des habitats

L’urbanisme exerce un impact important sur le milieu et la qualité physico-chimique des eaux. Les cinq principales agglomérations du bassin se situent le long des deux fleuves. Les trois plus grandes agglomérations (Bordeaux, Agen et Toulouse) dont les populations sont en expansion se trouvent sur l’axe Garonne, Toulouse et Bordeaux réunissant environ 740.000 habitants chacune. Les villes de Bergerac et de Périgueux, de dimensions plus modestes, regroupent 26 000 et 70 000 habitants en bordure de Dordogne et de l'Isle.

Globalement, l’Agence de l’Eau Adour-Garonne juge satisfaisante l’aptitude de l’eau du bassin Gironde Garonne Dordogne à satisfaire les usages par l’homme (production d’eau potable, loisirs et sports aquatiques, irrigation, abreuvage des animaux, pisciculture) ainsi que le développement harmonieux de la flore et de la faune aquatique.

Les zones amont des axes semblent relativement préservées. Le bassin est influencé par des pollutions générées localement et provenant des parties moyennes à basse des axes. La qualité des eaux de la Dordogne est ainsi jugée bonne à très bonne dans le département du Lot. Elle se dégrade en période de pluie en raison de pollutions domestiques et industrielles apportées par certains de ses affluents dont la Cère. La traversée du département de la Dordogne amène un léger enrichissement en nitrates. La rivière Garonne apparaît plus impactée que la rivière Dordogne. Entre Toulouse et Bordeaux, la qualité de l’eau de la Garonne est influencée par les rejets domestiques et industriels des agglomérations (pollution organique et azotée) ainsi que par les confluents. Ces derniers apportent des nitrates (agriculture). Le bassin du Lot génère aussi une pollution chronique polymétallique venant des résidus des mines. La qualité reste encore médiocre en aval de Bordeaux et ce jusqu’à l’océan.

L’estuaire de la Gironde reste encore peu industrialisé. Jusqu’à la fin du XXème siècle, il était considéré comme un des estuaires les moins pollués d’Europe. Des études récentes amènent à moduler fortement cette appréciation. En effet, une forte imprégnation en polychlorobiphényles (PCB) des anguilles de l’estuaire de la Gironde dès les premières classes d’âges est observée. Il ressort pour les anguilles de l’estuaire de la Gironde mais aussi des bassins versants Dordogne et Garonne un niveau de contamination en PCB remarquable par rapport aux autres sites français et européens (Tapie et al. 2006). Ceci est la résultante d’une pollution chronique diffuse, du fonctionnement particulier de l’estuaire et de la bioaccumulation via la chaine alimentaire.

Au niveau des métaux lourds, des concentrations élevées de cuivre et de cadmium ont été observés dans les reins et le foie de certains poissons (anguille, mulet Liza ramada, flet Platichthys flesus). Les espèces les plus contaminées parmi celles étudiées10 sont caractérisées par une longue durée de résidence dans l'estuaire entre 3,5 et 14 ans. Comparées à d’autres estuaires (Seine, France; Mersey, Royaume-Uni ; Guadalquivir, Espagne) la bioaccumulation atteint des niveaux plus élevés dans l'estuaire de la Gironde (Durrieu et al. 2005).

10 _{Les lamproies ne font pas partie des espèces étudiées}

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Le cas des micropolluants minéraux

Le bassin de la Garonne est fortement marqué par la présence de métaux.

La contamination de l’eau et des sédiments sont le résultat de pollutions d’origines industrielle et agricole. Elle résulte aussi des caractéristiques géologiques du bassin. La présence de gisements métallifères dans le Massif Central et les Pyrénées, d’industries du cuir, d’activités minières, métallurgiques et de traitements de surfaces, contribue à la contamination métallique des eaux du bassin, notamment sur le Lot, l’Aveyron, l’Agout et le Tarn (Anonyme 1999) (Figure 6). Ainsi, 55% des stations RNB sont rangées parmi les classes de qualité de l’eau médiocre à mauvaise en métaux.

