Problématique et objectifs de la thèse

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Le besoin de protéger la santé publique et la santé animale et la volonté de réduire l’impact économique des maladies infectieuses a conduit à la mise en œuvre de mesures de surveillance vis-à-vis des agents pathogènes jugés les plus dangereux. Pour une même maladie, les mesures de surveillance sont parfois multiples et assurées par plusieurs dispositifs, composant ensemble un système de surveillance (Alba et al., 2010; Rivière et al., 2014; Welby et al., 2013). Bien qu’une certaine complémentarité puisse être légitimement attendue de ces différents dispositifs, elle ne se vérifie pas toujours (World Bank, 2016). Les motivations qui président à leur mise en place peuvent être très différentes et ils ne sont pas toujours conçus de manière concertée. Lors de la création d’un nouveau dispositif, son articulation avec ceux déjà existants n’est pas systématiquement étudiée ni préparée. Il en résulte généralement un recouvrement partiel des populations surveillées, certains individus pouvant être testés plusieurs fois de manière rapprochée par plusieurs dispositifs sans réel bénéfice en termes de sensibilité de surveillance. Parallèlement, des parties entières de la population peuvent n’être couvertes par aucun dispositif, alors même que leur surveillance présenterait un intérêt.

Si les gestionnaires d’un système de surveillance se posent naturellement et régulièrement la question des moyens à mettre en œuvre pour améliorer la surveillance, cette interrogation résonne de manière particulière pour les systèmes dit complexes, c’est-à-dire « multi-dispositifs ». Le dictionnaire Larousse définit le verbe améliorer comme le fait d’ « augmenter les qualités, les capacités, le niveau de quelque chose, de quelqu’un, les rendre meilleurs ». Pour un système de surveillance, quelle est la principale qualité à améliorer ? C’est sans doute sa capacité à détecter la plus grande proportion possible de cas, que l’on pourrait appeler efficacité, ou sa capacité à détecter une grande proportion des cas à moindre coût, que l’on peut nommer efficience. Pour un système de surveillance complexe, l’efficacité et l’efficience peuvent être améliorées non seulement pour chaque dispositif mais également de manière globale à l’échelle du système. Parvenir à ce dernier objectif nécessite de développer une interconnexion entre les dispositifs.

L’interconnexion, toujours d’après le dictionnaire Larousse, est une association par connexion, elle-même définit comme l’ « action de lier par des rapports étroits », le « fait d’être lié » ou la « réunion (…) de deux machines entre elles pour se compléter ou fonctionner simultanément ». Il est intéressant de noter que ces définitions distinguent un niveau structurel, les liens étroits ou la réunion, et un niveau fonctionnel, l’action complémentaire, qui est la résultante du lien structurel. Il n’existe pas de définition de l’interconnexion propre aux systèmes de surveillance. Elle pourrait cependant se définir comme « la mutualisation des compétences, des équipes, des informations, des moyens techniques

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et financiers provenant de plusieurs dispositifs ou systèmes de surveillance dans le but d’améliorer l’efficacité et/ou l’efficience de la surveillance d’un ou plusieurs dangers sanitaires ».

Les principaux bénéfices attendus de l’interconnexion sont :

- une meilleure connaissance de la prévalence / incidence des dangers sanitaires d’une filière pour conduire à la mise en œuvre des mesures de prévention et de lutte les plus adaptées.

Cette connaissance peut aussi permettre de hiérarchiser les dangers selon leur situation sanitaire afin d’allouer au mieux les ressources humaines, matérielles et financières,

- la collaboration des acteurs d’une même filière et leur investissement collectif autour d’enjeux sanitaires,

- la mutualisation des coûts de surveillance entre différents systèmes de surveillance dans une même filière.

Si le niveau d’interconnexion entre les dispositifs composant un même système de surveillance est parfois faible, il n’existe pas à notre connaissance de méthode disponible permettant de mettre en place une telle interconnexion3. Partant de ce constat, le présent travail de thèse s’est attaché à essayer de répondre à la question suivante :

« Comment l’interconnexion des dispositifs de surveillance existants pourrait améliorer la surveillance des maladies infectieuses et comment la mettre en place ? »

Pour trouver des réponses à cette question, nous avons choisi de prendre comme support d’application trois systèmes de surveillance de maladies infectieuses équines en France, ceux de l’anémie infectieuse des équidés, de l’artérite virale équine et de la métrite contagieuse équine en France. Ces trois systèmes, qui n’avaient pas fait l’objet d’évaluation avant nos travaux, illustrent la variété des modalités de surveillance pouvant être appliquées aux maladies présentes sur un territoire. Ils comportent des dispositifs reposant en partie sur les mêmes acteurs (détenteurs, vétérinaires, laboratoires, autorités sanitaires), laissant entrevoir des possibilités d’interconnexion.

