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Élaboration d’une méthodologie d’analyses bio-informatiques pour des données de séquençage Illumina dans un contexte de metabarcoding

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Academic year: 2021

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Tableau 1 : Résumé des différentes technologies de séquençage haut débit (Besser, Carleton, Gerner- Gerner-Smidt, Lindsey, & Trees, 2018)
Tableau 2 : Résumé des coûts et temps de traitements des différentes technologies de séquençage haut débit (Bleidorn, 2016)
Figure 2 : Amorce spécifique aux organismes fongiques (Nelsen, 2008)
Tableau 3 : Tableau des bases dégénérées selon la nomenclature de l’IUPAC (modifié par Patrick Gagné afin d’inclure la notation I et X) (bioinformatics.org)
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Programmation distribuée (architecture à mémoire distribuée) Traitements spécifiques pour les champignons et les insectes Comparaison avec d’autres programmes Efficacité mémoire vive Remplacement des OTUs par les Exact Sequence Variant (ESV)

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