Le bassin du Riou Mort a été identifié comme étant à l'origine de l'importante pollution historique polymétallique du bassin de la Gironde en Cadmium et Zinc (Figure 6). Il draine les rejets miniers de

l'usine de Vieille-Montagne située dans la région industrielle de Decazeville, dont l'activité minière et de raffinage de minerais de Zinc remonte à 1840. D’après le RNDE (Anonyme 1999) la mise en place de traitements des rejets et des eaux provenant des anciens dépôts de terrils a conduit à une réduction importante des apports d’origine industrielle.

Le linéaire Lot aval - Garonne - Gironde est aussi touché par une pollution au mercure. Les

concentrations et les flux en mercure sont étroitement liés aux variations hydrologiques du bassin du Riou Mort et aux dragages qui ont eu lieu dans son lit en 2000 et 2001 dans le cadre du traitement des anciennes mines de ce sous-bassin (Schäfer et al. 2006). Bien que le total estimé des quantités de mercure (Hg) rejeté soit relativement faible par rapport à d'autres estuaires français (Seine, Rhin), les taux de méthylation sont plus élevés du fait de l'abondance de la phase particulaire, de la sous-oxygénation de la colonne d'eau au cours de la période estivale, du dragage du chenal de navigation et du séjour élevé de l'eau dans l'estuaire (Tseng et al. 2001). CemOA : archive ouverte d'Irstea / Cemagref

1.2.2. Les besoins en eau

Pompages

A l'échelle du bassin les prélèvements consommateurs d'eau (sans restitution) correspondent, d'après l’Agence de l’Eau Adour Garonne, aux besoins suivants :

ƒ agricoles (650 millions de m3 ou Mm3 par an) ƒ de production d’eau potable (450 Mm3 par an) ƒ industriels (530 Mm3 par an)

Le bassin Gironde Garonne Dordogne a une vocation agricole affirmée (cultures et élevages) caractérisée par une forte demande en eau pour les besoins de l’irrigation (40% des surfaces irriguées françaises). En saison d’étiage la situation devient limitante dans de nombreux cours d’eau. Dans la région Midi-Pyrénées, plus de 80% de la consommation de l'eau est d'origine agricole.

L'axe Garonne est très urbanisé, avec un peu plus d'un million d'habitants. Dans l'implantation des grandes agglomérations (Toulouse, Bordeaux et Agen) cette population est en expansion. En période d'étiage, ce cours d'eau est particulièrement sollicité. La pression des usages peut aggraver un déficit naturel dû à de faibles précipitations de la mi-juillet à la mi-septembre. Les derniers étiages sévères pour le fleuve ont été observés en 1986, 1989/90/91, 2003 et 2006. Ils sont accentués en été par la faiblesse des débits des affluents notamment, le Tarn. Les rivières Tarn, Aveyron et Lot représentent 60% du débit de la Garonne en été. Ce fleuve est prioritaire dans la reconstitution de ses débits d'objectif d'étiage ou DOE instaurés par le SDAGE11 _Adour

Garonne1996 pour un bon fonctionnement de l'écosystème. Les DOE sont de 100m3/s à Tonneins et de 48/52 m3_{/s à Portet (Toulouse).}

La centrale de Golfech en bordure de Garonne fonctionne en circuit fermé avec aéroréfrigérants par voie humide. Son prélèvement en eau dans ce fleuve est de l’ordre de 6 m3_.s-1 _{dont 4 à 5 m}3_.s-1 _sont

restitués au milieu aquatique, un tiers de cette eau étant évaporé par les deux tours réfrigérantes. Cette centrale consomme donc par évaporation 40 millions de m3 _{d’eau de la Garonne.}

Au niveau estuarien, le centre de production nucléaire du Blayais, situé en rive droite de l'estuaire (vers PK 50) possède un système de son refroidissement en circuit ouvert. Il effectue un pompage d'eau conséquent mais non consommateur. En effet, l'eau de l'estuaire pompée (4 tranches en fonctionnement = 168 m3_.s-1 _{) grâce à deux prises d'eau situées à 400 m de la rive}12_{, après avoir été}

filtrée et réchauffée, est restituée à plus de 2 km de la rive en milieu de lit. Les eaux de décolmatage des filtres sont rejetées en berge.

