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Spectrométrie de masse MALDI-TOF en bactériologie clinique ou comment identifier une bactérie en une minute

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Academic year: 2021

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Texte intégral

(1)
(2)

Collection de

Collection de l’échantillon

l’échantillon

Analyse

Analyse de

de

l’échantillon

l’échantillon:

:

Prise

Prise en charge

en charge

optimale

optimale du

du

patient

patient

l’échantillon

l’échantillon:

:

présence

présence de

de

pathogènes

pathogènes

Identification

Identification

patient

patient

Le plus rapide et le

moins coûteux possible!!

Sensibilité

Sensibilité aux

aux antibiotiques

antibiotiques

!!! Dialogue

(3)

Unique évolution au cours

des années:

Automatisation et

miniaturisation

(4)
(5)
(6)
(7)
(8)

1. Différence de

1. Différence de

potentiel

2. Séparation dans le

tube de vol

(9)

Escherichia coli

Hafnia alvei

Détection de larges molécules comme des protéines (1000 – 300000 Da)

3000 5000 7000 m/z 9000 11000 13000 Hafnia alvei Leclercia adecarboxylata Klebsiella pneumoniae Proteus mirabilis Enterobacter aerogenes

(10)

Possibilité d’enrichir la base de données

!!! Attention: Mauvaise discrimination des bactéries aux profils protéiques

similaires

(11)

1. Dépôt direct sur la cible

2. Ajout de la matrice

(12)
(13)

* Joan Barenfanger et al, Decreased mortality associated with prompt Gram staining of blood cultures , Am J Clin Pathol 2008;130:870-876

(14)

* Rapid identification and typing of listeria species by matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry. Apll Environ Microbiol, 2008, 74, 5402-5407

* Rapid discrimination of Legionella by matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight mass spectrometry. Microbiol Res, 2010, Mar 25

(15)
(16)

Groupe bactérien

Nombre de

souches testées

Identifications

acceptées selon

l’algorithme (%)

Entérobactéries

541

98,7

Entérobactéries

541

98,7

Non fermentants

207

95,6

Staphylocoques

83

97,5

Streptocoques

110

89

Haemophilus /

Moraxella

42

97,6

Neisseria sp.

4

100

Campylobacter sp.

5

100

Anaérobies

21

95,2

TOTAL

1013

96,7

(17)
(18)

MALDI-TOF MS

Identifications

phénotypiques par

caractères

biochimiques

Biologie

moléculaire

Dépôt direct Extraction

Comparaison spectrométrie de masse MALDI-TOF

vs

autres méthodes d’identification

Durée de préparation

5 minutes 20 minutes 1 à 20 minutes 60 minutes

Durée d’identification

2 minutes 2 minutes 5 à 48 heures 45 minutes à 48 heures

Coût (consommables) 0,1 €/éch 0,5 €/éch 5 €/éch 30-50 €/éch Identifications possibles Bactéries aérobies/anaérobies Levures Mycobactéries Champignons filamenteux Espèces les plus fréquentes d’intérêt

clinique

Toutes théoriquement

Compétence requise

(19)

Intranet du CHU

Hygiène hospitalière

* Decreased mortality associated with prompt Gram staining of blood cultures. Am J Clin Pathol 2008;130:870-876

(20)
(21)
(22)

Technique d’identification bactérienne

incontournable dans un laboratoire de routine

bactériologique

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