Diversit et Bioprospection Des Mycobiontes Endophytes Associees Aux Phytotaxons

Texte intégral

(1)REPUBLIQUE ALGERIENNE DEMOCRATIQUE ET POPULAIRE MINISTERE DE L’ENSEIGNEMENT SUPERIEUR ET DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE. UNIVERSITÉ BATNA 1 – EL HADJ LAKHDAR INSTITUT DES SCIENCES VETERINAIRES ET DES SCIENCES AGRONOMIQUES. THESE Présentée en vue de l’obtention du diplôme de DOCTORAT EN SCIENCES AGRONOMIQUES. Option Foresterie Présentée par Mr. BENSACI Oussama Ali. THEME. DIVERSITE ET BIOPROSPECTION DES MYCOBIONTES ENDOPHYTES ASSOCIEES AUX PHYTOTAXONS CARACTERISTIQUES DES MASSIFS DE BELEZMA ET DES AURES. Devant la commission du jury constituée par: Mr BENTOUATI Abdallah: Professeur, Université Batna 1 Mr HARZALLAH Daoud: Professeur, Université Ferhat Abbas, Sétif 1 Mr DERRIDJ Arezki: Professeur, Université Mouloud Maameri, Tizi-Ouzou Mr KAABECHE Mohamed: Professeur, Université Ferhat Abbas, Sétif 1 Mme LOMBARKIA Nadia: Professeur, Université Batna 1. Année Universitaire 2015 / 2016. Président Directeur de thèse Examinateur Examinateur Examinatrice.

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Lophodermium cedrinum. <Híé×}]‚Ö]<l^è†ŞËÖ]<<<<<íéu^jË¹]<<l^Û×ÓÖ]. Résumé La mycoflore endophyte foliaire fut exhaustivement étudiée au niveau de six phytotaxons caractéristiques des massifs de Bélezma et des Aurès : le cèdre de l’Atlas (Cedrus atlantica); le genévrier oxycèdre (Juniperus oxycedrus); le chêne vert (Quercus ilex); le frêne dimorphe (Fraxinus xanthoxyloides); l’euphorbe de Nice (Euphorbia bupleuroides subsp. luteola) ainsi que l’armoise blanche (Artemisia herba-alba). 110 isolats dont 93 mycotaxons endophytes ont pu être identifiés chez les plantes-hôtes prospectées. Les anamorphes étant la forme la plus fréquemment isolée. D’autre part, une identification des mycotaxons via l’amplification et le séquençage des fragments spécifiques de l’ADNr a permis la caractérisation de 9 entités fongiques. Par ailleurs, des analyses phylogénétiques furent élaborées pour les taxons Lophodermium BCA212 (apparentée morphologiquement à L. cedrinum); Arthrinium arundinis AM262395 et Apiognomonia quercina (=Discula quercina) CBAS12 isolés respectivement des aiguilles de C. atlantica, J. oxycedrus et des feuilles de Q. ilex. Sur le plan écologique, il a été constaté que les facteurs géographiques et saisonniers déterminent largement l’ampleur de l’infection et la structure spécifique des champignons endophytes. D’autre part, la bioprospection du taxon L. cedrinum nous a démontré que certains traits étiologiques, morphologiques et physiologiques marquant ses formes asymptomatiques et symptomatiques peuvent nous renseigner sur le statut phytosanitaire des cédraies étudiées du massif de Bélezma tout en considérant l’effet seul ou combiné de l’état physiologique de l’aiguille, le substrat ainsi que le site prospecté. Enfin, un cycle hypothétique de la maladie du rouge cryptogamique induite par ce champignon sur le cèdre de l’Atlas révéla un possible shift du comportement trophique de cet agent causal, témoignant une perturbation des stations forestières à cèdre notamment dans le massif de Bélezma. Mots-clés: champignons endophytes , Lophodermium cedrinum, Bélezma, Aurès, bioprospection.. Abstract Leaf-associatif endophytic mycoflora was exhaustively studied in key plant taxa of Bélezma and Aurès mountains: Atlas cedar (Cedrus atlantica); prickly juniper (Juniperus oxycedrus); holm oak (Quercus ilex); Algerian ash (Fraxinus xanthoxyloides) as well as the spurge of Nice (Euphorbia bupleuroides subsp. luteola) and the white wormwood Artemisia herba-alba. 110 endophyte isolates including 93 mycotaxa were identified among the prospected host plants, recording a high level of anamorphic (asexual) forms. On the other hand, identification of fungi based on by-PCR nucleic acid amplification and sequencing specific fragments of rDNA allowed the characterization of 9 fungal entities. Furthermore, phylogenetic analysis were developed for Lophodermium BCA212 (morphologically related to L. cedrinum); Arthrinium arundinis AM262395 and Apiognomonia quercina (=Discula quercina) CBAS12, isolated respectively from leaves of C. atlantica, J. oxycedrus and Q. ilex. In ecological point of view, it was found that geographical situation of sites and the seasonality factors can largely affect the extent of infection and the specific structure of endophytic fungi. Moreover, the bioprospection of L. cedrinum has shown that some etiologic, morphological and physiological traits of asymptomatic and symptomatic forms can inform us on the phytosanitary situation of Atlas cedar forests of Belezma while considering at least the combined effects of the physiological state of needles, the substrate and the survey site. Finally, a hypothetical biological cycle of the needle-cast disease caused by this fungus Atlas cedar revealed a potential shift of the feeding behavior of the causal agent, indicating a disturbance of forest stations in the especially in Belezma. Keywords: fungal endophytes, Lophodermium cedrinum, Bélezma, Aurès, bioprospection..

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