Hydroélectricité

Les installations hydroélectriques les plus importantes sont situées dans les hauts bassins du Massif Central et des Pyrénées (Dordogne, Truyère, Agout, Ariège, Nestes) et sur les grands cours d’eau (Garonne, Lot, Tarn, Dordogne) (Figure 7).

Sur la Garonne et l'Ariège, l'aménagement hydroélectrique représente un volume stocké de 346 millions de m3. Sur le Tarn, les stockages représentent 310 Mm3 et 650 Mm3 sur le Lot (Anonyme 2003). Il existe 44 barrages sur l'ensemble du bassin dont 29 centrales sur la Garonne. La densité des barrages est forte dans le secteur pyrénéen. Sur les premiers 125 km de la Garonne, à partir de sa source, il existe 20 barrages hydroélectriques.

11 _{Schéma Directeur d’Aménagement et de Gestion des Eaux}

12

Soit 5,3 milliards de m3 _{par an}

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Figure 7 : Densité des aménagements hydroélectriques sur le bassin de la Garonne et de la Dordogne en 2007 (tiré du Comité de Bassin Adour-Garonne 2008 / SDAGE 2010 en projet)

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Des accords, avec EDF, permettent de garantir un soutien d'étiage sur la Garonne amont et sur la moyenne Garonne.

Le barrage le plus aval est celui du complexe « Malause-Golfech ». L'usine de Golfech est équipée d’un ascenseur à poissons depuis 1987. Les deux autres barrages en amont sont le Bazacle et le Ramier. Ils sont équipées depuis 1989 de passes à poissons à bassins successifs.

La Dordogne a commencé à être aménagée pour la production d'hydroélectricité dès 1853. Depuis 1932, ce fleuve n'a plus un régime hydrologique naturel. Cinq grands barrages répartis sur la partie amont (Bort les Orgues, Marèges, l’Aigle, Sablier, Chastang) régulent le niveau de la Dordogne tout en assurant une production hydro-électrique. Désormais le volume stocké total de son bassin est de 1.2 milliards de m3. La Dordogne et ses affluents amont sont très fortement soumis aux variations brusques de débits résultant des éclusées de certaines retenues hydroélectriques. Sur la partie médiane, les barrages de plus faible capacité sont équipés depuis 20 ans de passes à poissons à bassins successifs. Sur 30 km, de l’amont vers l’aval, la chute de Mauzac est suivie par celle de Tuilières à 10 km, puis par celle de Bergerac à 20 km (Figure 8).

En dehors des deux grands axes Garonne et Dordogne, il existe aussi de nombreuses microcentrales répartis sur les axes secondaires. Par exemple, sur les 208 seuils recensés sur les axes Isle et Dronne, 48 sont équipés de turbines pour l’hydroélectricité.

1.3. Les pêcheries de lamproie marine

La lamproie marine est la seule espèce de lamproies concernée par la « lamproie à la bordelaise », préparation culinaire de choix très régionale. L’engouement pour cette recette depuis la fin des années 1970 assure des débouchés financiers aux pêcheries du bassin. La pêche de la lamproie marine est plus importante en Dordogne comparée à celle existant en Garonne.

Les lamproies fluviatiles ne sont plus l’objet de pêcheries ciblées depuis les années 1960. Leur capture accidentelle est devenue rare. Elle peut se produire encore dans la partie basse des cours d’eau durant la pêche aux bourgnes de la lamproie marine, entre les mois de décembre et mars.

1.3.1. Description

La période de pêche se calque sur la période de migration anadrome de la lamproie marine qui s'étale du mois de novembre d'une année au mois de mai de l'année suivante. La pêche de la lamproie marine se déroule de décembre à mi-mai sur la Garonne et la Dordogne.

