Méthodologie générale

Les échantillons sélectionnés proviennent de trois dispositifs de surveillance de la fièvre Q chez

les ruminants domestiques en France (détaillés à la fin de ce paragraphe). L’ensemble des

échantillons a été envoyé par les laboratoires vétérinaires départementaux partenaires au

laboratoire national de référence en fièvre Q animale (LNR - ANSES de Sophia Antipolis) entre

2006 et 2015. Ces échantillons ont été collectés en contexte d’avortement diagnostiqués comme

imputables à C. burnetii au regard des charges bactériennes détectées (plus de 10

GE/ml). Une

minorité d’échantillons provenant de différents suivis longitudinaux mis en place par l’INRA

en élevages de petits ruminants domestiques naturellement infectés en région

Auvergne-Rhône-Alpes a également été intégrée à l’étude.

Nous avons travaillé sur des matrices classiquement prélevées pour le diagnostic d’avortement

de la fièvre Q, à savoir : placentas, écouvillons vaginaux (pour les trois espèces de ruminants)

ou endocervicaux (pour les bovins uniquement), et organes d’avortons.

Sélection selon la charge bactérienne. Parmi tous les échantillons réceptionnés, seuls les

échantillons pour lesquels la charge bactérienne était supérieure à 5.10

GE/ml ont été conservés

pour notre étude. Le seuil ainsi choisi optimisait les chances d’obtenir un signal PCR au

moment du typage MLVA. Pour les échantillons pour lesquels l’ADN n’était pas disponible

(échantillons bruts), nous avons sélectionné uniquement les échantillons les plus fortement

chargés en bactéries selon les résultats de quantification fournis par le laboratoire d’envoi. Ces

échantillons ont donc été broyés, puis extraits et re-quantifiés par qPCR à l’ANSES de Sophia

Antipolis.

Sélection selon la localisation géographique des élevages. Nous avons ensuite considéré la

localisation géographique de provenance des échantillons. Pour notre étude, seuls les élevages

pour lesquels le numéro de cheptel (numéro EDE) était fourni ont été choisis. En effet, les 5

premiers chiffres du numéro EDE correspondent au code INSEE de la commune sur laquelle

l’élevage se situe.

Trois grandes zones d’élevages ont été ciblées prioritairement : le nord-ouest, le centre-sud et

le centre-ouest de la France, pour leur grande concentration en élevages bovins, ovins et caprins

respectivement. Quatre zones d’élevages supplémentaires ont également été sélectionnées, dans

lesquelles les systèmes d’élevage sont considérés comme plus extensifs : Pays Basque,

Hautes-Alpes, Puy-de-Dôme et Saône et Loire.

Deux niveaux d’études ont été distingués : un niveau inter et un niveau intra-élevage. Dès lors

que plusieurs femelles avaient avorté dans un même troupeau, seul l’échantillon le plus

fortement chargé en bactéries a été conservé (étude « inter-élevage ») afin de décrire de façon

exhaustive la diversité des souches circulantes dans une même zone de production (Figure 6).

Les échantillons restant nous ont permis d’avoir un aperçu de la diversité des souches

circulantes dans un même troupeau infecté (étude « intra-élevage » - Figure 6).

III.2.1.1Typage

MLVA. Au total, 383 échantillons remplissaient l’ensemble des critères d’inclusion pour

l’étude génotypique MLVA dont 66 proviennent du réseau « Cox » mis en place de 2006 à 2009

par l’unité fièvre Q animale de l’ANSES de Sophia Antipolis; 30 du réseau « EpiChlamCox »

mis en place de 2010 à 2012 entre le laboratoire national de référence (LNR) en fièvre Q

animale, l’équipe Chlamydiose de l’unité des zoonoses bactériennes et l’unité d’Épidémiologie

des maladies animales infectieuses à l’ANSES de Maisons-Alfort; 37 d’un laboratoire privé

(Scanélis) assurant la plupart des analyses vétérinaires en zone AOP « Roquefort » ; et 36 des

suivis longitudinaux mis en place en région Auvergne-Rhône-Alpes au cours de ma thèse. En

outre, la majorité des échantillons (214 sur 383) proviennent du réseau pilote

« d’épidémiosurveillance de la fièvre Q » mis en place de 2012 à 2015, dans le cadre de la

surveillance évènementielle des avortements imputables à C. burnetii.

Le LNR fièvre Q animale était en charge de l’animation du réseau de collecte des échantillons

auprès des laboratoires vétérinaires départementaux partenaires.

La répartition géographique des échantillons sélectionnés pour les études inter et intra-élevages

est synthétisée dans l’annexe II ainsi que sur la carte de l’article 3 (paragraphe IV.2.2.2).

Liste des structures et personnes impliquées dans les différents réseaux de collecte des

échantillons dans les élevages de ruminants Français

Réseau « Cox »

o Unité fièvre Q animale (ANSES Sophia Antipolis) : Elodie Rousset

Réseau EpiChlamCox

o LNR en fièvre Q animale (ANSES Sophia Antipolis) : Elodie Rousset & Karim

Sidi-Boumedine

o Unité des zoonoses bactériennes, équipe Chlamydiose (ANSES Maisons-Alfort) :

Karine Laroucau

o Unité Épidémiologie des maladies animales infectieuses (Maisons-Alfort) : Benoît

Durand

Scanelis : Jean-Luc Pingret

Suivis longitudinaux INRA, Unité mixte de recherche d’épidémiologie des maladies

animales et zoonotiques (UMR EpiA) : Elsa Jourdain & Aurélien Joulié

Réseau pilote « d’épidémiosurveillance de la fièvre Q »

o LNR en fièvre Q animale : Elodie Rousset

o Direction générale de l’alimentation : Jean-Baptiste Perrin & Séverine Rautureau

o ANSES Lyon : Carole Sala, Didier Calavas & Anne Bronner

o Groupement de défense sanitaire (GDS) France : Kristel Gache & Anne Touratier

o GDS Alpes-de-Haute-Provence : Jean-Luc Champion

o Association française des Directeurs et cadres des Laboratoires Vétérinaires Publics

d’Analyses : Lydia Zerouki, Philippe Nicollet & Chantal Audeval

o Société Nationale des Groupements Techniques Vétérinaires : Fréderic Lars, Soline

Hosteing & Jean-Christophe Natorp

o Races de France : Françoise Dion

o Institut de l’Elevage : Renée de Crémoux

o INRA Auvergne-Rhône-Alpes, UMR EpiA : Elsa Jourdain

o ONIRIS campus vétérinaire de Nantes : Raphaël Guatteo

o Laboratoires Vétérinaires d’Analyses : Aveyron, Deux-Sèvres, Finistère,

Hautes-Alpes, Indre-et-Loire, Manche, Mayenne, Pyrénées-Atlantiques, Saône et Loire

Estimation du nombre de copie IS1111. Cette étude visait à évaluer le nombre de copies du

gène IS1111 sur le génome de C. burnetii selon l’espèce de ruminants domestiques ainsi que la

distribution du nombre de copies en fonction du groupe génotypique MLVA. Pour cela, nous

avons choisi parmi l’ensemble des 383 échantillons sélectionnés pour l’étude génotypique

précédente, uniquement les extraits d’ADN dont le volume total était supérieur à 10 microlitres

(Figure 5). Au total, 314 présentaient un volume d’ADN suffisant (Annexe III).

III.2.2 Article 3: Molecular epidemiology of Coxiella burnetii in