Par ailleurs, les liens croissants entre les acteurs de la filière équine autour des sujets sanitaires laisse supposer qu’ils seraient demandeurs, ou du moins favorables à une plus grande interconnexion entre dispositifs au sein de chaque système de surveillance, voire entre les différents systèmes.

3 Il existe néanmoins des guides pour la mise en place de systèmes de surveillance supranationaux, c’est-à-dire régionaux ou internationaux (WHO, 2012; WHO et CDC, 2001, 2010). Cependant ces systèmes, parfois appelés réseaux de réseaux de surveillance, n’ont pas pour but de coordonner des activités de surveillance différentes sur une même zone géographique, car chaque système composant le réseau supranational s’applique pour un pays donné. Les systèmes supranationaux ont pour mission de centraliser et de diffuser les données et d’harmoniser les méthodes de surveillance dans chaque pays, et non pas de rechercher une complémentarité entre diverses modalités de surveillance (Dufour et Hendrikx, 2011).

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Afin de répondre à notre question de recherche précitée, nous avons suivi une démarche en trois étapes. La mise en œuvre d’une interconnexion nécessite de bien connaître les dispositifs existants, leur organisation, leur fonctionnement, leurs qualités et leurs défauts. Des pistes d’interconnexion pertinentes peuvent en effet être formulées d’autant plus facilement qu’un diagnostic précis a été accompli au préalable. Comme cela a été précisé plus haut, le diagnostic gagne en intérêt et en complémentarité lorsqu’il associe une évaluation quantitative de la sensibilité à une évaluation qualitative ou semi-quantitative plus générale de la surveillance. Pour cette raison, la thèse a comporté un premier travail d’estimation de la sensibilité de la surveillance. Compte tenu du nombre de maladies et de dispositifs étudiés, mais aussi de la quantité de données disponibles, il n’était pas possible de réaliser une telle estimation pour tous les dispositifs. Pour des raisons précisées plus loin, nous avons effectué cette évaluation de la sensibilité pour le dispositif de surveillance des reproducteurs, pour l’artérite virale équine, en utilisant une méthode de capture-recapture. La deuxième étape a porté sur l’évaluation semi-quantitative des systèmes de surveillance. Elle a été conduite pour les trois systèmes (AIE, AVE, MCE) au moyen de la méthode Oasis flash. Enfin, une fois les diagnostics achevés, un travail d’identification et de hiérarchisation de pistes d’amélioration et d’interconnexion prioritaires a été mené. Il s’est fondé sur un atelier participatif réunissant une trentaine d’acteurs sanitaires et de la filière équine. Cette troisième étude a inclus une évaluation des niveaux de faisabilité, d’acceptabilité et d’impact attendu pour chaque piste envisagée.

La présentation de nos travaux s’articule autour des chapitres suivants :

- Le chapitre « Travaux personnels » correspond au fruit du travail réalisé pendant trois ans pour répondre à la question de recherche :

o sa première partie porte sur l’évaluation quantitative de la sensibilité du dispositif de surveillance de l’AVE chez les équidés reproducteurs par méthode de capture-recapture uniliste,

o une deuxième partie est consacrée à l’évaluation semi-quantitative et comparative des systèmes de surveillance de l’AIE, de l’AVE et de la MCE par la méthode Oasis flash,

o la troisième partie traite de l’identification et de la hiérarchisation des pistes d’amélioration et d’interconnexion dans le cadre d’un atelier participatif,

o la quatrième partie constitue une synthèse des travaux précédents en analysant les domaines de la surveillance ayant fait l’objet de propositions d’interconnexion, - Le chapitre « Discussion générale » aborde ensuite les avantages et inconvénients du choix

des systèmes de surveillance étudiés, ainsi que les intérêts et les limites de la démarche adoptée pour apporter des réponses à notre question de recherche. Les perspectives

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méthodologiques, de recherche et d’application de notre démarche sont également discutées,

- En conclusion, nous reprenons de façon synthétique les principaux enseignements et les perspectives de ce travail.

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Deuxième chapitre : Travaux personnels

1. Evaluation quantitative de la sensibilité du dispositif de

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