Les pêcheurs professionnels utilisent deux engins différents, qui définissent 2 métiers différents : - la pêche au filet tramail sur tout le bassin de la Gironde ;

- la pêche aux nasses13, sur la Garonne (zone 9) et sur la Dordogne-Isle (zone 12) (Figure 9).

La limite de salure des eaux délimite en aval l'Estuaire et en amont la zone mixte fluviale de Garonne, Dordogne-Isle (Figure 9).

En 2007, les pêcheurs professionnels qui pratiquent la pêche de la lamproie sont au nombre de 133 sur le bassin de la Gironde, dont 23 sur l'Estuaire et 109 sur la zone mixte fluviale de Garonne et Dordogne-Isle. 151 licences "Filet ", et 411 licences "Petite Pêche" permettent aux amateurs de pêcher respectivement au filet et aux nasses sur la zone mixte fluviale Garonne, Dordogne-Isle.

13

nom local : bourgne

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Figure 9 : Carte du bassin de la Gironde, zones de pêche (2 à 6 axe estuaire - 7 à 9 axe Garonne - 10 à 13 axes Dordogne & Isle) – 1= Océan Atlantique

1.3.2. La pêche au filet

La réglementation autorise les pêcheurs fluviaux à utiliser des filets tramail d'une longueur qui ne doit pas excéder les deux tiers du lit mouillé. Pour les professionnels fluviaux, la longueur maximale du filet est de 800 m en Estuaire et de 180 m en zone mixte fluviale. Les amateurs aux filets et aux engins peuvent utiliser un filet d’une longueur de 60 m en zone mixte fluviale. Dans ce secteur, la hauteur du filet ne peut excéder 6 m (professionnels et amateurs).

Il s’agit de filets tramails de surface et de fond de type "tyrole" à maille étirée (nappe centrale) de 64 à 72 mm. Les filets utilisés lors des pêches d'étale (basse ou pleine mer) sont en nylon monofilament alors que les filets utilisés lors des pêches de flot ou de jusant sont en nylon multifilament qui confère au filet une solidité plus grande.

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1.3.4. Mesures techniques

Les périodes d’ouverture de la pêche des lamproies migratrices se définissent comme il suit : PÊCHE EN MARITIME

Engins, filets du 1er janvier au 15 juin et du 1er décembre au 31 décembre à toute heure

PÊCHE EN EAU DOUCE

1ère catégorie Lignes Interdiction totale

2ème _{catégorie Lignes Interdiction totale ou sans objet}

Engins, filets Spécificités départementales

1.4. Aspects réglementaires

1.4.1. Mesures de protection des espèces et de conservation des habitats

Mesure européenne

Au titre de la Directive 92/43/CEE (Annexe II) les lamproies migratrices amphihalines P. marinus et L. fluviatilis font partie des espèces prioritaires d’intérêt communautaire 14. Leur conservation nécessite la désignation de Zones Spéciales de Conservation (ZSC). Les mesures à prendre doivent concerner à la fois les zones de reproduction, les zones de nourrissage ainsi que les couloirs éventuels de migration.

La lamproie marine est listée en Aquitaine, en Midi-Pyrénées et en Limousin au niveau des axes suivants : la Gironde, la Garonne, l'Ariège, l'Hers, le Salat, la Pique et la Neste, la Dordogne, une partie des vallées de l'Isle et de la Dronne (Figure 10 ;Tableau 1).

Cas de l'espèce P. marinus Cas de l'espèce L. fluviatilis

site remarquable pour cette espèce site très important pour cette espèce site important pour cette espèce

Figure 10: Localisation des Sites Natura 2000 sur le bassin Gironde Garonne Dordogne pour les lamproies migratrices d'après le site de la DIREN - http://natura2000.environnement.gouv.fr/especes/IDX6.html ;

http://natura2000.environnement.gouv.fr/especes/1099.html ; http://natura2000.environnement.gouv.fr/sites/FR7200660.html

14

C'est le cas aussi de L. planeri espèce non migratrice

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La lamproie fluviatile est intégrée en Aquitaine au niveau des axes suivants : la Gironde, la Garonne, la Dordogne, une partie de la vallée de l'Isle et la Vézère (Figure 10 ; Tableau 1).

Tableau 1 : Description des Sites Natura 2000 sur le bassin Gironde Garonne Dordogne pour les lamproies migratrices d'après le site de la DIREN - http://natura2000.environnement.gouv.fr/especes/IDX6.html ;

http://natura2000.environnement.gouv.fr/especes/1099.html ; http://natura2000.environnement.gouv.fr/sites/FR7200660.html

Nom du site N° de site Département(s) P. marinus code _{L. fluviatilis} code

Dordogne FR7200660 24, 33 A - R 1 C - R 1

Vallée de l'isle de Périgueux à sa confluence avec la Dordogne FR7200661 24, 33 C - R 2 C - R 2 Vallée de la Dronne de Brantome à sa confluence avec l'Isle FR7200662 24, 33 C - R 3

_-

-

_{- -}

- -

Garonne, Ariège, Hers, Salat,

Pique et Neste FR7301822 09, 31, 65, 82 C 9

- -

A : site remarquable pour cette espèce (15 à 100%) B : site très important pour cette espèce (2 à 15%) C : site important pour cette espèce (inférieur à 2%) il s'agit de population relative : taille et densité de la population de l'espèce présente sur le site par rapport aux populations présentes sur le territoire national (en %).

R : reproduction E : étape migratoire - 1 à 9 codes d'affectation sur la carte D Aucune prise en considération de la présence de L. fluviatilis n’apparait pour la Dronne.

Le tronçon de ce cours d’eau mérite pourtant une prise en considération Natura 2000 de types C (site important) et R (reproduction) pour cette espèce.

Mesures françaises

L'arrêté ministériel du 08/12/1988, pris en application de la Loi du 10 juillet 1976, fixe la liste des

espèces de poissons protégés sur l'ensemble du territoire national. Cette liste comprend notamment la lamproie marine et la lamproie fluviatile.

Ce dispositif permet aux Préfets d’arrêter, sur les secteurs concernés, les mesures tendant à favoriser la conservation du biotope si ces derniers sont nécessaires à l’alimentation, la reproduction, au repos ou à la survie des espèces protégées ; ceci afin de prévenir leur disparition. Est concerné par les

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caractéristique de leurs frayères est définie comme il suit :

espèces de poissons caractéristiques de la granulométrie _{du substrat minéral des frayères} fraction granulométrique _{(diamètre en mm)}

Petromyzon marinus : lamproie marine. Graviers, petits galets, gros galets. 5-200

Lampetra fluviatilis : lamproie de rivière. Graviers, petits galets. 2-60

Lampetra planeri : lamproie de Planer. Sables grossiers, graviers. 1-50

L’Article R436-18 du Code de l’Environnement précise pour la lamproie fluviatile et la lamproie

marine que si leur longueur est inférieure respectivement à 0,20 m et 0,40 mètre, elles ne peuvent être pêchées et doivent être remis à l'eau immédiatement après leur capture.

1.4.2. Mesures de restauration des cours d’eau et de libre circulation

La loi sur l’eau et les milieux aquatiques (LEMA) du 30 décembre 2006 rénove les critères de classement des cours d’eau en les adaptant aux exigences de la directive cadre sur l’eau. De nouveaux classements doivent être arrêtés par les préfets coordonnateurs de bassin sur la base des propositions des préfets de département.

Le délai ultime pour procéder à la première refonte des classements est le 1er janvier 2014, date à laquelle les classements actuels au titre de la loi de 1919 ou de l’article L. 432-6 du code de l’environnement deviendront automatiquement caduques.

Avant la LEMA de 2006, les classements au titre de l’article L432-6 du Code de l'Environnement donnaient obligation de réaliser des dispositifs de franchissement pour les poissons migrateurs, sur des cours d’eau qui correspondaient à des parcours de migration classés par arrêté ministériel. Les ouvrages existants devaient être mis en conformité dans un délai de 5 ans après la publication de la liste, fixée par arrêté, des espèces concernées. L'arrêté du 21 août 1989 fixait la liste des espèces migratrices. Les lamproies marine et fluviatile y sont concernées au niveau de la Garonne et de la Dordogne. Les limites vont de la limite de salure des eaux jusqu'à l'aval du barrage de Carbonne sur la Garonne et du barrage du Sablier sur la Dordogne (Figure 11).

Un second classement définissait des « cours d’eau réservés » au titre de l’article 2 de la loi de 1919 sur l’utilisation de l’énergie hydraulique. Il prévoyait, sur certains cours d’eau ou sections de cours dont la liste était fixée par décret en Conseil d’Etat, qu’aucune autorisation ou concession ne serait donnée pour des entreprises hydrauliques nouvelles.

La liste établie au titre du 1° de l’article L. 214-17-I du code de l’environnement

Cette liste doit être établie parmi les cours d’eau qui répondent au moins à l’un des 3 critères : – ceux en très bon état écologique ;

– ceux qui jouent un rôle de réservoirs biologiques15 nécessaire au maintien ou à l’atteinte du bon état écologique des cours d’eau d’un bassin versant, identifiés par les SDAGE ;

– ceux qui nécessitent une protection complète des poissons migrateurs amphihalins.

La liste à établir au titre du 2° de l’article L. 214-17-I du code de l’environnement

Cette liste est établie pour les cours d’eau pour lesquels il est nécessaire d’assurer le transport suffisant des sédiments et la circulation des poissons migrateurs (amphihalins ou non). Tout ouvrage doit y être géré, entretenu et équipé selon des règles définies par l’autorité administrative, en

15 _{L’article R. 214-108 définit les réservoirs biologiques comme " les cours d’eau, parties de cours d’eau ou canaux qui}

jouent le rôle de réservoir biologique au sens du 1° du I de l’article L. 214-17 sont ceux qui comprennent une ou plusieurs zones de reproduction ou d’habitat des espèces de phytoplanctons, … ou d’ichtyofaune, et permettent leur répartition dans un ou plusieurs cours d’eau du bassin versant.

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concertation avec le propriétaire ou, à défaut, l’exploitant. Ces obligations s’appliquent au plus tard dans les 5 ans après la publication de la liste et doivent conduire à des résultats réels d’amélioration du transport des sédiments ou de la circulation des migrateurs. Elles peuvent concerner des mesures structurelles (construction de passe à poisson, ...) ou de gestion (ouverture régulière des vannes, …).

Limites de validité des anciens classements

Les obligations des anciens classements sont encore valides jusqu’à la date de publication de la liste établie au titre du 1° de l’article L. 214-17-I ou jusqu’à 5 ans après la publication de la liste établie au titre du 2° de l’article L. 214-17-I. Elles disparaissent au plus tard le 1er janvier 2014 par la suppression du cinquième alinéa de la loi du 16 octobre 1919 et par l’abrogation de l’article L. 432-6 du code de l’environnement. L’article 432-6 du décret n° 2007-17432-60 prévoit explicitement la suppression des listes issues de la loi de 1919 et de l’article L. 432-6 au plus tard le 1er janvier 2014 par abrogation des articles R. 432-3 et D. 432-4 et de leurs annexes

Classement au titre du franchissement des migrateurs (tronçons entre traits rouge)

Protection par arrêté de biotope

lamproies marine et fluviatile lamproie marine lamproie fluviatile

a limite départementale Gironde Dordogne b barrage du Sablier

c limite ancienne zone mixte de Casseuil d barrage de Golfech

e Toulouse

f limite départementale Tarn-et-Garonne Tarn

Figure 11 : Cours d'eau des bassins Garonne Dordogne concernés réglementairement par les lamproies marine et fluviatile

1.4.3. Mesures complémentaires

Plans de gestion des poissons migrateurs

Les plans de gestion des poissons migrateurs sont élaborés par les COmités de GEstion des POissons MIgrateurs COGEPOMI (décret « amphihalin » du 16 février 1994).

Le premier plan de gestion du bassin Garonne, Dordogne, Charente, Seudre, Leyre, a fixé un cadre unique pour la gestion des poissons migrateurs sur l’ensemble des eaux continentales du bassin et

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Schéma Directeur d’Aménagement et de Gestion des Eaux

Le Schéma Directeur d’Aménagement et de Gestion des Eaux (SDAGE) Adour-Garonne, approuvé le 6 août 1996 a désigné des axes prioritaires dits «Axes bleus » (mesure A22). Le SDAGE a permis de confirmer les priorités de la politique de restauration des « grands » migrateurs dans le prolongement du Contrat Retour aux Sources 1991 (Ministère de l’Environnement / CSP).

Ils sont répertoriés en 3 listes (Figure 12) :

− axes bleus principaux (liste 1) : programmes Migrateurs achevés en 2006 − axes bleus (liste 2) : programmes de restauration à engager

− axes bleus (liste 3) : potentiellement pressentis pour une étude des potentialités. Les Axes bleus intègre la lamproie mais il s’agit uniquement du cas de la lamproie marine.

La lamproie fluviatile se range aussi parmi les grands migrateurs amphihalins. Elle doit être prise en considération même si de nombreuses inconnues persistent sur l’état de ses stocks et des pressions qu’elle subit.

Un projet de SDAGE 2010/2015 est en cours. Il s’appuie sur le Code de l’Environnement et la Loi sur l’Eau et les Milieux Aquatiques du 30 décembre 2006 (LEMA). Il met en oeuvre la Directive-Cadre européenne sur l’Eau de décembre 2000 (DCE) en intégrant le premier plan de gestion de 6 ans (2010/2015) que la DCE préconise pour atteindre le bon état des eaux.

Les mesures de préservation et de restauration au titre des poissons grands migrateurs amphihalins ciblent uniquement le cas de l’anguille. Elles définissent les axes sur lesquels des priorités d’actions sont à établir selon deux listes A et B dans lesquels la continuité écologique constitue un enjeu majeur. Les objectifs de restauration de la libre circulation portent prioritairement sur les cours d’eau de la liste A (Figure 12).

ancien SDAGE approuvé en 1996 SDAGE en projet pour 2010

Priorités 1 _____ (programmes migrateurs à achever en 2006 ou suivi de populations) - Priorités 2 _ _ _ (axes à restaurer en priorité – extension de programme) - Zone en grisé : études des potentialités piscicoles à engager

Tronçons de cours d'eau à enjeux pour l’anguille classés dans les :

Liste A (prioritaire) _____ Liste B _____

Figure 12 : SDAGES et axes prioritaires de préservation et de restauration des poissons grands migrateurs amphihalins du bassin Gironde Garonne Dordogne

Arrêté du 12 février 1982

Selon l’article 1er _{de cet arrêté, il est interdit sur tout le territoire national et en tout temps de}

détruire ou d’enlever sciemment les œufs de P. marinus et L. fluviatilis sur leurs zones de frai.

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Tableau 2 : Bilan des espèces et pressions en 2008 selon le COGEPOMI Garonne Dordogne Charente Seudre et Leyre Bilans partiels par espèce au niveau des stocks et des pressions

Etat Tendance Etat Tendance Habitats essentiels (frayères, nourriceries …)

Répartition de l'espèce dans le bassin ? Æ ? ?

Niveaux de fréquentation Æ ? ?

Potentialité du stock reproducteur (hors état sanitaire) Æ ? ?

Niveau de recrutement ? ? ? ?

Dynamique du stock (équilibre des cohortes) ? ? ? ?

Efficacité de la reproduction ? ? ? ?

Caractéristiques sanitaires ? ? ? ?

Bilan partiel du stock par espèce Æ ? ?

Pression par pêche de loisir aux lignes s. obj s. obj s. obj s. obj Pression par pêche amateurs aux engins et filets Æ ? ?

Pression par pêche professionnels Æ ? ?

Pression par pêche illégale ? Æ ? ?

Obstacle à la migration Æ ? Æ

Mortalités à la dévalaison ? Æ ? Æ

Pression en mer ? ? ? ?

Qualité des eaux et milieux Æ Æ

Altérations physiques ? ? ? ?

Modification du régime hydraulique des cours d'eau Æ Æ Bilan partiel des pressions par espèce Æ ? ?

Légende :

Etat Tendance

Satisfaisant Stabilité Æ

Préoccupant Inconnue ?

Méconnu ?

sans objet s. obj non renseigné*

Lamproie

marine

Lamproie

fluviatile

Synthèse des bilans partiels

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2. CONNAISSANCE DE L'ETAT DES POPULATIONS DU BASSIN

2.1. Capacités de montaison et front de colonisation

Les distances maximales parcourues et connues en milieu continental européen, par les lamproies migratrices adultes, peuvent atteindre plusieurs centaines de kilomètres. Les maximum sont actuellement d'environ 700 km pour la lamproie marine (Loire) (http://www.logrami.fr/) et de plus de 300 km pour la lamproie fluviatile (Rhin) (http://www.saumon-rhin.com/site.html) (Tableau 3). Avant l'aménagement des grands barrages sur le Rhin (XIXème s.) la montaison était Bâle pour la lamproie marine avec 850 km parcourus (Holcik 1986) et le plateau de Neuchâtel en Suisse pour la lamproie fluviatile avec 900 km atteints (altitude 400 m) (Zaugg et al. 2003) ce qui confère, sans aucun doute, à cette dernière espèce, le titre de grand migrateur.

Tableau 3 : Comparaison des positions maximales des fronts de colonisation des lamproies migratrices dans le bassin Gironde Garonne Dordogne (GGD) et dans d'autres bassins français

P. marinus L. fluviatilis

Distance maximale

à la mer GGD Garonne Dordogne : 400 km : 400 km Dordogne : 230 km Garonne : 250 km France Loire : 700 km Rhin : 335 km

Loire : 270 km Altitude maximale GGD Garonne : 160 m

Dordogne : 180 m Vézère : 165 m

Garonne : 50 m Dordogne : 30 m France Loire : 250 m Loire : 45 m

Dans le bassin de la Gironde, jusqu'au début des années 1980, les tronçons de la Dordogne et de la Garonne accessibles aux lamproies et poissons migrateurs avaient respectivement pour limites non naturelles amont le barrage de Bergerac (à 230 km) et le barrage de Golfech (à 270 km). Toute une série d'ouvrages de franchissement a été réalisée sur ce bassin par la suite. Les grands axes de migration ont été calibrés pour le passage de la grande alose, espèce la plus exigeante en matière de franchissement. Les aménagements les plus aval sur la Dordogne sont les passes à poissons de Bergerac, de Mauzac et l’ascenseur à poissons de Tuilières réalisés en 1985, 1990 et 1987. Sur la Garonne, l’ascenseur à poissons de Golfech et les passes à poissons du Bazacle et du Ramier ont été construites en 1987, 1989 et 1987.

Le front de colonisation dont il est question dans la Figure 13 indique la possibilité actuelle de la montaison d'une partie du stock de chacune des deux espèces de lamproies migratrices mais n'informe en aucune manière sur une répartition de l'abondance.

En 2008, le front de colonisation des lamproies migratrices est le suivant:

- la lamproie fluviatile reste en aval des premiers obstacles même équipés en franchissement

ƒ dans les axes principaux cela correspond au barrage de Bergerac sur la Dordogne et au barrage de Beauregard sur la Garonne

ƒ dans les axes secondaires : le front de colonisation 2008 se situe aux barrages de Laubardemont sur l'Isle et Monfourat sur la Dronne

- la lamproie marine parvient à gagner le pied des grands obstacles infranchissables des parties hautes du bassin. Sur la Garonne, la lamproie marine est observée au niveau de la station de Carbonne et migre également sur la basse et moyenne Ariège. Certains individus de cette espèce sont capables de dépasser au moins 9 obstacles répartis sur la basse Dordogne, la Vézère et la Corrèze en empruntant les ouvrages de franchissement.

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